在進討中華軍的戰鬥之中，清廷好不容易拼湊起來的水師艦隊全軍覆滅，這使得朝堂之上的爭端更加嚴重了，滿清是從戰爭之中走出來的，這個時候還不是女人當家，所以血性還在，他們商討和爭論的自然不是怎麼割地賠款，而是如何應對日益嚴重的來自海上的挑戰。
這裡面就分成了兩派，一派一滿清大臣爲代表，他們不善於水戰，因此對於來自海上的敵人有一種天生的恐懼，因此主張在各地修建要塞和炮臺，以拱衛各地的安全，這一派的代表人物就是鰲拜。
還有一派是以降清漢人爲主的，包括范文程在內的衆多大臣，他們相對於滿人來說，見識更廣，認識更深，知道想要確保海防的穩定不能一味的只是消極防守，他們拿出嘉靖年間倭寇肆虐東南沿海一帶明軍的對策來反駁這些滿清權貴，認爲想要穩固海防必須要兼顧陸地要塞的建設和海軍的建設，認爲只有建立一支強大的水師，才能緩解來自海上的壓力，不然的話將會被擁有強大海軍的敵軍牽扯，主動權全部喪失，只能淪爲被動應戰，這樣一來是不可能防守得了的。
從後世的觀點來看，這兩派之間，顯然是漢人大臣們的觀點更加正確，而根據後世馬漢的海權論，一個強大的國家與之伴隨的必然是一支強大的海軍，所以從這一點上來看，滿清時期雖然國土面積大增，幅員遼闊，人口繁多，經濟佔世界比重也很大，但是實在是算不上是一個強國。
但是這些從馬背上成長起來的人，顯然是不太重視這樣的正確觀點的，他們只認可戰馬和彎弓，對於漢人的東西也只是對火炮比較感興趣，對別的都是一副瞧不起的樣子：你們既然這麼牛逼，那有爲什麼會被我們十幾萬人給打垮了？
遇到這樣的情況。漢人大臣也毫無辦法，畢竟這個時候是滿人當權，不受重視是理所應當的。
清廷最後採取了一個折中的方案，那就是一邊修建炮臺。一邊製造戰船準備組建新的水師，而新的水師主將的位置衆人又有了紛爭，不過最後還是決定由原來的水師提督施琅麾下的總兵吳英來擔任福建水師提督，汪明擔任浙江水師提督，這兩人都是在這一戰之中得意保存下來的僅有的兩員水軍大將。不僅具有豐富的實戰經驗，更重要的是他們對敵軍的戰法戰術有更多的瞭解，因此也是最能夠想出破敵之策的人。
而在鰲拜的力主之下，清軍的第一個炮臺——大沽口炮臺這個時候也開始破土動工了。
實際上在明朝嘉靖年間，大沽口曾經短暫的建造過一座建議的炮臺，只是後來隨着明朝國力的衰弱，加上沿海地帶的威脅的消除，這些炮臺便逐漸的荒廢了下來，等到清軍入關以後，這裡只剩下一個炮臺的基本架子。火炮什麼的早就被農民起義軍給拆走了。
和明朝時候面對的局面一樣，這個時候清軍面對來自海上的威脅不大，因此雖然佔據了大沽口，並在這裡修建了軍城和營地，但是並沒有重新修建炮臺，這才使得上一次中華軍的安北艦長驅直入，很輕易的就洞穿了大沽口的防禦了，因爲這裡的軍隊根本就沒有水軍，對於來自海上的敵人只能乾瞪眼，拿他們毫無辦法。
清軍在大沽口修建的炮臺主要是封鎖渤海灣的白河入海口。以防止敵軍從這裡登陸或者逆流而上直接威脅到天津甚至是北京城。
施琅給整個清軍留下的最大的一筆財富就是他之前繳獲的幾門中華軍的火炮，清軍這個時候根據這種火炮仿製出來的新式火炮比原來的火炮在射程上面大大提高，雖然炮管的長度大大提高，並且製造工藝更加複雜。但是因爲施琅的另一個成果——鐵模鑄炮的問世，使得清軍的鑄炮速度大大的提高，因此在各地的鑄炮工人的日以繼夜的努力之下，用於籌建炮臺所準備的數百門火炮很快就全部準備就緒。
大沽口炮臺的規模是清軍建造所有炮臺之中僅次於虎門炮臺的一個大型防禦要塞，其在南、北兩岸修築“威”、“鎮”、“海”、“門”、“高”座大炮臺和20多座小炮臺，是一個規模宏大並且設置了層層防禦理念的要塞。各個大小炮臺一共裝備有三百三十八門火炮，火炮的口徑也不是統一的，而是按照大口徑的火炮靠後佈置的原則，將大型火炮安置在要塞的後面，被堅固的工事所保護着，清軍想要依靠這些大口徑的火炮來確保他們的津京一帶的海防穩固。
中華軍和清軍在海上的這一戰，使得中華軍徹底的引起了清廷的警惕，甚至將中華軍的海上威脅列位首要威脅，比來自北方異族的威脅還要提前。
這也使得清廷的防備更加厲害，以至於海上的線路雖然沒有太多的威脅，但是陸地上的活動卻愈加受到限制，因此項玉預想之中的大規模移民潮僅僅只持續了五個月的時間，就被清廷給掐斷了。
在這五個月的時間裡面，一共有超過四十萬人通過中華軍的運送來到了臺灣，這個數字是相當的恐怖的，幾乎在佔到了這個時候大陸人口的一百分之一，以至於沿海一帶很多村莊都徹底的被掏空了，以往一直困擾着當地官員的漁民的安置問題卻意外的得到了解決，因爲這一部分人中有很多都被中華帝國的移民政策所吸引走了。
中華帝國爲了吸引大陸的百姓前來定居，不僅免費的分發田地，而且還提供住房和農具，前三年的稅負還會免除，並且會派出技術員到移民定居的村莊中去進行指導，加上中華帝國是一個新興的國家，島內也沒有地主和權貴階級的壓迫，這對於這些因爲清廷的禁海令而喪失了賴以爲生的手段的漁民來說，確實是很具有吸引力的。
並且中華軍因爲要建立糧食的戰略儲備，所以會對農民們生產出來的糧食施行最低保護價收購，這也避免了農民們的經濟上的損失，使得他們免除了顧慮，因此臺南一帶的農業生產很快就發展起來了。。