自從“五將軍密電”泄漏後，馮國璋與袁世凱的裂痕更無法掩飾。於是馮國璋—不做，二不休，決定對袁施加更大壓力，以迫其將政權讓予他。
爲此，馮國璋於4月1日和16日公開致電北京政|府，勸袁及早退位。各省軍閥紛紛效尤，亦先後通電勸袁世凱迅速退位，袁世凱不得不派親信阮忠樞南下向馮國璋乞情。馮國璋在阮忠樞的請求下，答應聯絡各省，擔任調停。5月18日，馮國璋邀集未獨|立各省在南京召開代表會議。
馮國璋意圖通過南京會議逼袁下臺，由他取而代之。但由於倪嗣沖的破壞和各省區將軍代表謀略不一，遂使南京會議夭折。馮弄巧成拙，被輿論斥責爲：“與其名爲解決袁氏地位之會議，毋寧名爲解決自己地位之會議。”
給老袁最後一擊的是他的心腹、四川督軍陳宦的三封電報。這是陳宦的老師駱成驤便爲陳宦代擬了三道討伐袁世凱的電稿，駱並自信地說：“要氣死國賊！”三道電報在1916年5月相繼發出，前兩道電文口氣還比較溫和，只是勸袁世凱退位而已，但第三道就讓袁世凱氣得暴跳如雷了：“自今日始，四川與袁氏個人斷絕關係，袁氏在任一日，以其政|府名義處分川事者，川省皆視爲無效。”袁世凱萬萬沒想到，自己的心腹陳宦都會“反”了自己，氣得大叫“人心大變”。
這一番折騰，老袁已經不支。等到病情急劇惡化、小便不暢後，在袁克定的堅持下，袁世凱才讓法國醫生貝希葉前來診治，但此刻爲時已晚。貝希葉建議袁世凱到醫院去動手術，或許還有一線生機，但被袁世凱拒絕。在這種情況下，貝希葉只好在袁世凱臥室給他導尿，但此時導出來的全是血尿。袁世凱自知不起，便急忙讓人把徐世昌和段祺瑞找來，並把總統大印交給徐世昌，說：“總統應該是黎宋卿(黎元洪的字)的，我就是好了，也準備回彰德去。”
6月5日，袁世凱一度休克昏迷。不過在清醒期間，他還是在案上遺書一封，上書：“爲日本去一大敵！”不知是對自己一生的褒揚還是將來時局的預言。延至6月6日的凌晨6點，袁世凱終於一命歸西，正應了駱成驤“要氣死國賊”的話。
據說，袁世凱在6日凌晨昏厥復甦之後，對侍疾在側的老友徐世昌低聲說“楊度楊度，誤我誤我”；也有人說，袁世凱臨終時說：“是他害了我！”袁世凱也沒說這個“他”到底是誰，一般人都認爲指的就是大公子袁克定。要說這復辟醜劇，袁克定還真要負一半的責任，他自己想做太子想瘋了，結果是把老頭子推到火上去烤，害得袁世凱一代梟雄，最後爲這豎子所害，落得個可惜可笑又可嘆的千古罵名，真是窩囊至極。袁克定這個人，不文不武，品不高，德不顯，糊塗半生且不說，晚年還好男寵，結果因此而傾家蕩產，潦倒而終。袁世凱有這樣一個太子，又怎能不敗？
由於袁世凱死的時候仍舊是在職的總統，因此黎元洪在繼任總統後還以在職****的規格給他治喪。當時中|央政|府除了撥款五十萬公款用於喪葬費用外，還通令文武機關下半旗、停止宴樂27天，民間娛樂也停7天；文武官員和駐京部隊一律佩戴黑紗；設立“恭辦喪禮處”，以曹汝霖、王揖唐、周自齊三人承辦大典喪禮，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人總負責。
袁世凱的死因從根本上說是一生事業的屈辱性失敗，從表象上看是因爲他不信西醫。“他致死的病症，是膀胱結石症，最初的病狀是小便困難。這個時候，如果住院導尿或者開刀，是不會有生命危險的，但他一向堅信中醫，從不肯找西醫來診視”。（袁靜雪《我的父親袁世凱》）等到最終無可奈何地請來西醫，已經晚了。
袁世凱的喪儀從另一個側面頗爲有趣地象徵着他的一生。“這個儀式是新、舊習俗，中西禮儀的大混合”，“進行儀式的喇嘛們，有的誦經，有的吹奏蒙古樂器，而現代的西洋樂隊卻在吹奏歐洲的葬禮進行曲”。這獨具特色的一幕，恰到好處地說明了袁世凱一生的之所以成功和之所以失敗。
也許可以這樣假設， 如果袁世凱在1913年死去，他會作爲一個進步人物被載入史冊。不幸的是，他又多活了3年。正是在這3年裡，他把自己從一個“一貫進步”的時代弄潮兒變成了開歷史倒車的“竊國大盜”。
