徐敷奏對王業泰感激涕零，對王業泰接下來的動作自然全盤支持。而有了徐敷奏的支持，王業泰設立管理機構的舉措再無任何阻礙。
經過仔細考慮之後，王業泰宣佈在平遼總兵府下設立軍械司、庫大使、典農司、海務司、商務司等機構職位。
軍械司顧名思義，負責全軍一應軍械維修管理製造事務。兵精糧足方能作戰，軍械司的作用不可謂不重要。王業泰任命陳玉階爲軍械司主事，主管全軍軍械事宜。
陳玉階原是工部軍器局大使，正九品的文官，因得罪上司被髮配到了旅順軍中聽用，而徐敷奏陳有時等對陳玉階這個犯官也並不重視，在這裡陳玉階過得一直不如意。王業泰知道陳玉階的身份之後，派人把他找來聊過一次，發現陳玉階對軍械特別是火器方面的造詣很深，便決定把軍械這一塊交給他，旅順城內工匠有一百多，這些工匠統歸軍械司管理，不僅負責軍械打製維修，還要負責各種民用器具的製作。
庫大使負責管理全軍糧食以及各種物質的倉庫，責任十分重大，經過慎重考慮之後，王業泰讓心腹管事葛洪兼職庫大使，負責管理全軍一應物資。
典農司則負責農事，雖然旅順所在的遼南半島山地多平地少，但還是有些地方可以種植些糧食的。旅順孤懸海外，糧食各種物質供應全靠朝廷，而要想發展壯大必須有自給自足的能力。遼南半島現在荒無人煙，原有的土地全部荒蕪，這些土地開墾一下還是能產些糧食彌補軍需的。
而旅順城中有好多老弱男丁和青壯婦女，這些人打仗不行，用以種田起碼能夠自己養活自己。經過考慮之後，王業泰便設立典農司，任命當過里長的常有田爲主事，負責帶領部分老弱進行耕種，現在已經進入春天，正好可以開墾播種，旅順城外平地雖然不多，但全部開墾的話也有幾千畝田地，一年至少能夠產幾千擔糧食。王業泰已經下令軍械司打製犁鏵鋤頭各種農具，並派人往山東購買耕牛。
海務司顧名思義則和大海有關，旅順三面都是大海，海中的各種資源豐富無比，海鹽，海魚，利用好的話光是大海養活數十萬軍民全無任何問題。毛文龍時的東江軍如此困頓，就是身在寶山而不自知，不知道利用大海的緣故。
海務司的任務有兩個，一是製鹽，再就是打魚。遼南海岸蜿蜒曲折，可以開闢出大量的鹽田。當然，對現在的大明來說，最大的鹽場還是在兩淮，採用的卻多是落後的煮鹽工藝，所以鹽民又稱竈戶。旅順既然臨海，爲何不能製鹽？採用曬鹽法，只要開始挖好鹽田，根本不需要太多人手，年產數十萬斤海鹽還是沒有問題的。至於曬鹽工藝，並不是多複雜，王業泰自然知道，而山東沿海也有好些鹽場現在採用曬鹽工藝。
海鹽可以自己食用，多餘的可以販賣換取錢糧。而大海中除了鹽以外，更是有着無窮無盡的魚類資源。渤海是淺海，海中魚類資源豐富無比，只要有人有船，光是打魚養活旅順這數千人便不成問題。
在王業泰的規劃中，海務司將會是總兵府下轄最大一個部門，也是總兵府最重要的一個部門，而海務司主事的人選暫時由葛洪的副手，同樣出身於新建伯府的王慶擔任。王慶雖然才二十多歲，但卻在伯爵府開設的商鋪中當了近十年夥計並且已經出師，能寫會算可塑性很強。其伯爵府家生子的身份，更讓王業泰用着放心。
