葡萄牙人第二次派出到達印度的艦隊由一位傲慢的貴族卡布拉爾帶領，他在到達印度後，十分蠻橫的要求當地的小邦國要把香料優先買給他，這嚴重損害了當時壟斷香料貿易的穆斯林商人的利益，而穆斯林在各個小國都擁有重大的影響力，於是最後衝突不可避免的爆發了。
最開始時，那位帶領艦隊的葡萄牙貴族卡布拉爾武力洗劫一艘穆斯林商船，而且殺死了船上的所有人，這引起了當地穆斯林的憤怒，於是他們聯合起來襲擊了葡萄牙人在印度的商站，並殺死了五十多名葡萄牙人，這下讓卡布拉爾更加憤怒，炮轟了商站所在的那座印度人的重要港口，洗劫了港口中的商船，並且屠殺了六百多名無辜的船民。
葡萄牙人的殘暴行爲，自然使得當地的穆斯林商人對他們無比仇視，但當時印度西海岸小國林立，葡萄牙人在那個邦國內的屠殺，卻引起與這個邦國有仇的一些國家的示好，於是葡萄牙利用印度人的分裂，很快又在印度西海岸的其它地方站穩腳根，不過他們與穆斯林商人之間的仇恨卻更加不可化解了。
兩年之後，達.伽馬再次帶着龐大的葡萄牙艦隊到達印度，這個葡萄牙貴族出身的航海家比之前的卡布拉爾更加的強硬和蠻橫，他剛到達到印度，就俘虜了一艘到麥加朝聖的船隻，船上近四百人全都被他屠殺，其中有相當一部分是女人和兒童。
另外達.伽馬還用武力威脅印度西海岸的小邦國，並與另外一個邦國簽訂了對葡萄牙十分有利的商貿協議，而且在此期間，達.伽馬還與當地的邦國發生了海戰，不過他僅僅用了四艘戰船，就打敗了對方五十多艘船。而且葡萄牙人自身的損失極小，之所以造成如此懸殊的戰果，最關鍵的就是技術上的巨大差距。
葡萄牙人使用的戰船正是歐洲最流行的克拉克船。這種船正是大名鼎鼎的蓋倫船的前身，比印度人的戰船要強大上無數倍。而且他們的船上還裝載着重炮，印度人的那種原始戰船在他們面前，根本就沒有任何還手之力。
經過這場海戰之後，葡萄牙人終於完全的在印度站穩了腳根，而且他們也把海上貿易從穆斯林商人手中搶走了一部分，而且這時他們的力量雖然還沒能完全征服整個印度西海岸，但卻也已經成長爲當地的一個不可忽視的勢力。並且開始一步步蠶食穆斯林商人的海上貿易。
等到1504年，也就是正德皇帝登基的前一年，葡萄牙正式與印度一個名叫柯欽的小邦國結盟，並且在對方的幫助下。建造了一座真正屬於葡萄牙人的港口——曼努埃爾，這座港口是以當時葡萄牙國王的名字命名，由此可知這座港口的重要性，而且在同一年，葡萄牙僅用了三艘戰船。就打敗了印度人的一百五十艘戰船，這場戰役印度人被擊沉二十五艘，死亡了上萬人，但是葡萄牙人竟然是零傷亡。
對於上面這個戰果，周重一開始是不信的。但是若望神父和奇拉瓦卻是一起發誓，這上戰果絕對是真的，而且還被葡萄牙人載入史冊，不但歐洲人知道，就連那些被打敗的印度人也承認，而且這個懸殊的戰果並不僅僅是特例，後來還有更讓人驚訝的戰果。
1507年霍爾木茲之戰，葡萄牙出去六艘船近五百人，對戰波斯人的170艘戰船，結果波斯人被擊沉三十多艘戰船，戰死三千多人，葡萄牙人卻又是零死亡，僅僅有十一個人受傷。
1509年第烏海戰，葡萄牙十二艘戰船，埃及、奧斯曼和印度聯合出動150艘戰船，結果又是葡萄牙大勝，這次雖然不是零傷亡，但卻也損失極小。而且在第烏海戰之後，穆斯林全面退出印度洋，葡萄牙人從此成爲印度洋的主宰。
通過上面一系列海戰的懸殊戰果，周重終於看清了一個事實，那就是歐洲人在航海和武器方面已經全面超越阿拉伯人和印度人，所以纔會在海戰中出現一邊倒的局面，而且周重也不得不承認，雖然中原地區在航海方面也曾經一度走在世界的前列，但是經過這麼多年的海禁，造船和航海技術都出現大幅度倒退，現在估計也同樣不是葡萄牙人的對手。
