然而，革命黨人雖然組建了隊伍，但卻無法把隊伍運輸到臺灣去。臺灣是戰區，日本政府嚴禁民間船隻前往臺灣，西洋商船更不敢到臺灣去自找晦氣。正當革命黨人束手無策的時候，唐才常帶着一艘商船來到了日本。
維新派干將唐才常，是前臺灣巡撫唐景菘的兒子。也是唐羣英的堂哥，半年前，唐才常和孫文在上海鬧的很不愉快，孫文要搞武裝起義推翻皇權，唐才常要維新保皇，結果，兩邊都沒撈着好去。孫文的革命軍被清軍全殲，唐才常在紹興，被清軍抓了俘虜。好在上海道臺黃遵憲放了唐才常一馬，把他交給了湖廣總督張之洞。
張之洞聽說唐才常和孫文攪在一起，心中很是惱怒。張之洞是維新派，但他不是保皇派，在光緒與慈禧太后之間，他更偏向於慈禧。而唐才常卻是堅定的保皇黨人，他甚至要求武力維護光緒的帝位。張之洞與唐才常本不是一路人，只是，大家都贊成維新變法，唐才常也是人才難得，所以，張之洞對唐才常雖然惱怒，可愛才心切，還是偷偷把他藏在了武漢。
唐景菘從臺灣敗退大陸，在上海當起了寓公，貌似清閒，可他無日無夜不想打回臺灣去，只是自己勢單力孤，難以成事。唐才常聽說唐景菘回到了上海，馬上趕到上海，父子兩個一合計，決定組建人馬，前往臺灣參戰。
唐景菘的想法是，在臺灣，章軍勢力浩大，原本也不需要別人的援手，不過，如果章軍真的趕走了日本人，那周憲章在臺灣就是一枝獨大了。唐景菘現在派一支人馬過去參戰，即便起不了太大的作用，但戰爭結束後，他在臺灣也有說話的本錢。所以，無論如何，都要參戰。
唐才常原本有一支自立軍，有一百多號人槍，實力不足。於是，他想到了孫文。
儘管，他與孫文的觀念不和，不過，大家都是大清國朝廷裡的叛逆者，此時，雙方力量都很弱小，也需要互相幫助。於是，唐才常僱了一條商船，帶着他的人馬去了日本，與孫文聯絡。
雙方一拍即合，兩支人馬合併，名爲臺灣義勇隊。秋瑾爲隊長，唐才常爲副隊長，下轄兩個小隊，革命黨人一個小隊，自立軍一個小隊。
義勇隊乘坐唐才常的商船秘密出海，前往臺灣。
三天前，義勇隊是嘉義附近登陸，向當地居民一打聽，這才這知道，章軍已經放棄了嘉義，主力在臺南集結。
此時，日軍發起了臺南進攻戰，按照乃木希典的命令，從彰化到臺南，沿途日軍收縮兵力據守據點和交通線，確保交通線暢通，把部隊抽調出來，參加臺南會戰，所以，這個地域範圍內，留下了巨大的空白，義勇隊避開日軍據守的交通線，迅速向臺南穿插，在今天早上，到達了曾文溪一帶。
義勇隊的運氣也是出奇的好，剛剛到了曾文溪，就碰上了附庸風雅的伏見宮貞愛親王。這位親王的腦子很有些問題，既然要附庸風雅，就徹底一點，別穿什麼軍服，應該打扮成文人墨客的樣子，那才應景。可他不僅身穿軍服，還穿着將軍禮服，腰間還掛着玉質刀柄的佩刀，搞得十分高調。結果，藏在密林中的義勇隊一眼就認出了他的身份。
秋瑾和唐才常到了臺灣，一路上就在犯愁。秋瑾的想法是，既然來了，就得打出個名堂來，讓周憲章欠革命黨人的情，這樣，今後，革命黨人發動反清起義，章軍從道義上，就得出手幫助革命黨。唐才常的想法和秋瑾完全一樣，也是想讓章軍欠維新派的情，今後幫助他保皇。只是，義勇隊這支三百多人的部隊，沒什麼實力，對於臺灣戰鬥，恐怕起不了什麼作用，幫不了章軍什麼忙，章軍很可能對義勇隊不領情。
冷不丁天上掉下伏見宮貞愛親王這麼個大餡餅，兩個人都是喜出望外。抓了伏見宮，相當於殲滅了日軍一個師團！章軍再厲害，那也得對義勇隊另眼相看。
於是，義勇隊二話沒說，衝上了上去，把伏見宮貞愛親王連同他那幫文人墨客們，一股腦綁了起來，把個伏見宮如同擡豬一般擡走了。
曾文溪一帶叢林密佈，溪流縱橫，日軍對這一帶的地形也不是很熟悉，義勇隊隱入叢林中，日軍也只能是望洋興嘆。很快，義勇隊就擺脫了日軍的追擊，跨過曾文溪，抵達臺南郊外。
然而，此時日軍已經攻破了大南門、小西門，突入臺南城內，臺南處於日軍四面圍攻之中，臺南成了一座孤島，義勇隊無法進入臺南與周憲章取得聯繫，只得隱藏在郊外，等待時機。
伏見宮貞愛親王失蹤的消息，很快就傳到了南方軍司令部。乃木希典如同當頭捱了一悶棍，半天沒反應過來。日軍已經攻入了臺南，周憲章困守赤崁樓，做困獸猶鬥，乃木希典已經不擔心臺南作戰了，他最擔心就是伏見宮貞愛親王，結果，怕什麼來什麼，這個不爭氣的公子哥，偏偏在這個時候，來這麼一出！
乃木希典一怒之下，槍斃了伏見宮的衛隊長。但壓下了伏見宮貞愛親王失蹤的消息，對外宣稱，伏見宮貞愛親王仍然在曾文溪一帶，但身患疾病，無法主持軍務，近衛師團的指揮，暫時由參謀長代理。乃木希典希望，伏見宮還活着，他或許落到了章軍手裡，章軍戰敗後，或許能在戰俘營裡找到他，到時候，乃木希典就可以編一個伏見宮英勇作戰的故事，把這件事搪塞過去，即便伏見宮死了，只要能打死或者俘虜周憲章，乃木希典也好向大本營交代。
現在，乃木希典必須要在大本營知道真相之前，拿下臺南，活捉周憲章。
爲此，乃木希典下令，日軍不顧大東門尚在章軍手裡的事實，投入所有的預備隊，向臺南發起總攻。