朱由檢應允了羣臣保舉之事，任命高弘圖爲內閣首輔，命其主持朝政。
但同時，朱由檢則對彈劾馬士英與宋應星的奏疏留中不發，不予理會。
這讓許多朝臣很是費解，開始越發覺得自己猜不準朱由檢的心思。
朱由檢要的便是不讓他們猜中自己的心思，他現在不是想着報復誰，而是一切都在爲能夠更好穩定國內政局與集中南方集團所有力量抗擊北方清軍的目的而奮鬥。
管紹寧等都開始以爲朱由檢會依舊堅持任用非南直隸的人擔任內閣六部要職時，朱由檢則直接授意內閣次輔高弘圖再主持內閣時保薦管紹寧、霍達、陳士鼎等擔任要職。
“朕貶黜範景文、祁彪佳、劉宗周三人，不僅僅是因爲他們拂逆了朕，也是爲了做給一些心懷異心搖擺不定的江南反動士紳們看的，範景文是朕扶持起來的北方籍官員，劉宗周和祁彪佳俱是浙江黨人，朕貶黜他們是爲了讓這些江南反動士紳們相信，朕不會再只親近北方籍官員和浙黨官員；這一切的一切不過是爲即將來臨的清軍南下之事做準備，所以愛卿您主持內閣時大可將這些人提爲要職，但也不能讓他們隻手遮天，吏部、兵部和戶部這三個部門的尚書之位不能落到他們手裡，明白嗎？”
朱由檢一番囑託後，高弘圖連忙點了點頭：“微臣明白！”
很快，便進入了高弘圖組閣時期，地方督撫與在京四品以上官員皆開始積極與高弘圖聯絡了起來。
此時的馬士英之黨徒阮大鉞也有些如坐鍼氈起來，他和高弘圖從天啓年間開始便分屬東林黨與閹黨，如今高弘圖組織內閣，而自己的鐵桿盟友馬士英又沒在南京，因而他開始擔心起自己能不能保住兵部右侍郎的位置來。
阮大鉞不是一個甘於現狀的人，他一直在觀察着朝局，從當時內閣首輔範景文帶着內閣閣臣意圖逼迫陛下誅殺王承恩再到顧林被釋放端文學社越發壯大以及如今連續三名閣臣倒臺和高弘圖繼任內閣首輔的事件，阮大鉞一直在尋找着自己可以飛黃騰達的機會。
“真正主宰着一切的還是陛下，只要順從了陛下的意思，就不用擔心自己會被免職，可陛下到底是怎麼想的，是想要什麼？”
阮大鉞暗自唸叨着，彼時一清客帶着一信件來到了阮大鉞這裡：“老爺，這是督師馬閣老託學生轉交給你的，馬閣老說清軍南下之前，以王公之拙、史公之直，首輔之昏，必使朝局紛亂，當此之時，若想穩坐朝堂，當矢志不渝地忠誠於陛下，把心思花在抵禦清軍南下上，以及維護陛下之權威。”
“把心思花在抵禦清軍南下時，也就是說本官身爲兵部右侍郎主管兵部事務，當進行屯糧調配軍資，不問外界之事，而維護陛下權威，自然是要唯陛下之命是從，除掉妨礙陛下的人，不聽陛下話的人，如今內閣首輔已定，就只有司禮監掌印未換，而史可法素來過於耿直不聽陛下之旨，如今倒不如彈劾史可法，隔絕外官與內廷之聯繫！”
阮大鉞瞬間有了自己的想法，忙開始準備聯絡言官彈劾史可法。
很快，史可法也遭受到了彈劾，彈劾緣由是史可法交結外臣，朱由檢順勢便將史可法貶黜到福建歸化做知縣，按照朱由檢的意思，既然史可法那麼喜歡和外官相處，便乾脆就放到地方做外官。
史可法離開司禮監倒是讓所有文官都驚詫不已，也很是失落。
畢竟在史可法雖說已經是太監，但在思想上還是和文官們一致的，因而在史可法主持司禮監期間，內閣與司禮監幾乎是很和諧的，內閣的意見，司禮監幾乎無不照準。
阮大鉞猜準了朱由檢的心思，朱由檢的確是不想再讓史可法擔任司禮監掌印一職，即便阮大鉞不找人彈劾史可法，朱由檢也會將史可法貶黜掉，因爲史可法的確犯了身爲內臣的大忌諱。
朱由檢其實早先也已料到史可法這種文官即便成了內臣也會和文官們穿一條褲子，他當時之所以還要用史可法是爲了利用史可法在江南官場的勢力穩住江南局勢，同時還因爲史可法的確處理政務能力較強，而內廷又缺少政務人才，再加上史可法也算是忠心可靠之人，朱由檢纔不得不用他到現在。
但此時不一樣的是，範景文等內閣閣臣和史可法一起威逼朱由檢的事情讓朱由檢意識到內臣和外官聯合在一起的確是一件很可怕的事情，他是無論如何也不會再讓這樣的人執掌司禮監。
“朕沒有殺你，讓你繼續去地方爲大明之百姓做些事情，已是對你最大的容忍，你也不必再向朕假惺惺地表達什麼難捨之情，朕沒有勾結外臣威逼朕的內臣，朕也知道你一直沒有把自己當成朕的奴婢，你是史可法，是聞名遐邇忠貞不二的史公，既然如此，你就好好利用你自己的聲望去爲百姓們做些實事，沒必要再在朕這裡賣弄直名。”
朱由檢這麼一說，史可法也知道自己已經徹底失去了聖眷，向朱由檢行了大禮後便落寞地離開了南京城。
史可法一走，朱由檢就召見了兵部右侍郎阮大鉞。
通過東廠的密探，朱由檢自然已經知道彈劾史可法的事是阮大鉞在暗中慫恿，這讓朱由檢很是興奮。
因爲在他看來，無論是哪個派別的文官都不會希望史可法離開司禮監，畢竟史可法本質上還是一個文官，無論是傳統士紳還是江南商業型士紳出身的官員都能很好的和史可法達成默契，從而真正執掌朝政大權。
因而，沒有任何官員會指使御史言官彈劾史可法。
但偏偏阮大鉞選擇了這樣做，這讓朱由檢意識到自己似乎不是不可以達到分裂文官集團的目的，還是有文官官員會爲了自己的利益與整個文官集團作對的。
儘管這個願意站在自己這個皇帝一邊並和整個文官集團作對的是一個在歷史上被一直說成是一個大奸臣的官員。
朱由檢知道阮大鉞是何許人物，因爲一部《桃花扇》，他被無數文人士子從明末罵到了現在，連着朱由檢有時候也不知道該如何評定阮大鉞，若不是馬士英極力推薦，他甚至一直都會讓阮大鉞賦閒在家。