據若望神父和奇拉瓦所知，葡萄人在印度的勢力已經不再僅僅侷限於曼努埃爾這一個港口了，他們已經佔據了印度人的一個重要港口城市果阿，並且將政治、經濟和軍事忠心都遷到了那裡，而葡萄牙人在印度則常年駐紮着二十條軍艦，以及超過兩千名的士兵，雖然數量看似不多，但是儀仗着先進的船隻和武器，他們已經實際的控制了整個印度西海岸，同時也壟斷了那裡的海上貿易，每年爲葡萄牙輸送着鉅額的財富。
周重聽到葡萄牙在印度竟然擁有這麼多的船隻和士兵，再想到明年他們就要大舉進攻馬六甲城，這讓他的臉色也一下子變得難看起來，雖然他們南洋商會的實力增長很快，但是商會中的成員也不過才一千人，真正能夠用來海上作戰的也纔不過五六百人，就算他動員其它商會，最後恐怕也不過才能招募到一千人。
另外需要注意的是，無論是南洋商會還是其它商會的人，他們都只是民間武裝，根本無法與真正的軍隊相比，再加上他們的船隻和武器也比不過葡萄牙人，到時就算周重帶着這一千人去援助馬六甲城，恐怕最後所起的作用也十分有限，萬一自己一方受到巨大的人員損失，而且又沒能阻止葡萄牙佔領馬六甲的話，那麼後果之嚴重，恐怕就連周重也無法承受。
想到這裡，周重的臉色也不一下子難看起來，對於葡萄牙人在南洋的擴張之路，他也有所瞭解，馬六甲是溝通太平洋與印度洋的交通要道，同時也是東南亞的門戶，若是讓葡萄牙佔領那裡，那麼他們也就打開了東南亞的大門，同時也對大明沿海造成了巨大的威脅。
想想歷史上大明幾代海盜王與葡萄牙之間的複雜關係，以及明末時鄭芝龍父子與葡萄牙人之間的戰爭，雖然他們能夠暫時打退了葡萄牙對大明沿海的入侵，但當時南洋已經落入西方各國手中，他們進可攻退可守，很快就能捲土重來，最後到了清末時，更是演變爲各國入侵中原大地，天朝上國終於淪落成任人欺凌之輩，往日的光輝再也不復存在。
拋開這些大的方面不說，若是讓葡萄牙人進入到東南亞，那麼對於周重這些走私商人來說，絕對不是一件好事，因爲這標誌着日後的海上貿易中，他們又多了一個實力強橫的對手，這也意味他們從走私賺取的利潤將會急驟減少。
甚至周重忽然發現，到時自己這些人其實和之前印度那邊的穆斯林商人的處境十分相似，葡萄牙人翻過好望角後，終於打通了歐洲與印度洋之間的航線，從而與穆斯林商人展開競爭，而現在馬六甲海峽就是東南亞和大明沿海的好望角，若是放任葡萄牙佔據那裡，那麼對周重這些走私商人來說，絕對是一場災難的開始。
不行！我絕對不能讓葡萄牙人佔據馬六甲海峽！只見坐在客廳裡的周重忽然站了起來，然後在客廳裡來往的走動幾趟，無論是於公還是於私，周重都不能讓讓葡萄牙得逞，只可惜他自己現在的實力有限，就算是賭上老本，卻也沒有太大的把握，這讓周重是心急如焚。
不對，我還有一個辦法！本來心急如焚的周重忽然靈光一閃，想到之前想過的一個可能，當下臉上也不禁露出了幾分笑容，本來他還在躊躇這件事該不該做，不過現在看來，這已經是他唯一的希望，只能盡力一試了！
周重想到的辦法其實很簡單，既然自己的實力不夠，那就只能求助了，而在整個大明有實力幫助他的，也只有那位以玩物喪志聞名的正德皇帝了，而且剛好他也答應了足利一輝，要與他們足利家的使者一起進京去見正德皇帝，剛好到時可以想辦法說服對方。
說起來這個時期的大明雖然軍力衰退的厲害，除了北方的邊軍還保持着相當強的戰鬥力外，中部和南部的軍隊幾乎已經在和平的生活中喪失了大半的戰鬥力，海上力量更是隨着海禁的施行而萎縮的厲害。
不過正所謂爛船還有三斤釘，就算大明的軍隊再怎麼腐敗，但總歸還是有一些比較精銳的軍隊，比如以周重最熟悉的海上力量爲例，他就知道在廣州和寧波這兩個允許各國進貢隊伍進出的港口周圍，就駐紮着兩支依然保持着相當戰鬥力的艦隊，若是能說服正德皇帝，讓他明年葡萄牙人進攻馬六甲時，調動這兩支艦隊前去援助，那麼絕對可以挫敗葡萄牙入侵南洋的腳步，到時他也可以趁虛而入，將自己的勢力伸到馬六甲城中！