袁世凱死後，那些在護國戰爭中明裡暗裡反對他的袍澤故舊也紛紛“冰釋前嫌”，或親自或派隨員趕到北京沉痛悼念老領導，所以袁世凱的葬禮也辦得風風光光，備極哀榮。最可嘆是那御乾兒、原奉天將軍段芝貴，他在得知袁世凱死訊後急忙從關外星夜兼程趕來，等到了新華宮靈前更是呼天搶地，涕淚漣漣，不知道的人還以爲死的就是他親爹(真是孝子！)。
早在二次革命後號稱“北周（學熙）南張”並立的張謇與袁世凱就保持着距離，雖然他支持袁的威權政治，但稱帝是張不能容忍的底線。後來張聽到袁世凱去世的消息，非常惋惜，他在日記裡寫：“三十年更事之才，三千年未有之會，本可作第一流人，卒毀於羣小之手”。在張謇的眼裡，袁是能改變中國的人，若能執政三十年，中國必能崛起。
由於袁世凱的葬禮過於奢華，最後結算的時候發現入不敷出，政|府所撥的專款扣去葬禮費用後不足以建造墓地工程。爲此，徐世昌、段祺瑞、王士珍等八人聯名發起公啓，請求社會各界人士解囊相助，最後又湊到25萬元，才最終結束了袁世凱的喪事。
作爲帝制的倡導人的楊度，在洪憲帝制一出臺時便遭到全國上下的唾罵聲討，楊度在家鄉被罵爲漢奸，他先前的好友梁啓超稱其爲“下賤無恥、蠕蠕而動的嬖人”。作爲自清或是自抑，楊度寫下挽袁聯以明心志：
共和誤民國，民國誤共和；百世而後，再平是獄。
君憲負明公，明公負君憲；九泉之下，三復斯言。
然而無論如何，一代梟雄，卻落得如此下場，豈不可悲可嘆？不過按張漢卿的意思，卻是“自作孽，不可活。”老了老了來這一手，難道真是人老糊塗了？看來後世屢屢強調廢除幹部終身制是真的非常有必要。如果真的那麼一天，張漢卿也決定絕不戀棧，見好就收，至多搞個資政或是顧問委員會什麼的，像新加坡李氏王朝一樣，大場面上能過得去就行，在青史上留個高風亮節什麼的，不亦快樂乎？這些人爲什麼偏偏看不開吶！
樹倒獼猴散。老袁駕鶴西去，他的擁戴者必然要向天下有所交待，即著名的所謂“十三太保”。不過，因爲接手北洋的仍然是那羣人，所以在動作時不能不有肘胳膊。
西南諸公提出的名單就是十三太保，即“籌安六君子”和“七兇”朱啓鈐、段芝貴、周自齊、樑士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬等人。但實際上助紂爲虐的又豈止這13人？西南方面已經減少覆蓋面了，以便於北方接受，但新任閣臣之首段祺瑞仍不接受，他根本就不願懲治這些人，一則他與其中的不少人有血肉相連的關係，二則他雖不贊同逆流之舉，但這些人死心塌地爲袁效命的精神，卻是維繫北洋勢力所必須的“傳統”。他既繼承的北洋團體的衣鉢，袁之羽翼就是他的羽翼，所以不能不竭力爲之開脫。
就在定奪這批名單時，袁克定打來急電替震震春、張鎮芳乞情，馮國璋來電替段芝貴求情。因爲他們也是有人馬、有地盤的實力軍閥，於是這三個名字就從名單是剔了出來；
李經羲則力保嚴復和劉師培“是不可多得的人才”，名單中又少了兩個；
又有人向段祺瑞建議，爲向南方示好，李燮和胡瑛也不應列名，因此這兩位“牆頭草”也逍遙法外了；袁乃寬是袁氏的族侄，所以也被段祺瑞從名單中勾掉了。
這樣一來，“十三太保”只剩下“五太保”了。北洋軍閥又不好再搪塞西南軍閥，便又撿了與北洋團體關聯較淺的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，其實他們三個只是個“跑龍套”的角色。就這，張勳還通電公然反對，說“主張雖有不同，無非各抒己見，罪魁功首，豈能以成敗爲衡？”
在討價還價後，終於發出了懲辦“禍首”的通緝令：“始禍請人，實屍其咎。楊度、孫毓筠、顧鰲、樑士詒、夏壽田、朱啓鈐、周自齊、薛大可，均著拿交法庭，詳確訊著名鞫，嚴行懲辦，爲後世誡，其餘一概寬免。”
可是即便下了通緝令，北洋軍閥也不是真心要通緝這些人。早在通緝令下發前，中樞就通過各種途徑，暗示榜上有名的人從速離開京畿。不久，楊度、孫毓筠、樑士詒等由北京搬到了天津租界，還有人被張勳召往徐州禮爲上賓。其他不在名單上的參與者，因通緝令上有“其餘一概寬免”的字樣，仍然高枕無憂。所以說冠冕堂皇的通緝令，不過徒具形式，只是掩人耳目罷了。