由納修親手交給七皇，巴利安的王牌‘升階魔法-七皇之劍’。以堪稱前所未有的威脅性效果爲王牌，巴利安七皇對Ⅳ他們開始猛攻！Ⅳ他們被那強力壓倒，可是他們爲了保護遊馬，還有爲了使鯊魚醒悟，各自都竭盡渾身力量來對抗。並且，Ⅳ拿着Ⅴ傳授的王牌，展開要把納修逼到走投無路的戰略！
Ⅳ與納修的白熱化決鬥畫上終止符的時候，遊馬他們到達了秘密基地。想到爲了保護自己而拼命作戰的同伴們，令遊馬十分痛心。可是，鯊魚作爲巴利安七皇的領袖·納修復活，現在已經沒有能由得自己感傷的時間了。順着他們自己的行蹤追來的巴利安七皇馬上就要逼近那裡這種危機狀況下，遊馬終於對揭開序幕的最終決戰下了戰鬥的決心！！
烏雲瀰漫的心園市，就像是在宣告世界的末日。巴利安的猛攻越來越激烈，連吉器人們也發生系統錯誤，人的氣息都從街上消失了。爲了擺脫這個緊急事態，遊馬和Astral打算向巴利安世界出發！另一方面，追尋遊馬和快鬥下落的米扎艾爾在Ⅲ和Ⅴ面前現身。將這個世界的未來託付給遊馬的Ⅲ·Ⅴ，爲了阻止米扎艾爾前進而開始決死的決鬥！！
對巴利安的王牌‘升階魔法-七皇之劍’採用了封鎖對策的Ⅲ和Ⅴ，奪取米扎艾爾的王牌怪獸“No.107 銀河眼時空龍”成功！再加上，Ⅴ他開發的‘升階魔法-緊急型混沌之力’使自己的「No.9」升階，將米扎艾爾逼向極限！！但是，自己身爲“馭龍使”的自尊被傷到的米扎艾爾用新的戰略發起反擊！
遊馬繼承了拼命作戰的同伴們的意志。他爲了打倒宿敵上千主上，與星光一起前往巴利安世界。但就在那途中，以前作爲火熱決鬥者與遊馬多次決鬥本應聯結牽絆了的阿里特出現了！可是現在的阿里特已經面目全非，就像被什麼給附體了似的，他的表情充滿了邪惡。遊馬爲了恢復本來的阿里特這名決鬥者，以決鬥對抗！
遊馬摸索解開阿里特身上詛咒的方法，認爲遺蹟的「No.」會成爲救回阿里特的線索。在那裡，遊馬奮不顧身地召喚出「No.54 反骨鬥士獅心」！另一方面，更加兇惡起來的阿里特召喚出新[No.]，把遊馬逼向絕境……！！但在最後一刻遊馬終於喚醒了阿里特。
正當遊馬他們乘坐的異次元飛船要衝入巴利安世界的時候，在巴利安世界的德魯貝、梅拉古和貝庫塔對峙着。自己吸收「No.96」拿到更強的邪惡力量後的貝庫塔，企圖打倒倆人並吸收他們的力量！隨後，被囚的納修和梅拉古聽到了貝庫塔講述那被隱藏的衝擊性事實！
由貝庫塔說出的衝擊性事實，將德魯貝、梅拉古的憤怒推向最**！作爲給心懷拼死覺悟誓要打倒貝庫塔的那倆人更進一步的衝擊，永續魔法「上千主上的玉座）」的可怕效果襲擊過來！另一方面，取回記憶的阿里特爲了救還被洗腦的基拉古，拿着遺蹟的「No.」向基拉古挑戰決鬥。
阿里特失去巴利安的力量，但懷着想救回本來的基拉古這份火熱之心，展開拼命的攻防！那樣的激鬥面前，遊馬受到這種爲了救回朋友不惜任何犧牲的真決鬥者魂所感動。那個時候爲了探索出「源數代碼」的關鍵而向月球出發的快鬥，與同爲「銀河眼」駕馭者的米扎艾爾對峙，得知兩隻「銀河眼」的起源！
兩名「銀河眼」駕馭者快鬥和米扎艾爾的決戰舞臺是月球。各自操縱的「銀河眼」發出怒濤之光，咆哮聲響起，反覆進行着前所未有的激烈攻防！快鬥仿照以前金龍說的遺蹟傳說，終於成功產生新的「銀河眼」！！ 這快斗的「新銀河眼」和米扎艾爾的「時空龍」的對峙，引導世界走向希望！
快鬥與米扎艾爾的決鬥越來越激烈。快鬥在失去軌道 7支撐就連站也站不了的狀況下，爲了完成自己揹負的宿命，遍體鱗傷地對抗米扎艾爾！可是，米扎艾爾使出的「超銀河眼時空龍」的壓倒性效果下，他正被逼向極限……！就在倆人種種思緒的交錯之中，現在真正的「馭龍者」在此誕生！！
麥扎艾爾的真實記憶被喚醒，但麥扎艾爾卻堅信着時空龍，麥扎艾爾再次令混沌No..107復活並向快鬥發起直接攻擊！捱過混沌No.107 超銀河眼時空龍2回合猛烈攻擊後，快鬥No.62 銀河眼光子龍皇歸來並再次擊殺掉麥扎艾爾的混沌No.107 超銀河眼時空龍。
決鬥過後，快鬥獲得了由No.107 銀河眼時空龍、No.62 銀河眼光子龍皇、No.46 神影龍膠子龍、合成的No.100 源數龍，快鬥將No.100託付給麥扎艾爾後，並告訴麥扎艾爾要走自己相信的道路。
與異晶人七皇之一的麥扎艾爾因共同驅使「銀河眼」的命運而糾纏其中，最終在月球上戰勝了麥扎艾爾，解開了No.的鑰匙封印，將No.100託付給麥扎艾爾後，就在他意識逐漸模糊即將要閉上眼時，突然感到有一股奇妙的力量包裹着了他。這股力量救了他一命，但是由於消耗過多。在意識消失前最後一刻一道身影，隨後就昏過去了。這是要快鬥快昏過去時看到的最後的東西了。
另一方面，麥扎艾爾看見快鬥被突然出現的身穿黑袍遮住面孔的神秘人用不知名的力量包裹在由能量體形成的圓球中。
“你是誰！你要對快鬥做什麼？！”
“我是誰這不重要，天城快鬥之命由我救，去做你應該去做之事吧。”
正在麥扎艾爾猶豫要不要相信眼前這個人的時候，手裡的卡片裡傳出時空龍的呼喚。時空龍你是要我相信他嗎，麥扎艾爾看着手裡的卡片。
“看在時空龍的份上，我相信你。請照顧好他。”