清肇興於東北邊陲，原是建州女真部的少數民族建立的政權，史稱後金。皇太極改國號爲大清，入關代明。清朝是中國歷史上最後一個封建王朝，它完成了中國的大一統，基本確立了現在中國的版圖，雖然是少數民族建立的政權，但是很快就吸收了漢儒家文化，建立了中央集權制政權。清政府對西域的管理從最開始的傳統經營到建立省級行政區，這對於“絲綢之路”是一次偉大的創舉。
清朝統一西域，爲古代“絲綢之路”轉型打下了基礎
東北是清朝的龍興之地，太祖努爾哈赤首先統一了滿洲各部，在其入關前又統一了漠南蒙古。而漠北蒙古諸部與西蒙古衛拉特諸部願奉清爲宗主國。清入關後，即以宗主視天下，它繼續了中國傳統的天下一統的觀念，在穩定內地的同時，積極致力於邊疆的統一。
清朝前期的西域是處於準噶爾汗國的統治之下，準噶爾是西蒙古衛拉特諸部之一。西蒙古衛拉特諸部其實是蒙元時代的瓦剌，在清朝大家喚作衛拉特。明清交替之際，衛特拉諸部中準噶爾部逐漸強大起來，隨後吞併其他各部，後來又滅掉天山以北的葉爾羌汗國，向西擴張，逐漸建立起稱雄中亞的草原遊牧帝國——準噶爾汗國。
清朝入關前，衛特拉各部即向清朝遞交友好國書，但是隨着噶爾丹取得準噶爾統治權，他們的野心開始膨脹。噶爾丹是一個頗有雄心的人，他先是吞併葉爾羌汗國，緊接着又佔領了漠北蒙古、天山南北的廣大地區，一時風光無兩。這時的噶爾丹不知收斂，反而變本加厲，向其宗主國清廷開戰，想伺機佔領漠南。康熙御駕親征，兩次戰役擊敗噶爾丹，使之失去了有生力量，逃回天山以北的老家，不久就病逝了。
噶爾丹病逝後，他的侄子成爲準噶爾汗國首領，開始時與清朝保持了良好的關係。隨着準噶爾汗國社會的穩定，國力的恢復，他的侄子和噶爾丹一樣顯露出了野心，加緊了對外擴張和征服，因此準噶爾汗國和清朝關係又開始緊張起來。終於準噶爾汗國入侵西藏，佔領拉薩，這件事情直接影響了清政府西部和北部的安全，因此康熙提出“驅準保藏”。
由於準噶爾汗國連年的內亂與用兵，給西域各族人民帶來了沉重的災難。準噶爾汗國統治者陷於衆叛親離的危局，國力日漸衰落。乾隆皇帝看時機已到，遂發兵出師伊利，最終準噶爾政權瓦解，清軍大獲全勝。又經過清軍一年有餘的追擊、圍剿準噶爾殘部，至此準噶爾完全平定，天山北路盡收於清朝治下。此後，清朝完成天山南路大小和卓的叛亂，完成了對西域的統一。
清朝平定準噶爾及大小和卓之亂，完成了對西域的統一。清政府明確宣佈將包括天山南北、阿爾泰山東西，一直到帕米爾高原和巴爾喀什湖以東以南的廣大西域地區置於清朝的有效統治之下。
清朝統一西域後，以“西域新歸”，又稱之爲新疆或西域新疆。由於天山北路東部到烏魯木齊的廣大地區地廣人稀，清政府陸續從河西、隴東各地招募大量貧民，遷入上述等地屯住。這些外遷的貧民加上綠營的官兵及家屬，還有內地往來經過“絲綢之路”的商客，使得當地的人口不斷增加。到乾隆末年，當地以回漢爲主的農民已經有20萬之多。這一地區的各種制度、文化、經濟及面貌與內地幾乎沒有什麼分別。
清政府爲了加強對西北邊疆的統治，在伊犁設立伊犁將軍，統轄包括天山南北及巴爾喀什湖以東以南直到帕米爾的廣大西域地區。清朝明確規定，各地駐紮官兵皆歸將軍節制，地方事務由各處駐紮大臣仍照舊例辦理。伊犁將軍爲當時新疆最高軍事長官，兼管行政，統治天山南北。在新疆由伊犁將軍節制下的各級機構，聽從中央政府的
