個人獨資企業只有經過登記機關覈准登記，併發給營業執照後，才依法獲得企業主體資格和經營資格；另一方面，通過登記機關對投資人的設立申請進行審查和核準，國家才得以對個人獨資企業實行管理和調控，以保證國民經濟的協調、穩定和健康發展。
因此，未經必要的審查、登記程序並領取營業執照而以個人獨資企業名義從事經營活動的，行爲人應依法承擔相應的法律責任。“違反本法規定，未領取營業執照，以個人獨資企業名義從事經營活動”有三種不同情況：一是行爲人根本就沒有向企業登記機關申請個人獨資企業設立登記；二是行爲人雖然已經向企業登記機關申請設立登記，但尚未獲得覈准登記；三是行爲人已經向企業登記機關申請個人獨資企業設立登記，並獲得覈准登記，但未領取營業執照。《個人獨資企業法》第37條規定，違反本法規定，未領取營業執照，以個人獨資企業名義從事經營活動的，責令停止經營活動，處以3000元以下的罰款。
5.個人獨資企業成立後未按期開展生產經營活動的法律責任
法律允許設立個人獨資企業的目的，是令其開展生產經營活動，以繁榮經濟。爲了方便個人獨資企業的設立，簡化登記手續，《個人獨資企業法》對設立個人獨資企業原則上採取準則主義，以便個人獨資企業方便迅速地成立。同時，《個人獨資企業法》要求個人獨資企業成立後，應及時並實際開展經營活動，以免因這些虛設及“休眠”的個人獨資企業而滋生弊端。《個人獨資企業法》第36條規定，個人獨資企業成立後無正當理由超過6個月未開業的，或者開業後自行停業連續6個月以上的，由個人獨資企業登記機關吊銷其營業執照。
6.登記事項發生變更時，未依法辦理變更登記的法律責任
根據《個人獨資企業法》第15條及有關規定，個人獨資企業存續期間的名稱、住所、投資人姓名和居所、出資額和出資方式、經營範圍及方式等登記事項發生變更的，應當在作出變更決定之日起的15日內依法向登記機關申請辦理變更登記。《個人獨資企業法》第37條第二款規定，個人獨資企業登記事項發生變更時，沒有按照規定辦理有關變更登記的，就違反了法律規定的義務，構成違法行爲，由個人獨資企業登記機關責令限期辦理變更登記；逾期不辦理的，處以2000元以下的罰款。
（二）個人獨資企業在經營過程中的違法行爲及其法律責任
《個人獨資企業法》規定了下列兩類個人獨資企業在生產經營活動中的違法行爲及其法律責任。
1.個人獨資企業侵犯職工合法權益、未保障職工勞動安全、不繳納社會保險費用的法律責任
根據《個人獨資企業法》第39條的規定，個人獨資企業實施這些行爲時，應按照有關法律、行政法規予以處罰，並追究有關責任人員的責任。例如，個人獨資企業的勞動安全設施不符合國家規定或者未向勞動者提供必要的勞動保護用品和勞動保護設施的，由勞動行政部門或者有關部門責令改正，可以處以罰款；情節嚴重的，提請縣級以上人民政府決定責令停產整頓。
2.其他違法行爲
例如不依法設置會計帳簿，不依法進行會計覈算；不依法使用土地；不依法使用貸款等。個人獨資企業實施這些違法行爲，應按有關法律的規定給予處罰。
（三）個人獨資企業在解散、清算過程中的違法行爲及其法律責任
個人獨資企業及其投資人在企業解散、清算過程中的違法行爲，主要是指他們在清算前或清算期間隱匿或轉移財產的行爲。
“隱匿財產”，是指將個人獨資企業的財產予以轉移、隱藏，對資產負債表或財產清算作虛假的記載。“轉移財產”，是指將個人獨資企業財產以有償或無償的方式加以轉讓，或在債務沒有清償之前分配“企業財產”。除了以上違法行爲以外，還有其他一些違法行爲，例如不依法通知或公告債權人；投資人或清算人不按規定報送清算報告，或者報送的清算報告隱瞞了重要事實或有重大遺漏等。
個人獨資企業及其投資人實施上述違法行爲，不僅導致用於償債的企業財產的減少，從而損害個人獨資企業職工和債權人的合法權益，也會引起國家稅收的流失，所以對這種行爲絕不能坐視不管，應依法追究責任。《個人獨資企業法》第42條規定，個人獨資企業及其投資人在清算前或清算期間隱匿或轉移財產，逃避債務的，依法追回其財產，並按有關規定予以處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
三、投資人委託或聘用的管理人員的法律責任
（一）投資人委託或聘用的人員違反委託合同的約定並給投資人造成損害時的民事賠償責任
根據《個人獨資企業法》的規定，受託人或者被聘用的人一旦接受委託，便享有在授權範圍內管理個人獨資企業事務的權利。
