中華軍目前在馬尼拉的軍隊一共擁有兩處軍營，將城外的軍營騰出來之後，項玉並不打算在城中擴建軍營，安北市這個時候的軍事力量比較單薄，他打算派海軍運送一部分的軍隊返回安北市，順便將一些物資運回去，以方便日後從安北市撤退會臺灣去。
中華軍撤離之後，馬尼拉隊伍防禦勢必會有點空虛，所以中華軍這個時候在城中開設了三處募兵點，招募軍士，以達到馬尼拉的軍事實力能夠維持自身的安全和穩定。
中華軍這個時候的軍餉水平並不是很高，但是爲了吸引新兵，所以項玉想到了一個辦法，那就是分田，參加中華軍的新兵，每人家裡都能分到五畝水地，並且免除三年的賦稅，這個時候馬尼拉的華人的人均耕地的面積很低，只有不到兩畝，雖然之前中華軍劃給他們一部分田地，這個時候人均耕地面積還是比較低，因此新兵的這項待遇應該來說對於當地的貧困戶還是很有吸引力的。
在加上在徵兵的這件事情上面項玉早就和李長林溝通過了，李長林也知道要維持馬尼拉的安全與穩定，軍事力量必須要維持一定的規模，所以對於中華軍的徵兵表示願意支持，有了這些大戶的支持，中華軍的徵兵活動進展的十分順利。
預計招募三千人的規模，結果不到三天就招滿了，項玉心裡很高興，馬尼拉這邊比之臺灣來說壓力也很大，海上要面對西班牙荷蘭甚至英國的襲擾，陸地上要防備人數衆多的土著人的威脅，所以軍隊的規模大一點就大一點，呂宋島上面物產豐富，糧食的產量也很高，不擔心養活不了軍隊，所以他將軍隊的招募規模擴大到八千人，達到之前西班牙人的軍隊的規模。
中華軍的招募不僅吸引了華人的參與。甚至連一些馬尼拉的土人也被吸引了過來，他們試探着詢問是否能夠加入軍隊，因爲他們聽說加入軍隊就要分發五畝好田，並且還能夠提供種子和技術。他們之前在西班牙人的農莊裡面幫工，知道好的種子和種植技術對於提高糧食的產量意味着什麼，但是因爲他們自己的生產製作工藝水平有限，一些農具他們也打造不出來，這些在西班牙人那裡沒有得到的東西他們寄希望於能夠在中華軍這裡獲得。
項玉在徵兵之初就想到過要去土人那邊招募。後來雖然沒有最終施行，但是他卻一直存着這麼個心思，這個時候想不到土著人竟然自己跑來了，項玉想中華軍在呂宋島上活動確實需要一支土著軍，他們在處理與當地的部落勢力的時候相對於漢人軍隊來說彈性更大一些，並且呂宋島上之後還要修路、挖礦、辦廠這些都需要大量的當地的勞動力，勢必會用到很多的土人，招募一些土人來處理這些事情也要稍稍讓當地人安心一點，至少戒備性要稍微低一些，這對帝國來說是一件好事。
所以項玉馬上同意了這些人的要求。單獨編制了一支土人的軍隊，初步招募兩千人，這樣一來當地招募的軍隊就達到了一萬人了，這支軍隊用於維持呂宋島的安全與穩定應該是足夠了的。
呂宋島雖然是菲律賓最大的島嶼，但是其南部還有一些穆斯林國家，幾個蘇祿島國，這些國家的實力都比較薄弱，雖然對呂宋的威脅不是很大，但是他們卻喜歡劫掠和襲擊，因此1637年的時候馬尼拉的總督塞巴斯蒂安曾率領八百軍隊前往征討這幾個蘇祿國。取得大勝，這才稍稍的減少了南邊的威脅。
不過到這個時候，這幾個穆斯林的國家又活躍起來了，項玉尋思着至少要在大軍撤離之前將這些威脅全部消除掉。不然留下少量的軍隊和這些新軍不一定能夠維持住目前的局勢，於是任命張聰和李權率軍出征，要一舉蕩平這幾個穆斯林的國家，項玉一直對穆斯林這種宗教無感，加上他們的信徒十分的排外，這對於一個帝國來說是一種很大的威脅。因此特意囑咐兩人在作戰之中可以心狠手辣一些，對待這些人一定要將他們打痛，讓他們對你敬畏，就想後世的以色列那樣，我不跟你講道理，你打傷我一個人，我就馬上還以顏色，絲毫不心慈手軟，至於戰後這些國家的人口怎麼辦，項玉已經想好了呂宋目前就缺勞力了，因此讓他們儘管抓來當奴隸就好，修橋鋪路挖礦都能用的着。