而商務司顧名思義負責經商事宜，負責和各地的商人聯繫，賣掉旅順的特產，從各地換來各種旅順急缺的物質。不過目前旅順各項事務還未步上正規，也不需要什麼貿易，所以商務司暫時還在籌劃中，其主事趙直現在作爲王慶的副手在海務司幫忙。
軍械司、庫大使、典農司、海務司、商務司這些民事部門設立以後，旅順城管理部門的架子算是搭建了起來然後便是重中之重的軍隊設置了。
旅順軍隊雖然有七千，卻老弱病殘都有，建制混亂無比。王業泰下令，從全軍中挑選精銳組建戰兵營。挑選的辦法很簡單，年齡在十八到三十五歲之間，身體強壯沒有疾病，身高在五尺（一米六）以上。
經過挑選，七千軍隊中挑選出了四千五百人符合條件者，這些人全部編入戰兵營，剩下的則爲輔兵，劃撥到各司從事各種生產事務。
四千五百戰兵打散之後被編爲三營，分別由周遇吉、張旭，徐敷奏統率，把總、總旗等中級軍官則從王業泰家丁隊中選派人手充任。
王業泰和周遇吉徐敷奏張旭等人商議後，制定了一套訓練軍隊的辦法，分練隊列，練旗鼓，練武技，三合一循環訓練。
練隊列便是王業泰來自後世的軍訓知識，後世的人民軍隊新兵期訓練辦法。立定稍息齊步走左轉右轉這些看似沒用，但對士兵的服從性配合性極爲重要，只要能經過這種嚴格的隊列訓練，便能初步具備一支強軍的素質。
然後便是練旗鼓，也就是讓士兵聽明白號令。古代的戰鬥，靠的是旗幟鑼鼓進行指揮，將領的命令都是通過旗鼓這樣的方式發佈，士兵們只有識得旗鼓所代表的意思，在戰場上方能做到配合嫺熟如臂指使。
最後是練習武技，一個士兵自然需要具備殺敵的本事才行。長槍兵需要熟練使用長槍，火銃火炮兵需要熟練火銃火炮的裝填發射。不管是哪個兵種，都必須經過長年累月的訓練才能具備強悍的實力。
這四千五百戰兵是專職作戰的，他們會完全脫離生產專職訓練一途，隊列旗鼓武技三種訓練以每樣訓練一個月，三個月爲週期循環進行。
王業泰麾下暫設長槍兵、火銃兵、火炮兵和盾牌兵四個兵種。三個戰兵營各有火銃兵三百，長槍兵五百，盾牌兵二百，兵種設施齊全。至於火炮兵則單獨編製成營。
王業泰原本的家丁隊兩百人是火銃兵，在北京時又給北京軍械局的工匠們下單製作了五百支火銃，再加上旅順城內原有的火銃，加起來越有一千來支，能裝備一千火銃手。當然這一千火銃手除了王業泰原先的兩百火銃團家丁以外，其他八百火銃兵都是新手，需要進行長時間的訓練才行。
一千火銃兵一營三百分配給三個營，還剩下一百老兵則作爲王業泰親衛。
王業泰家丁中有炮手二十餘人，旅順的東江軍會使用火炮有也有二十多個，加起來有五十人。炮手少，擁有的火炮也少，除了王業泰帶來的五門虎蹲炮外，剩下的只有一門佛郎機、幾門碗口銃。王業泰仔細想過以後，撥出了三百人組建炮營，由原來的神機營把總楊小磊擔任炮營都司。
王業泰已經給新任登萊巡撫孫元化寫信，要求調撥一百門火炮來旅順，據孫元化回信他已經上奏朝廷在登州鑄炮。王業泰自己也想鑄炮，但旅順這裡一窮二白，既沒有煤鐵資源，又沒有鑄炮人才，根本無法進行。
火炮短缺，長槍盾牌卻是充足，經過編制之後，三營戰兵除了盔甲不足以外，武器倒是齊全，王業泰便下令立刻進行練兵。