大明軍隊貿然加入戰爭的行爲，頓時讓這場戰爭的走向變的撲朔迷離了。
西方國家極爲驚詫，在大明剛剛結束的跟美國的戰爭中，他們一度已經達成了某種共識，決定在必要的情況下，介入美國戰爭，阻止大明通過佔領美國領土太過強大。
這次大明突然利用了日本的屠殺行爲，介入了日本和清廷的戰爭，讓西方再次開始互相勾連，通過對法國和美國兩場戰爭，他們判斷大明已經變得過於強大了，一個強大的，上億人口的黃種人國家，在他們意識中造成的壓力還是很大的，必須限制大明的擴張，已經成爲共識。
英國早就開始限制大明的發展了，對美國開戰還有削弱美國的作用，但一旦大明統一了中國地區，英國人認定他們在東亞的影響力，將被大明排擠出去。所以早在曾國藩還活着的時候，他們就出兵出力，幫助曾國藩打擊太平天國了，扶持滿清已經成爲一項國策。只可惜清廷自己不爭氣，一邊是英國希望扶持清廷權臣增強清廷的國力，一方面是滿清朝廷在想方設法平衡這些權臣，限制他們的權力，一增一減清廷還是那個清廷，死氣沉沉，沒有希望。
但這樣的清廷，英國也不想看到被大明統一，因爲畢竟這是一個三一人口的國家，一旦由大明這個已經開始現代化的國家管理起來，所帶來的國力增長是英國無法控制的。
於是英國立刻就向大明交涉，認爲大明破壞了中立法，貿然介入戰陣會讓地區和平徹底失去控制。大明答覆說，這不是法律問題，而是文明和野蠻的問題。不在一開始就制止日本的屠殺行爲，會讓更多的無辜平民遭受屠戮。大明反問英國，願意承擔一切道義責任嗎？
日本的屠殺行爲，讓英國也很難接受，如果他們敢承擔責任，他們相信大明肯定會將之後的所有平民傷亡，都推到英國的身上，讓英國的榮譽受損。所以英國不肯承擔這個責任，大堅決表達他們的態度，認爲大明貿然介入戰爭是不合法的，同時也向日本施加了壓力，要求日本約束軍紀。
可大明的軍事行動並沒有停止，十萬陸軍很快就像旅順發起了攻擊，至於海軍只限於防守，用海軍衝擊要塞的事情，大明海軍已經吃過太多虧了，尤其現在的要塞已經被日軍所控制，不是清軍那羣兵痞，不可能隨便就放棄陣地的。
明軍的進攻相當艱苦，這不是戰鬥力問題，剛剛結束的美國戰爭，讓明軍鍛煉出了一批王牌部隊，戰鬥力遠勝於日軍，武器裝備上，大量裝備毛瑟92式步槍也遠勝日本的金鉤單發步槍，大量裝備的機槍更完勝日軍，火炮上也佔據絕對的優勢，陸軍重炮甚至可以跟旅順的要塞炮互相轟擊而不落下風。
旅順的要塞體系營建工作，是李鴻章一手主持的，用料十足，設計科學合理，理論上來講，這裡是很難被攻克的。日俄戰爭中日軍對這裡的進攻就顯示了這一點，儘管那時候俄國經營的更穩固，但現在的旅順也不是輕易就能被攻克的地方。
日軍大山岩部，兩萬餘人，只用了一天時間就攻佔了這裡，如果說是打下來的，真的很難解釋，不用具體情報就知道，這裡幾乎是讓清軍拱手讓給了日軍。
一個典型的例子是，當地最高文官，道員龔照璵臨陣脫逃，戰前就坐船逃到了煙臺。
關於這個人的資歷，則完全是李鴻章一手提拔起來的，提拔他的原因，不是因爲能力，而是因爲他有錢。龔照璵出生於安徽省合肥富戶，是李鴻章的老鄉。1871年投效北洋製造局當差，由監生捐納同知、知府、道員，一路升遷靠的都是捐官。1890年經李鴻章推薦，總辦旅順船塢工程，並會辦旅順船塢營務處。這是一個毫無戰場資歷，僅僅憑着跟李鴻章的老鄉關係加上金錢鋪路爬上來的富家子弟，讓這種人在旅順指揮，結果早就註定。此戰李鴻章罪責最大。
有一種說法是，當時守衛旅順的各路淮軍、湘軍人馬誰也不服誰，更不會服從一個文官，所以龔照璵才選擇了逃跑，這種明顯洗地的說辭不足爲信，作爲地方自高官員，即便明知必敗也守土有責，放在滿清制度沒有崩壞的時代，這種官員必死無疑。滿清入關之初，大量投降了滿清的地方文官，在各路起義軍的攻擊下，都不敢放棄城池，反倒到了晚期，大量逃跑的。
追究原因，只看這個龔照璵後來的結局便知，他因爲臨陣脫逃，後來影響很壞，被定了一個斬首刑罰，但他手眼通天，白花花的銀子砸下去，竟然沒有執行，直到八國聯軍進北京的時候，他也只是被關押，而沒有處斬，並且在八國聯軍時期被釋放，回家鄉病死了。
這顯然是一個背景很深的人物，而他的背景毫無疑問就是李鴻章。李鴻章如此力保他，在看看他是李鴻章舉薦的營建旅順工程的官員，這項工程中到底有多少貓膩，不難猜測。李鴻章死後給家族留下了兩千萬兩銀子是哪裡來的，不就是這種人貢獻的嗎。