但與此同時，受託人或者被聘用的人員應當履行相應的義務。如果受託人或者被聘用的人員違反其與投資人訂立的合同，即構成違約而應承擔相應的民事責任。《個人獨資企業法》第38條規定，投資人委託或聘用的人員管理個人獨資企業事務時違反雙方訂立的合同，給投資人造成損害的，承擔民事賠償責任。
（二）投資人委託或聘用的人員侵犯個人獨資企業財產權益的法律責任
受託人或被聘用的人員侵犯財產權益的情形包括：
（1）利用職務或者工作上的便利，索取或者收受賄賂。“利用職務或者工作上的便利”，是指受託人或者被聘用的人員利用其管理個人獨資企業或在個人獨資企業工作的便利條件。“索取賄賂”，指受託人或者被聘用的人員以爲他人謀取利益爲條件，向他人索取財物。“收受賄賂”，是指受託人或者被聘用的人員利用職務或者工作上的便利，接受他人主動送予的財物。
（2）侵佔個人獨資企業財產。這是指受託人或者被聘用的人員，利用職務或者工作上的便利，將個人獨資企業的財產佔爲已有。
（3）挪用企業的資金歸個人使用或者借貸給他人。這是指未經個人獨資企業投資人同意，將企業資金歸本人使用或借給他人使用。
（4）其他違法行爲。包括擅自將企業資金以個人名義或者以他人名義開立帳戶儲存；擅自以企業財產提供擔保；未經投資人同意，同本企業訂立合同或者進行交易；未經投資人同意，從事與本企業相競爭的業務；泄露本企業的商業秘密等。
根據《個人獨資企業法》第40條的規定，對於投資人委託或聘用的人員實施上述違法行爲，侵犯個人獨資企業財產權益的，責令退還侵佔的財產；給企業造成損失的，依法承擔賠償責任；有違法所得的，沒收違法所得；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
四、行政管理部門的法律責任
（一）登記機關的法律責任
1.登記機關違法登記或依法應予登記而不登記的法律責任
個人獨資企業登記機關的違法登記，是指對不符合規定條件的登記申請予以登記。《個人獨資企業法》對個人獨資企業登記的條件作了明確的規定，並規定了申請登記時須提交的文件，登記機關必須嚴格按照《個人獨資企業法》規定的條件進行審覈，對符合條件的申請予以登記，對不符合條件的申請不得予以登記。依法應予登記而不登記，是指登記機關對符合規定條件的個人獨資企業不予登記，這是典型的濫用職權行爲，直接侵犯了申請人的合法權益。依《個人獨資企業法》第44條的規定，個人獨資企業登記機關對不符合規定條件的個人獨資企業登記申請予以登記，或者對符合規定條件的企業不予登記的，即構成違法行爲，對直接責任人員依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。此外，登記機關對符合法定條件的申請不予登記或者超過法定時限不予答覆的，則當事人可以依法申請行政複議或者提起行政訴訟。
2.登記機關上級部門的有關主管人員的法律責任
個人獨資企業登記機關依法履行職責，不受非法干預，所以，個人獨資企業登記機關的上級部門的有關主管人員不得非法干涉登記機關依法履行職責。但在實踐中，登記機關的上級部門的有關主管人員往往濫用行政權力，非法干預登記機關依法履行職責，因此，必須制止這種違法行爲。根據《個人獨資企業法》第45條的規定，個人獨資企業登記機關的上級部門的有關主管人員強令登記機關對不符合規定條件的企業予以登記，或者對符合規定條件的企業不予登記的，或者對登記機關的違法登記行爲進行包庇的，即構成違法行爲，應對該上級部門的直接責任人員依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
（二）其他行政管理機關的法律責任
目前，個人獨資企業在生產經營中遇到的突出問題就是行政管理部門的亂攤派和行政管理機關工作人員的“吃、拿、卡、要”。
這一方面是因爲這些機關及其工作人員的私慾膨脹或官僚作風嚴重；另一方面也因爲以前的個人獨資企業處於“補充地位”，一直難以與國有、集體所有制企業平起平坐，加上他們一般規模較小，權利很容易受到侵犯。現在，黨和國家的政策、法律已經明確了個體私營經濟等非公有制經濟是社會主義市場經濟的重要組成部分。
《個人獨資企業法》的出臺體現了國家對個人獨資企業法律地位的肯定，莊嚴宣告了它與其他市場主體具有平等地位。因此，不僅應該賦予個人獨資企業有權拒絕各種形式的攤派，而且應該對違法實施攤派行爲的人員給予處罰。《個人獨資企業法》第41條規定，違反法律、行政法規的規定強制個人獨資企業提供財力、物力、人力的，按照有關法律、行政法規予以處罰，並追究有關責任人員的責任。