統一管理，對西北邊疆的軍政事務進行有效的管理。伊犁將軍的建立，鞏固了清朝統一西北的成果，維護了西北邊疆的統一，保衛了邊疆的安全，有利於邊疆的建設發展，促進了邊疆的穩定。但是這樣過於強調軍事政治職能，也具有一定的消極影響。民族隔離及封禁政策的貫徹執行，對內地與西北邊疆的經濟、文化交流帶來了極大的不便，“絲綢之路”的不暢通，也不利於邊疆地區的建設和發展。
新疆設立行省制度，成爲現代“絲綢之路”的前身
清政府在平定大小和卓的過程中爲西北後來的穩定留下了隱患，這個隱患差點使清政府失去中國當時最大版圖的省份。當時在清朝統一天山南北的進程中，西北沿邊的哈薩克、布魯特、浩罕、八達克山、愛烏罕等部相繼向清朝政府臣服，願意納貢。
清軍在平定大小和卓叛亂時，年僅五歲的大和卓幼子薩木薩克，被乳母攜帶逃亡到安集延，爲浩罕國收留。浩罕政權是烏茲別克部創建，東與中國相接，此時雖已向清表示臣屬，但仍拒不交出薩木薩克。清政府雖多次交涉，然終無結果。浩罕統治者認爲薩木薩克是和卓後裔，有利可圖，進可利用這個小王子進攻新疆，退可利用王子以示要挾。由於當時清朝國勢強盛，浩罕統治者不敢進犯中國。薩木薩克在消磨等待中死去，留下了三個兒子：玉素普、張格爾、巴布頂。
19世紀以後，浩罕進入強盛時期，成爲當時中亞三大汗國之一。隨着浩罕的強大和擴張，浩罕開始唆使、操縱，甚至直接參與和卓後裔的叛亂活動。張格爾在浩罕支持下，開始挑釁清政府，其本人及其所率浩罕兵大肆燒殺搶掠，但是遭到人民羣衆的強烈反抗。清軍在當地人民的配合下，剿滅叛軍，活捉張格爾。此時浩罕國力鼎盛，加緊東擴，不斷利用和卓後裔入侵清朝新疆。後來浩罕統治者又開始挾持張格爾之兄玉素普入侵清朝。但在當地軍民的配合下，玉素普及其僕從軍很快又被打敗，傀儡玉素普五個月後也死於浩罕。隨後道光至咸豐年間，在浩罕唆使、操縱下，流亡在中亞的和卓後裔不斷髮動入侵、叛亂，雖然在清朝的堅決打擊下，均以失敗告終，但給當地人民生活和清朝邊疆建設帶來了沉重災難。
時間到了1840年，這時候清政府國力漸漸衰弱，外有各個帝國主義的侵略，內有太平天國的農民起義。在雙重打擊下，清王朝統治下的中華帝國從此淪爲西方列強入侵、掠奪的對象，中國的主權和領土完整受到了極大損害，尤其是邊疆出現了嚴重的危機。
當英法列強以堅船利炮打開清朝海防大門的時候，沙俄侵略者則從東北和西北兩個方向對我邊疆領土鯨吞蠶食。鴉片戰爭後，沙俄先後逼迫清朝政府簽訂了一系列不平等條約，強行割佔了巴爾喀什湖以東以南的44萬平方千米的中國領土，這對當時清政府對於西北的統治造成了很大的動搖。
在沙俄南侵中亞及清朝西北的同時，英國也從印度北上，佔領阿富汗，染指中亞和新疆事務。新疆內部尤其是天山以南地區開始利用宗教，請流亡在浩罕的和卓後裔回國，伺機反叛，反清自立。當時俄軍已攻佔浩罕，兵臨塔什干城下，浩罕已面臨亡國的危險，但其統治者仍不願放過對南疆侵略的機會。浩罕找來在浩罕的張格爾之子布素魯克，宣佈任命他爲喀什噶爾的汗，但所有軍事、行政、司法等一切權力均由浩罕軍官阿古柏執掌。阿古柏並非浩罕王室貴胄，只不過憑藉投機，才逐步建立起自己在浩罕的地位。他立布素魯克爲傀儡汗，併網羅了一批浩罕匪徒，妄圖侵入南疆，實現自己稱霸南疆的陰謀。經過精心準備，阿古柏竊取喀什噶爾回城，以此爲根據地，逐一擊破南疆各勢力，控制了南疆大部分地區。
阿古柏入侵爲沙俄和英國入侵新疆提供