所以從用人上來看，後來李鴻章背甲午戰爭的黑鍋也不算冤，只是其他人也逃不開罪責罷了。
龔照璵跑了，看看留在旅順的軍官的表現，當時在旅順的軍官，全都是鎮壓太平天國起家的一干湘淮名將。張光前、黃仕林、薑桂題、程允和、衛汝成、趙懷業、徐邦道等諸將，這些人看不起龔照璵這種人，由總兵張光前出面召集諸將，推選出一個主帥。由資格最老的薑桂題出來承擔主帥，可薑桂題目不識丁，才資平庸，諸軍坐視觀望、互相推諉。
這羣人推舉出一個目不識丁的老好人，依然是隻爲自己着想，其中徐邦道算是能打的將領了，守在主陣地上，不到半日就藉口軍隊缺糧擅自離開，從李鴻章到淮軍精英，都想着保存自己的實力，這場仗怎麼打。其實如果能鼓起勇氣，或者放下私心，淮軍即便打不過日軍，至少也不會將這種堅固要塞拱手讓人。聶士成守鳳凰嶺就是例子，直到戰爭結束，他也沒讓日本人打下他的陣地，而他的軍隊並不是什麼精銳。
如果李鴻章能夠在旅順放一個能壓得住場面的大將，日本人別說一天了，以他們還在使用青銅大炮的水平，一年都未必打的下來，可淮軍老將劉銘傳等人都不在這裡，聽說是重病在身，湘軍老將劉錦棠也在這年病逝，無將可用是一大問題。但如果李鴻章能夠下達嚴令，整個滿清還是能找出一個大人物的，別的不說，派一個高級文官去旅順，恐怕都比讓這些武將互相推諉好的多，比如派一個兵部尚書去。
這種大方向山的指揮失當，責任應該由滿清朝廷，或者說皇帝來負。
但旅順之戰，始終有一個迷局，那就是日軍爲什麼在旅順搞大屠殺？
如果說作戰艱難，激怒了日軍，這就是扯淡了，跟後來的日俄戰爭相比，這次旅順之戰幾乎就沒有戰鬥。
還有種說法，那就是日軍爲了震懾滿清，效法蒙古人的政策，不希望看到抵抗。還是他們在朝鮮過的太好了，一路輕鬆推進，到了旅順稍微遇到一點抵抗，就不滿意了。
根據歷史資料，是日本第一個進入旅順的第一師團參謀長大寺安純建議，使團長山地元治同意後，日軍在旅順發動了大屠殺，將旅順城中兩萬多人殺盡。
這依然是軍官的自行其是，不是伊藤博文等人的手段，不是給伊藤博文洗白，而是這種明顯讓日本出於國際道義不利地位的行爲，日本政客是不會採取的。這場戰爭中，日本政客一直在試圖讓日本扮演一個文明國家的角色，他們允許了大量歐美記者隨軍採訪，西方人看到的是日本建設合理的野戰醫院，不但醫治日本傷員，還收容清軍傷員，救治受傷百姓。而清軍則是搶劫自己的老百姓，殘殺日本俘虜，很多記者都拍下了被清軍砍掉四肢，切掉了蛋蛋的日本俘虜屍體。因此隨着戰爭的進行，日本在西方的形象越來越好，滿清的野蠻形象越來越深入西方人的心理。
就在這時候，爆發了旅順大屠殺，顯然不是日本政府有意計劃的，而且因爲有大量隨軍記者，這件事連隱瞞都做不到。第一時間傳遍了全世界。日本文官政府只能引導，而不能否認，最後的操作是，收買西方報紙，發表日本屠殺的都是裝扮成老百姓的滿清軍人的謊言，最終隨着滿清戰敗而遮掩了過去。
但現在他們無法遮掩了，大明在世界上的影響力比日本大的多，大明搞宣傳戰的經驗更豐富，在日本有確鑿無疑的行爲下，全世界都知道日本的屠殺行爲，不但西方知道，大明還通過在整個中國的商業渠道，通過一個個大明的和滿清的商會組織，將印刷的傳單，傳入了滿清內陸，連四川的老百姓都知道，日本跟大清開戰了，而且勝利後會屠城。此前一些偏遠地區的百姓，甚至都不知道戰爭爆發的消息。
日本屠城的消息，通過報紙和傳單，至少在整個中國地區的文人心理，留下了深深的恐慌，日本佔了旅順屠城，那麼佔了北亰呢，佔了南京呢？
就在他們憂慮重重中，大明出兵了，並且在一個星期的激戰之後，攻佔了日軍尚沒有牢固控制的旅順，明軍付出了一萬人的犧牲，兩萬五千日軍，則戰死了兩萬人，五千被俘虜。
攻佔旅順之前，大山岩等日本中高級將領集體切腹，五千俘虜中絕大多數是士兵，少數低級軍官。
大明將日本軍官的切腹，在全世界範圍內宣傳爲畏罪自殺，同時在公開狀態下，對俘虜的日本官兵進行了審判，判處他們犯有謀殺罪，所有軍官一律槍決，普通士兵判處十年的苦役，發往大明殖民地服苦役。
世界輿論譁然，對大明將自己作爲救世主一樣的審判行爲感到怪異，但各國政府關心的是，大明的軍事行動，他們擔心大明藉此機會加入戰爭，火中取栗，佔領滿清領土。
但就在這時候，大明跟日本達成了協議，繼續保持中立態度，開始從大連撤軍，這種行爲沒有減輕西方人的疑惑，反而更讓他們迷惑了起來。