在總部裡面，9S雖然已經被修復，但還需要自行對系統進行調整。
在這個過程中，他突然聽到一陣極爲詭異的噪音。
爲了調查噪音，他黑進了總部的服務器裡面。
服務器裡面的內容很多，他最先找到的是“器材運輸記錄”。
他發現，總部向月球人類議會搬運的材料大多是空的；
還有“機體保管記錄”裡面，也存在着一些端倪——關於黑匣子的情報都被破壞了。
然而，讓9S最爲震撼的，還是他找到了“人類議會計劃”的記錄。
這個數據原本是嚴密封鎖的，被他強硬地黑進去了。
它的問題在於：
原本應該是人類議會召開會議，然後佈置寄葉部隊去執行；
但是，記錄上顯示的順序，卻是反過來的。
這意味着——人類議會是寄葉部隊設置的。
9S隱約猜測到：月球或許根本就沒有人類居住，所謂的人類議會，也完全不存在。
這時候，他接到了2B的求援通訊（對方被機械兵信徒困在廢棄工廠內）。
切斷了服務器的連接後，他前往管理室，操縱終端黑進工廠，來幫助2B和帕斯卡爾。
這個過程中，他變成一個機械兵，通過重重障礙後，爲2B打開了電梯閘門。
然後他繼續黑進工廠的系統中，控制各道關卡，協助2B逃離工廠。
當2B和帕斯卡爾離開工廠後，9S收到了司令的指令。
兩人碰面後，司令詢問他爲什麼黑進了總部的服務器。
9S直接開門見山，質問司令是否根本沒有人類和議會。
司令也沒有掩飾，直接承認了對方的猜想：
原來，人類早在外星人入侵之前，就已經全部滅絕了。
她之所以組建月球人類議會，是想掌控人工智能的未來。
除此之外，她還將記錄了真實的舊世界的錄芯片交給了9S。
瞭解到事情的真相後，9S陷入迷茫之中。
“願人類榮光永存”這句口號，完全成了一個諷刺。
他甚至不知道該怎麼和2B解釋。
此時，在地面上，夏娃因爲哥哥被2B殺死後，開始進行大肆破壞。
9S搭乘機甲，前往廢墟都市支援2B。
之後的劇情和之前一樣，二人聯手打敗了夏娃。
9S感染了病毒，2B迫於無奈殺死了他。
他通過將數據轉移到附近的機械兵身上，存活了下來。
只不過，在2B掐死9S的過程中，出現了兩個紅衣小女孩的虛影。
在一週目中，這兩個紅衣小女孩出現在營地中，給2B提供了特殊掃描儀。
她倆身上似乎隱藏着不少秘密。
存活後的9S，在總部得到了重生。
在二週目結局的末尾，2B前往9S的房間拿取一些道具。
9S似乎想將真實的歷史告訴2B，但最後還是沒說出去，只是提醒對方務必小心。
由於亞當、夏娃兩個管理員脫離了網絡，機械生命體的指揮系統陷入混亂狀態。
寄葉部隊打算趁機發起總攻，希望能一舉奪回地面……
二週目通關後，上官言意識到，僅僅只是換了一個視角，遊戲的劇情卻幾乎完全顛覆。
當人類的存在成爲騙局之後，這場人工智能機器人與機械生命體的戰爭，誰對誰錯幾乎完全失去了意義。
上官言嘆了口氣，繼續開啓三週目的進程——他想知道最後的結局。
總攻發起後，首先控制2B前往機庫，乘上機甲前往地面。
與此同時，作爲偵察部隊的9S，已經提前到達地面，爲總攻做預備工作——黑進敵方的防空系統，讓它們癱瘓掉。
完成任務後，隨着戰況的惡化，9S需要去和2B匯合。
這時候，切換到2B的視角。
她聽到了人類議會發起總攻的命令，以及對寄葉部隊的期待和鼓勵。
她駕駛機甲，經過一番空戰後，趕到橋面上找到了9S。
他倆作爲遊擊部隊，需要前往多個地點支援其他分隊。
在這個過程中，越來越多的同伴加入隊伍中。
當他們攻向最後一個地點時，一羣特殊的機器人衝了過來，導致部分隊員受感染，出現異常情況。
9S通過黑進2B的系統，讓她暫時恢復了正常。
只不過，其他的同伴已經完全失去控制，朝他倆發動攻擊。
9S找到了釋放病毒信號的元兇，和2B過去一同消滅了它。
但是，寄葉部隊受到感染的人實在是太多了，他們團團包圍住2B和9S。
二人最後只有選擇毀掉自己的黑匣子，引發聚變爆炸來解決問題。
他倆藉助傳輸好的數據，利用備用機體從基地甦醒，一同前往指揮中心彙報。
但是，由於地面的信號被封鎖，他倆遭到了司令的懷疑。
正在這時候，指揮中心的所有戰士和通信員都受到了感染，被機械生命體控制。
2B和9S殺出一條血路，護送司令衝到走廊上，準備去機庫乘機甲離開。
然而司令自己也受到了感染。
2B和9S是寄葉部隊最後的隊員，司令給他倆下達的最後命令是好好活下去。
她自己則守着機庫的大門，爲他倆的撤退爭取時間。
2B和9S飛出去之後，在遠處目睹了基地在爆炸中毀於一旦。
他們只有帶着悲傷前往地面，完成司令的任務。
只不過，在飛行過程中，他們遭遇了駕駛機甲的同伴包圍。
對方的數量很多，二人打得很艱難。
這時候，2B聲稱自己有突圍的方法，要求9S將控制權轉移給她。
9S照做之後，沒想到2B卻藉機控制他隱身遠離戰區，她自己一個人面對圍攻的敵人。
2B的機甲被擊毀後，墜落在海邊，受到了大批機械兵的包圍。
而且，她發現自己再次被病毒感染。
爲了不傳染給其他的人工智能，她命令指揮系統搜尋一個無人的地點。
在前往這個地點的過程中，2B受感染程度也在不斷地提升。
由於總部不存在，此時她就算備份自己的數據，也失去了意義。
就在她被兩個受感染的同伴圍攻，陷入絕境時，A2出現救下了她。
只不過，2B還是無法擺脫感染的加重。
她將部分記憶灌注在武器之中，託付給A2，並且拜託對方了結自己。
視角切換到9S，他已經趕到了廢墟都市中，並且偵測到2B的黑匣子信號。
他循着信號一路追了過去，結果目睹了A2殺害2B的一幕。
2B臨死之前，看見了他，笑了笑，叫出了他的暱稱-“小9”。
9S幾乎失去理智，憤怒地殺向A2。
就在此時，地面突然躥出衆多的碳硅結晶體，它們在深坑之中築造了一座高聳的白色巨塔。
而9S也受到衝擊，掉落到深坑之中……