了可乘之機，沙俄兼併浩罕後，逐漸向伊犁進發，大有要吞併伊犁之勢。這時南疆的阿古柏爲換取沙俄的承認，與沙俄達成非正式協議。協議中沙俄承認阿古柏政權，而許以沙俄在南疆的特權，進而妄圖達到獨霸整個新疆的目的。英國企圖通過扶持阿古柏政權，在新疆建立一個獨立於清朝的“伊斯蘭國家”，使其成爲俄國與英屬印度的“緩衝國”，並從這一地區攫取巨大利益。
阿古柏入侵、沙俄對伊犁的侵佔，以及英、俄在新疆的角逐，使這一地區局勢日益惡化。中國國土淪喪，主權損失，新疆陷入日漸嚴重的危機之中。清政府鎮壓陝甘回民大起義後，開始關注西北亂局，準備出兵着手收復新疆，陝甘總督左宗棠成爲擔當這一歷史重任的主要人物。清政府任命左宗棠爲欽差大臣，督辦西北軍務，全面負責收復新疆。
左宗棠接任後，整編部隊，籌集餉銀，制訂作戰計劃，爲表示不收復新疆不罷兵的決心，古稀之年的左宗棠擡棺出塞，其雄心壯舉頗爲國人佩服。他制定了先期以消滅阿古柏政權爲第一階段目標，以驅逐沙俄、收復伊犁爲第二階段目標。次年春，左宗棠調集隨行的湘軍和原新疆五萬精兵組成西征軍，率部進軍新疆。左宗棠先取天山北路，收復烏魯木齊、瑪納斯等地，然後移師天山南路，克吐魯番，乘勝西進，大軍所到之處，得到當地軍民一致支持和幫助。後阿古柏爲部下所殺，殘部或投降，或逃往境外，或被殲滅。經過一年半，清軍收復了除伊犁以外的全部疆土。
沙俄出兵佔領伊犁後，清朝曾多方交涉，要求交還伊犁。但沙俄百般拖延，拒不交出。清朝消滅阿古柏政權後，又派遣崇厚赴俄交涉收回伊犁，結果簽訂了喪權辱國的不平等條約。消息傳至大清，朝臣激憤，後不予批准。清廷一邊令左宗棠積極備戰，一邊又改派曾紀澤赴俄重啓談判，最後簽訂《中俄伊犁條約》。該約雖挽回了一些損失，但仍是一個不平等條約，清朝正因爲此條約，喪失了伊犁大半個地區。1822年，清朝政府正式接收伊犁，最終完成了收復新疆的任務。
新疆淪陷後，原先的新疆軍政體制幾乎全部瓦解。由於新疆的政治形勢發生了重大變化，原先管理新疆的統治制度遭到破壞，並且已經不適應新的統治形勢。左宗棠針對當時的現實情況，提出在新疆設立行省、全面實行郡縣制的主張。在收復新疆的過程中，左宗棠多次上奏朝廷，強調闡明新疆設省的必要性。劉錦棠繼左宗棠主持新疆軍務後，進一步提出了具體的建省方案，使新疆建省最終得以實現。1884年11月，清廷發佈詔書任命劉錦棠爲甘肅新疆巡撫，仍以欽差大臣督辦新疆事宜，任命甘肅布政使魏光燾爲甘肅新疆布政使。這一詔令的頒佈，標誌着新疆行省正式建立。
新疆建省制度是清朝邊疆政治制度的一項重大變革措施，這一行省制度的建立，使得中央政令很快到達邊疆地區，與內地實行統一的郡縣制管理，大大提升了中央對於新疆的管轄力度。這一制度的建立是隨着國內國際政治局勢的變化做出的，它能夠保障新疆的穩定，維護邊疆的安全，有利於抵禦外國勢力的入侵。建立行省制度，廢除了舊有的管理制度，一定程度上減輕了百姓的負擔，緩和了社會矛盾，增進了與內地的關係，促進了當地經濟的恢復和發展。新疆建立行省制度，加強了與內地的政治、經濟、文化等各方面的聯繫，爲開發西北邊疆打下了堅實的基礎。
清政府在新疆建省，使新疆作爲中國一個省級行政區而存在，這爲現代“絲綢之路”的崛起，打下了良好的政治基礎。現代“絲綢之路”正是以新疆爲起點輻射到中亞、西亞甚至歐洲，可以說，正是由於清政府中有遠見的政治家左宗棠們，才使得後世人們得以重見現代“絲綢之路”的光彩。
（本章完）