從崇禎三十年三月份開始，在新的內閣首輔還未確認之前，大明新的朝廷機構就已開始全面改組。
工部細分爲帝國工業部、農業部、水利部、交通部。
戶部細分爲帝國財政部、工商部、帝國經濟改革委員會。
帝國經濟改革委員會是朱由檢特別提出的一個機構，目的自然是方便帝國干預市場經濟。
畢竟即便在二十一世紀，也無法取締官府在市場經濟危機中的作用。
委員會負責人自然也同尚書官銜。
吏部細分爲帝國組織部、人力資源與社會保障部，前者負責官吏升降與錄用罷黜。
後者則是負責統籌帝國人力和安排帝國各等級公民之福利待遇與義務。
禮部則細分爲帝國教育部、外交部。
兵部則細分爲國防部、警務總部，前者負責國防訓練與國防教育與國防力量統籌。
後者則負責地方治安管理以及刑事案件偵破。
如此一來，帝國內閣管理的內政部門便由五個部門增加爲十二個。
同時，每個部內部還得增加若干司，且朱由檢規定除尚書只有一個外，侍郎繼續不限定數量。
不過，內閣閣臣將不再兼任各部尚書，而是一個閣臣統管若干部。
當然，也有內閣大學士只統管一個部的時候，具體劃分由內閣首輔決定。
中央朝廷增加部門，增加官員數量，增加行政成本與行政力量。
地方自然也要相應增加，從州縣到府再到省，皆增加專門機構，甚至正堂官與佐官的分工也有些變化。
總的而言，帝國官僚機構與官員數量急劇增加。
這與很多國家的改革有很大的不同。
畢竟大明原本是一個低成本行政管理的帝國，相比於前朝，官員數量實在太少，如今增加的行政成本相比於之前養士紳增加的成本要少不少，這樣無疑有利於中央集權，用更多的帝國官員去代替地方士紳管理地方。
大元帥府則用不着改革機構，因爲它本就是朱由檢參照近代軍制建立的軍事指揮機構。
“雖說從政治戰略上來講，大明目前的主要目標依舊是徹底剷除建虜餘孽，但現在建虜餘孽遠在西域，在西域和大明之間還有很多政治勢力，甚至不乏強大的政治勢力，大明要遠征建虜明顯是不划算的軍事戰略，是對國力的極大浪費！”
“所以，微臣以爲帝國應該依舊實行步步蠶食，移民與築城修路同行的改土歸流總戰略，而且戰略方向依舊是先北後南，帝國陸軍無疑比帝國海軍更加成熟，無論是戰術指揮上還是武器裝備上以及單兵素質上，先擴大陸上疆域無疑是最有經濟效益的拓張！”
大明帝國大元帥府參謀總長李巖在軍事會議上如此對朱由檢和大元帥府其他高級將領說道。
但這時候，大明帝國大元帥府海軍部總長劉孔昭發表了不同意見：
“爲什麼還是先北後南，北邊除了政治意義大毫無經濟意義，不是草原就是荒漠，氣候惡劣不說，開發難度也大，而海疆處處皆是膏腴，最多熱了些，甚至還有好幾路威脅我大明的強敵啊，鄭氏集團與朝廷一直都是貌合神離，紅毛番與佛郎機還有最近崛起的不列顛到處拓張，我們再晚一步，帝國海軍就出不了大明四海了！”
“可帝國海軍相比帝國陸軍不夠成熟是事實啊”，李巖反駁道。
“朕說兩句，我們不給帝國海軍機會，帝國海軍能成熟嗎，整天就當運輸隊在大明四海內遊蕩，都快成商團船隊了，不拉出去打怎麼成熟，整天待在學堂，物理化學學得都快去京師大學堂當半個教授了，可這有什麼用！”
朱由檢說完就走到大沙盤北邊，拿出兩米長的長棍指着東北一帶道：
“現在大明在北邊已經建立了漠南與東北兩個總督署，這兩個總督署的地域就已涵蓋了上億畝的領地，現在五年過去了，也還未完成所有規劃城池的建設和基本居民的移民工程；
所以，接下來三年，大明依舊需要鞏固整個東北與漠南，尤其是東北。
朝鮮雖說是我大明藩屬之國，但不能掉以輕心，且原本屬於我華夏的鹹平府還在朝鮮手裡，甚至大明要想鞏固大陸北端利益，朝鮮和倭國必須剷除！
尤其是倭國，世宗時期的仇還未淨報呢，所以朕的戰略決定是先鞏固大陸北端利益，帝國陸軍加強鴨綠江一帶軍事部署，着即準備被朝鮮佔領之鹹平府之戰略！
而帝國海軍先打倭國和擴大在朝海洋軍事利益，就當爲下一步角逐全球海洋利益練手，帝國陸軍配合帝國海軍攻打倭國，其中核心戰略目標是擴大在朝軍事利益和徹底消滅倭國！
朕的要求是，當年倭國在大明東南如何對待大明百姓，帝國軍隊當如何對待倭國人，臥榻之側豈容他人鼾睡，五年之內務必完成此戰略！
五年之後，大明鐵甲輪船應該已經投產，到時候被西洋番佔據的海外島嶼，我大明一個一個的收回來！”
朱由檢一確定戰略目標，大元帥府的官員便連忙回道：“臣等遵旨！”
就在朱由檢和大元帥府的官員確定好帝國目前軍事戰略時，新組成的外交部尚書黃宗羲和內閣首輔馬士英忙找到了朱由檢：
“陛下，朝鮮國派遣麟坪大君李渲朝貢我朝，現朝鮮使團已抵達南京，估計一月後便抵達京城。”
“這還是朕自崇禎十七年以來，第一個來朝貢的，他朝鮮倒的確很積極，朕剛提起他呢，你打算如何安排”，馬士英是內閣首輔，外番朝貢屬於內政，朱由檢自然先問馬士英。
“朝貢素來是小國朝覲大國的常例，他們必定帶着大量貢品而來，按照以往慣例，我們得以數倍於貢品之價值還之，一般而言，國愈富則禮愈盛，以此算大國之恩賞，微臣打算着財政部準備賞賜之銀，外交部尚書黃宗羲去南京負責接待其進京。”
馬士英的話讓朱由檢愣住了：“荒唐！朕能讓他來朝貢已是對他的恩賜，還要倒貼數倍於貢品的禮是何道理！
這條規矩得改掉，他送的既然是貢品，算是給朕的禮物，着內官監全部收繳，不必賜銀！
念他朝鮮在此次北伐中出力甚多，就破格由你這個內閣首輔接洽，但不是接待，讓留在南京的外交部右侍郎送其進京就是，到時候他朝鮮如肯讓些實實在在的利益給大明，朕到時候可以給他朝鮮“戰略合作伙伴關係”的榮譽稱號。”