在近未來的城市“心園市”裡，無論是大人還是小孩都熱衷於AR決鬥。所謂的AR（Augmented Reality/增強現實）決鬥，就是使用D視眼和D面板來決鬥，並通過使用這兩件道具，從地面、天空、還有從建築物裡真實地飛出怪獸進行交鋒的超大魄力決鬥！
在心園市生活的主人公·九十九遊馬也熱衷於卡片決鬥，但水平只是初學者等級的連敗者。以某事件爲契機，遊馬與學校頭號不良少年·神代凌牙以決鬥對決。這場決鬥，將遊馬的命運大大改變……！這場激鬥中，總在遊馬的夢裡出來的詭異大門突然出現。緊緊關閉的大門被打開的瞬間，無數光芒溢出，擡頭一看身旁……那裡站着從異世界來的神秘生命體·星光體（Astral）！爲了取回Astral丟失的記憶，取回99張“No.卡”，2人開始一起行動。
星光體出現的真正目的是什麼？而新的怪獸“No.怪獸”這一存在又到底是何方神聖？強力競爭對手陸續在遊馬面前出現，而Astral身上的謎團也逐漸明朗化。由這個組合締造的新決鬥傳說，如今揭開序幕！
WDC（世界決鬥狂歡節）閉幕，心園市迎來和平。遊馬和Astral也與同伴們一起回到校園生活，享受決鬥。
另一方面在那背後，盯上Astral的記憶碎片“No.卡”的敵人在暗中活動。那就是跟星光世界敵對的巴利安世界。他們以讓超量怪獸混沌化的“RUM（升階魔法）”爲王牌，阻擋在遊馬他們面前！遊馬和Astral，對巴利安遠超想像的決鬥感到驚愕……
在這個危機下，被遊馬“想救星光體世界！”的強烈決心打動的天城快鬥和神代凌牙再次集結。3人將與同伴的羈絆記於心中，驅使王牌挑戰決鬥！遊馬和Astral的新的戰鬥，從這一刻開始！！
Astral依舊和遊馬一起爲保衛No.卡和巴利安對抗。由於貝庫塔假扮成真月一事，導致Astral和遊馬徹底“決裂”，並且黑化，奪走了ZEXAL的主動權。但在遊馬的不懈努力下，Astral最終恢復。
但是Astral消失了，但他還活着在星光體世界，遊馬決定去找他。
遊馬受到快鬥他們支援，啓程到星光世界去了。好不容易到達的卻是什麼都沒有的世界，遊馬雖對此感到吃驚但還是往前走想找到Astral，突然有5道光芒伴隨衝擊一起出現在他那裡！
在純潔的星光世界裡，遊馬作爲混沌性的存在，被星光世界的意志盯上。那時救了遊馬的是過去放入父親一馬卡組的‘彩虹栗子球’！前途多難的冒險拉開序幕的遊馬，與彩虹栗子球一起面對星光世界的意志。
與多次來襲遊馬的星光世界的意志——埃利法斯的決鬥開始了！以升階爲目標的星光世界，其抽卡全部被稱爲‘閃光抽卡’埃利法斯不斷召喚升階怪獸，對遊馬窮追猛打！
遊馬爲了救命中註定因遇遊馬而滅的Astral，拼死展開攻防，可是還是逃不出埃利法斯的升階怪獸猛攻！
埃利法斯召喚的升階怪獸面前，遊馬不退縮而繼續戰鬥。他心裡只是一心一意地想要救Astral！就像在支援遊馬他那份心意，彩虹栗子球出手解救危機。
與埃利法斯決鬥而陷入苦戰的遊馬面前，居然出現13階的‘新序系·以太阿門’！！發出壓倒性強度的怪獸效果，把遊馬逼向絕望的深淵……！
一心想救Astral而拼命作戰的遊馬，眼看已經遍體鱗傷就要倒下了……可是，火熱燃燒的“毅飛沖天”精神試圖生出新的奇蹟！
正當遊馬在星光世界展開戰鬥的時候，地上的世界各地發生着暴動。多達100萬張的僞“No.卡”分散到全世界，世界充滿了拿到那些‘No.’的人們所發出的不祥之氣。
推測這個狀況是巴利安所爲的Ⅲ他們面前，以前折磨快鬥和陽斗的心城先生現身了！快鬥代替遊馬和Astral打算守護這個世界，他接受與心城先生的因緣決鬥……！可是，心城先生的手中掌握新的‘No.’。
巴利安世界和人類世界的融合開始，快鬥全身承受“巴利安球狀場地”的負荷！再加上，由於巴利安的陷阱而遭受其數百倍衝擊，已經是連站也站不起來了……。
那時，達成讓Astral復活的遊馬出現！心城先生不禁感到震驚。像以前快鬥救了自己決鬥時那樣，遊馬也與Astral一起接替這場決鬥，挑戰與心城先生的最終決戰！
伴隨衝擊一起出現在遊馬他們面前的巴利安七皇。那裡貝庫塔和德魯貝他們旁邊，作爲同伴並肩作戰的鯊魚和璃緒也並列一排……！
遊馬對這事態感到混亂，他向鯊魚拼命訴說，但那裡卻不再是以前鯊魚的身影，站着的只有那個名叫納修的七皇。
遊馬的皇之鍵與鯊魚的吊墜共鳴之時，遊馬看見鯊魚過去的記憶，在過度的衝擊下昏迷過去！遊馬他們迫不得已撤退之際，以前展開激斗的衆多決鬥者集結來救他們……！
就在世界陷入混亂之時，在所有人都沒察覺下，在某處的某個地方發生了時間與空間的扭曲，從扭曲的虛影中走出了一個被黑色斗篷遮住所有樣貌的人，他的身影時隱時現彷彿下一秒就會消失一樣。
“我回來了。”從他口中說出了這樣一句話，聲音清冽似乎不帶任何感情。
在他轉身的一瞬間，可以看到從斗篷裡露出的那一雙泛着冷光的暗金色的眼眸。
作者留言：ZEXAL篇主要寫大部分都是原創內容，所以前面的內容一概簡寫，從關鍵處開始寫。
PS：有讀者建議我打牌部分應該多一點，但是吾不怎麼會寫打牌，但是還是會寫，所以打牌的決鬥內容，還請不要太期待。