而艦隊則繼續南下，隨即展開了對武館炮臺的炮擊，這裡的炮臺規模比較小，根本就不能跟鎮海、江陰等地的炮臺相比，而且守軍也只有不到五百人，裝備的火炮還是明朝時期爲了防範海賊的老式火炮，不僅射程比較近，而且性能不穩定，再加上年久失修，士兵們在戰時根本就不敢去使用它，因爲他炸死自己人比炸死敵人更加容易。
這樣的炮臺根本就阻擋不了中華軍的進攻，只用了不到十五分鐘，清軍就被擊潰，成爲第二支逃跑的清軍。
解決了炮臺這個對陸軍的威脅之後，艦隊繼續西進，一直抵達了鎮南關的對面，開始對廈門城內的守軍進行直接攻擊了。
廈門城其實也是一座孤懸海外的島嶼，只不過相對於金門島來說，廈門距離大陸更近一些，但是因爲隨着清廷水軍的屢戰屢敗，因此廈門城的防守就變得越來越艱難了，因此島上的守軍的吃穿用度，包括武器彈藥的消耗等等，都需要從陸地上運輸過去，島上原本是有居民的，但是因爲清廷頒佈的禁海令，使得沿海一帶三十里之內的所有人口都必須向內陸遷徙，而整個廈門島自然全部都在這個範疇之內，所以這個時候的廈門城實際上是一座孤城，裡面除了士兵之外再無一人。
城內的清軍是耿，..繼茂的軍隊，原本在收回了廈門城之後，這裡一度成爲了施琅的據點，也是和金門鄭經對峙的前沿地帶，但是隨着金門戰役的爆發，以及後來鄭經的軍隊被打散，廈門城也就失去了其相應的作用了，於是耿繼茂便乘機將其收回。
但是在隨後的戰鬥之中。清軍的水軍全軍覆滅，而且中華軍又展開了一系列的反攻，沿海一帶幾乎所有的島嶼全部丟失了，就連廈門島之外的金門島也被中華軍拿下了，這使得廈門城的處境就變得艱難起來。
耿繼茂的手中並沒有水軍，他自然也不能在這個沒有價值的小島上面跟中華軍耗下去。所以整個廈門島的駐軍只有四千人，包括同安縣前後營的兩千多人，武館炮臺的五百人，再就是廈門城中的一千多人。
這麼少的軍隊自然是抵擋不了中華軍的進攻了，而且因爲城內沒有普通的百姓，所以中華軍也不擔心誤傷的問題，所以城內的清軍可就慘了，中華軍發射的炮彈全都是散彈，整個城牆上幾乎站不住人了。
守軍之中大部分都是從外面逃回城中的軍隊。這個時候完全就已經沒有鬥志了，所以在中華軍的猛烈炮擊之下，這些士兵們明智的選擇了投降。
結果當陸軍抵達城下的時候發現，清軍士兵們都將武器扔在一邊，一個個都排成了排向自己投誠，而廈門城就這樣兵不血刃的就被拿下來了。
而在拿下了廈門之後，中華軍也不停下，立即開始在海澄和晉江兩個方向開始登陸。海城方向負責進攻的是張聰的第一師，海澄自古以來就是兵家的必爭之地。因此這裡足足駐紮了清軍的兩萬五千人，這是一塊難吭的骨頭，所以就交給了第一師去解決，而晉江這邊因爲東邊的馬港水軍大營的關係，耿繼茂的軍隊在這裡的兵力並不多，只有一萬餘人。但是馬港內這個時候還駐紮着三千名清軍，這時福建的水師，但是水師這個時候卻無船可用，所以這些軍隊實際上是一支陸軍。
但是中華軍在這兩個的地方的攻擊遇到的阻力要比進攻廈門要大的多，張聰的第一師從建立灘頭陣地的時候就遭到了海澄方向的清軍的強烈反撲。這裡屬於漳州府，本來就是耿繼茂駐兵比較多的地方，而且隨着清軍從內陸調遣了更多的軍隊進駐，使得漳州的守軍人數超過了四萬人，而其中海澄這邊就有兩萬五千人，而北邊的龍溪和漳州城內還有五千軍隊，如此一帶中華軍第一師將會面對四倍於自己的敵軍的反撲，這一場仗註定不好打。
因爲護航艦隊的規模不是很大，所以分到第一師這邊的艦船隻有十餘艘，雖然清軍在海澄這邊並沒有修建比較大的炮臺，但是因爲這邊的地勢比較崎嶇，再加上中華軍這邊的炮火準備也比較弱，僅僅是將駐守在海邊的幾百名清軍擊潰。
而還不等中華軍的登陸部隊全部上岸，清軍的反撲軍隊就到了，這些清軍作戰表現的十分勇敢，他們冒着中華軍來自灘頭上的陸軍火炮以及海面上戰艦的炮火的攻擊，奮勇向前，一直衝到了中華軍的灘頭陣地上來，雙方甚至拼起了白刃戰，而中華軍這個時候登陸的人數還不到三千人，所以在一開始的時候是處於不利的境地的。
好在中華軍的士兵訓練有素，這個時候大家結成陣勢，前面的士兵阻擋住敵軍，後面的士兵們則在縫隙之中射擊、扔手榴彈，終於將清軍的這一次反撲的勢頭給阻擋住了，這才保證了後面的部隊的順利登陸，而隨着登陸上岸的軍隊的數量的逐漸增多，清軍想要趕在中華軍站穩腳跟之前將他們趕下海的願望就徹底落空了。
雙方鏖戰了四個多小時，互相都傷亡慘重，激烈的戰鬥一直打到了天黑，清軍這才撤軍，但是這樣也不代表着中華軍這邊就安全了。
清軍就在中華軍的不遠處，而且他們懂得如何利用地形來掩護自己，所以中華軍這邊的炮擊對他們起到的效果微乎其微。
白天的戰鬥之中清軍一共傷亡了超過三千人，而中華軍這邊也付出了接近一千人的傷亡，這個數字讓張聰的心裡有些擔憂，他的軍隊人數不多，而在登陸的第一天就傷亡了十分之一，那接下來的戰鬥還要怎麼進行下去，而且看這架勢，清軍明天可能還要繼續進攻，這樣的話自己這邊可能就會被困在這個灘頭陣地出不去了，那可就陷入了陣地戰了，清軍可以調動部隊來輪換，進行車輪戰，而自己這邊的人少，沒辦法輪換，這該怎麼辦。