黃得功與袁繼鹹部的二十餘萬大軍除部分補充進近衛軍第一軍、第二軍、第三軍外，還有部分按其自願原則裁撤掉，而裁撤掉的官兵則由兵部統一轉業到地方擔任江南、江北等地擔任基層里正到縣令等官。
而近衛軍第一軍、第二軍、第三軍的部分官兵則調任第四軍充任軍官，第四軍翁正春、李時春等將領和一批中下層軍官則調回南京做大明陸軍中央軍校的學員，接受近代化軍事訓練與熱兵器戰爭指揮訓練。
朱由檢將以前的淮安講武堂重新變革成了大明陸軍中央軍校，且也設在了南京。
而與此同時，周遇吉、劉芳亮、何新甚至是劉肇基、劉希堯、秦邦屏乃至顧炎武、鄭成功、閻應元等軍官都按照朱由檢的旨意，根據歷次利用火器與火炮作戰的經驗開始編練火器與火炮戰陣的作戰指揮課程以及改進建議。
與此同時，劉肇基、劉希堯、劉遷、陳子龍、焦璉等近衛軍第一二三軍的部分副總兵到指揮使武官則充任教官，親自教授翁正淳、李時春等將領。
由御馬監掌印太監兼近衛軍第二軍總兵官何新擔任大明陸軍中央軍校祭酒{校長}一職。
御馬監掌印太監乃內廷裡除司禮監掌印與秉筆太監外的第三號人物，也是內廷中軍界最高的官員，擱在外朝就相當於兵部尚書，因而由何新擔任祭酒，也不怕這些學員與教官不服。
教官們都是如今大明新崛起的將星，且剛立下戰勝韃子的大功，其中更有陳子龍的大才子和劉肇基這樣的百戰老將。
即便翁正春和李時春等人既是黃得功與袁繼鹹的心腹又立下過大功，倒也不敢對教官不服。
一年的時間裡將近衛軍第四軍整訓與整編完畢自然是綽綽有餘，等到年底之時，近衛軍第四軍的基層軍官大部分已由近衛軍第一二三軍的官兵充任，而昔日近衛軍第四軍的武官則在大明陸軍中央軍校接受訓練後則調任到近衛軍第一二三軍擔任軍官。
這樣一來，黃得功與袁繼鹹的近衛軍第四軍已全部脫胎爲朱由檢的大元帥府可直接控制的朝廷兵馬，而不再是黃得功與袁繼鹹的私兵。
在崇禎十九年年初，沒有被朱由檢直接控制的軍隊則只有黃得功與袁繼鹹的近衛軍第四軍以及滅虜軍和高傑的近衛軍第五軍。
朱由檢沒有打算一開始將這三支兵馬全部進行整編，這樣容易一下子激起大變，高傑與滅虜軍的各部將領可以接受招撫，接受整編而導致失去軍權自然是不願意的。
因而崇禎朱由檢只先對黃得功與袁繼鹹的近衛軍第四軍進行了整編。
黃得功與袁繼鹹都是從大明的元老級官員，對於朱由檢控制軍權沒有意見，也沒有失去軍權的後顧之憂，更何況他們也知道如今作爲皇帝的朱由檢自己手握有大明戰鬥力最強的陸軍，他們自然也不敢再違背聖意。
再加上兩人也不是有野心的人。
整編近衛軍第四軍的進程畢竟順利，等到崇禎十九年底，崇禎朱由檢的大元帥府便控制有六個具備近代陸軍規格的集團軍。
這六個集團軍共計六十餘萬人，控扼着五個戰區，是未來抵抗建奴再次南下的絕對主力。
這六個軍已全部裝備崇禎十四式燧發槍，每個炮兵營的火炮已裝備三斤炮、六斤炮、十二斤炮不等三種火炮達千門，足以組成強大的炮火打擊。
再加上軸承系統的出現，炮車也不再像以前那麼難以轉向，整個火炮的運輸也便宜得多，在南方的山地也足以方便前行。
雖然大明海軍現在還趕不上鄭氏集團的海軍實力，但已有硬制帆船六十餘艘，其中大型福船達二十餘艘，軟帆戰船三十餘艘，小型戰船不計其數，已足以可以控制東海與南海局面。
不過海軍強弱自然不能只看戰船的多寡，還有火炮以及海軍官兵的戰鬥力。
現在的大明船政局第一期學員在崇禎十九年已完成課堂訓練，如今已開始進行實戰訓練，被安排入大明海軍和鄭氏集團的海軍充任海軍士兵。
自從海軍大部分調任地方衛所兵或者直接裁撤爲庶民後，現在的大明海軍除有大型戰艦百餘艘外，海軍官兵兩萬千餘人。
每艘戰船皆配備大明新型海軍火炮，一種由佛郎機改進來的海軍新型火炮，加強了子銃與母管的氣密性，使得火炮射程與發射成功率大大提高。
每名海軍戰士則都裝備了崇禎十四式火槍。
而且在崇禎十九年，崇禎十五式燧發槍也開始研發，擊發裝置與槍管材料將進一步改進，甚至會嘗試拉制膛線，增強發射射程與精度。
當然負責武器研發的則是工部，工部此時也不僅僅在開始大規模研發武器，也開始大規模進行水利工程建設。
朱由檢從崇禎十七年起利用軍權對江南士紳進行了嚴厲的打擊，使得整個江南的士紳力量大幅度縮水，再加上戰爭的影響，使得大量自耕農出現，而農業的水利建設則交到了朝廷手中。
朝廷也擔負起了對天下水利建設的主要責任。
在這個乾旱與洪澇不停發生的自然災害高頻發時代，因爲水利建設的及時跟進，使得崇禎十九年的農業生產比起崇禎十七年與崇禎十八年已有了明顯提升。
當然這也跟戰爭告一段落與朱由檢對農稅減免政策有關。
禮部的國民教育也開始進入了歷程，各地開始陸續興辦與重建社學，大批生員與童生，特別是舉業失敗的生員與童生爲獲得功名，開始主動轉任教職。
不過這個年代的勞動力缺乏，很多普通百姓是不願意把自己家的孩子送到社學讀書的，寧願讓他們幫忙家裡幹農活，畢竟這個年代的小孩也都是一份勞動力。
但地方官府爲完成禮部下達的指標只能強制性要求地方百姓將自己家的孩子送到私塾，甚至不少讓女童進入學堂充數。