這一事件若干年後被穆斯林世界大加指責，譴責中華帝隊在戰爭期間造成了超過三十萬的穆斯林的死亡，項玉聽到這個消息自然是嗤之以鼻，弱小的人也只能打打嘴炮，我打你一頓的了確實的好處，你罵我兩句我也不吃虧，還有了繼續打你的理由，於是雄霸中東長達幾個世紀的奧斯曼帝國就這樣被中華帝國消滅了，這當然是很多年之後的事情了。
軍隊前去出征之後，項玉這邊又開始忙活了起來，這些新招募的士兵需要訓練，這還不是最突出的問題，最突出的問題是他們目前的裝備數量不足，因爲原本軍隊的武器都是定額的，只攜帶了一定數量的補充，所以沒辦法拿出很多的武器來交給這些新軍，不過好在之前中華軍從西班牙的手中繳獲了不少的武器，加上西班牙的王城裡面有很多庫存，所以這個時候不至於士兵只能使用冷兵器，不過這些武器對於中華軍來說已經是落後的，以後作戰肯定也不會使用這些武器，所以在馬尼拉建立一個軍工廠就被提上了議程。
這個時候臺灣的軍工廠的工人和生產設備正在搭船前來，馬尼拉這邊首先要做的就是將軍工廠建起來，這樣等到技術工人和設備一來，就可以開足馬力進行生產了。
馬尼拉分爲內城和外城，內城就是之前的西班牙王城，裡面只有一些西班牙人留下來的民房，還有兩座大教堂，這個時候裡面的居民正好全部撤走了，於是這裡面便徹底成爲了中華軍的軍城，按照項玉的打算，他打算將這座內城裡面的空間利用起來，在裡面修建馬尼拉的軍工廠，以生產提供給呂宋的中華軍的武器裝備，呂宋島的人口數量相比於臺灣來說更具優勢，並且馬來島上面也有很多華人，甚至在一百多年之後建立了一個蘭芳國出來了，這說明印尼羣島上面的華人的人數和規模相對於呂宋上面，更多一些，中華軍在呂宋站穩腳跟之後，可以先吸納這些華人前來投奔，待到實力達到一定的程度之後也可以染指這些地盤。
不過這些事情項玉是不打算自己親自操辦了，最近清廷內部傳來消息，據說中華軍攻打琉球的事情已經傳到大陸去了，加上之前馮信的求援使者的活動，使得清廷內部對於孤懸海外的這一股明朝的“餘孽”起了戒心，滿人雖然以騎射起家，對海戰不是很熟悉，但是這個時候早期投降的一些漢人大臣如洪承疇、范文程等人都建議重用漢人將領，其中被他們舉薦的就是被掉到京城的福建大將施琅。
施琅此時已經在京閒賦了接近兩年的時間，起初他過得戰戰兢兢，害怕滿人會對他像之前對待鄭芝龍一家一樣直接殺掉以除後患，因此整日待在府中不敢外出，後來滿清高層陷入了皇帝駕崩之後的權力爭奪的漩渦之中，對他的防備和監視也不像之前那麼嚴厲了，這才使得施琅能夠稍稍的活動一下。
明末時期東南沿海一帶的大海盜集團層出不窮，這一局面在倭寇之患的時候就已經十分嚴重了，所謂倭人之患，其實說白了就是當地的大海商勾結一批日本流浪士兵和武士所帶來的海患，其中沿海一帶的商人利用自己的對地形和官場的情報，花錢僱養一批海盜，其中主要還是中國人，少部分是日本武士，他們盤踞在沿海一帶的海島上面，利用商人的眼線提供的情報對沿海一帶進行劫掠，這曾經一度對廣東浙江福建一帶造成了十分嚴重的影響。
後來雖然倭寇之患被齊吉冠所平息，但是海盜集團的勢力卻越來越強，起於萬曆年間的諸彩老、李魁奇、楊六楊七等人，後來的劉香、鄭芝龍等人都是大海盜集團起家，其中鄭芝龍勢力因爲善於打點長袖善舞，最後被朝廷招安，得到福建水師的支持之後船隊勢力和艦船武備大增，相繼擊敗了諸彩老、李魁奇、劉香等人，甚至還擊敗了荷蘭人和海盜聯合艦隊，這便是料羅灣海戰了。
而施琅當時便已經跟隨了鄭芝龍，算是他的手下的一名小頭目，海盜起家的時候大多相當於後世的入股，小股船隊匯聚成一大股海盜，因此像施琅這樣的小海盜，經年累月下來手裡面也擁有一筆不小的財富，更何況後來鄭芝龍幾乎壟斷了東南沿海一帶的對外貿易，就連英國的船隊都要向鄭家水軍交納保護費，所以底下的人也都小發了一筆。
施琅這個時候拿出多年的存財四處走動，想要疏通一下，他明白一個道理，那就是上面有人好辦事。。