逝世後，陳雲提出要客觀公允地評價一生中的是非功過，尤其是對其晚年的失誤，要作出公允而又科學的評價。在起草《關於建國以來黨的若干歷史問題的決議》時，陳雲提出，爲避免給人以片面的認識，要加上對建國前28年中主要功績的論述和說明
儘管隨着晚年錯誤的日益發展，陳雲受到的錯誤批評並逐漸失去了的信任，但這並不是從個人的感情出發，對陳雲進行打擊報復，而是錯誤路線日益發展後的必然結果。對此，去世後，在總結歷史教訓時，陳雲沒有從個人的感情出發，而是從更深的層次，即從黨的建設的高度，對如何防止此類錯誤的再次發生進行了探討。他認爲，關鍵是加強黨的制度建設，特別是要完善黨的民主集中制原則。
陳雲從斯大林逝世後，赫魯曉夫大反斯大林，導致國際共運一時極爲混亂的教訓中得到啓發，認爲對這樣一位在黨史、中國近現代歷史上佔有重要地位的領導人的評價問題上，必須謹慎從事，客觀公允。他主張對的評價必須堅持實事求是的態度，既反對從“左”的方面以全面堅持晚年錯誤爲目的的極端做法，也反對從右的方面藉口晚年犯了嚴重錯誤而試圖全面否定的另一種極端做法。
早在1977年逝世1週年的時候，還未完全恢復工作的陳雲就在《人民日報》上發表了一篇題爲《堅持實事求是的革命作風》的文章，從戰略高度認爲，一生中最大的功績就是爲中國確立了實事求是的思想路線，並且詳細回顧了從紅軍時代起就與主觀主義作鬥爭的歷史事實，號召全黨認真學習所倡導的實事求是的偉大精神。陳雲的這篇文章可以說是國內較早的一篇公開批駁“兩個凡是”錯誤思想的戰鬥檄文。
隨着時間的發展，陳雲對晚年所犯錯誤、特別是對“**”這一嚴重錯誤的認識也在不斷深入，並且十分注意從中總結經驗教訓。他多次指出：“黨內民主集中制沒有了，集體領導沒有了，這是‘**’發生的根本原因。”因此他反覆強調：要不斷健全黨的民主集中制，要允許人家在組織原則許可的前提下，自由地發表自己的不同見解。他說：“十一屆三中全會以後，黨內有了民主集中制的氣氛，纔有同志敢於提出不同意見。在這個事情上，我們原來是吃過苦的，搞一言堂。我過去說過，不怕人家講錯話，就怕人家不講話。講錯話不要緊，要是開起會來，大家都不說話，那就天下不妙。有同志提不同意見，黨組織應該允許，這是黨的事業興旺發達的好現象。當然，有了不同意見，要在黨內說，在你的那個黨支部或者在你的機關，按照組織程序和組織原則嚴肅地提出來。提第一次，我們歡迎；提第二次，我們也歡迎；提第三次，我們還是歡迎。這樣，我們這個黨就會立於不敗之地，就會興旺發達，大有希望。”針對“**”中一言堂、重大決策個人說了算的嚴重弊端，他多次強調，要建立健全黨的民主集中制，要允許和鼓勵別人提出不同意見，甚至罵娘。他說：“一有錯誤就有人罵，容易改正。如果人家天天喊萬歲，一出錯就是大錯。”
1978年11月，在黨的十一屆三中全會召開之前的中央工作會議上，陳雲又一次不顧壓力，率先在小組會議上提出，要把工作着重點轉移到社會主義建設上來，先要解決影響大涉及面廣的歷史遺留問題，並列舉了薄一波等61人和陶鑄的歷史冤案、彭德懷的名譽恢復、事件的平反、康生的嚴重錯誤等6個問題。由於這幾個問題都是觸及“**”及其以前的“左”傾錯誤的關鍵性問題，因此，他的發言在簡報上刊登後，立即引起與會代表的熱烈反響，一下子使會議氣氛活躍起來。在與會代表的共同努力下，這些問題一一得到解決，使這次會議開成了解放思想、撥亂反正的會議。隨後，鄧小平又在閉幕會議上作了《解放思想，實事求是，團結一致向前看》的重要講話。在此基礎上，十一屆三中全會得以順利召開，並取得成功。
針對20世紀70年代後期80年代初社會上及理論界屢屢出現的試圖全面否定的不正常苗頭，在起草《關於建國以來黨的若干歷史問題的決議》時，陳雲不止一次地提出要對的是非功過做出符合實際的、經得起歷史檢驗的科學評價。他指出：《決議》要按照鄧小平的意見，確立同志的歷史地位，堅持和發展思想。要達到這個目的，使大家通過閱讀《決議》很清楚地認識這個問題，就需要寫上黨成立以來60年中間同志的貢獻，思想的貢獻。他建議，在《決議》的正文前面加上一段文字，集中論述建國前28年中國領導中國人民奪取民主革命勝利的歷史，特別要把的重要貢獻講清楚。他認爲，只有如此，的功績、貢獻就會概括得更全面，確立的歷史地位，堅持和發展思想，也就有了全面的根據；說明的功績是第一位的，錯誤是第二位的，說思想指引我們取得了勝利，就更服人了。
陳雲認爲，的第一個無可比擬的功績，是培養了一代人。其次，他正確處理了西安事變，並制定了抗日戰爭期間的一系列正確的方針政策，包括同國民黨又聯合、又鬥爭，堅持獨立自主立場的抗日民族統一戰線。這一時期他寫了許多重要的着作，例如《中國革命戰爭的戰略問題》、《實踐論》、《矛盾論》、《抗日遊擊戰爭的戰略問題》、《論持久戰》、《中國在民族戰爭中的地位》、《戰爭和戰略問題》、《新民主主義論》等等。我們黨裡頭沒有第二個人寫出這樣好的着作。這是了不起的功績。第三，延安整風時期，提倡學習馬列着作，特別是學哲學，對於全黨的思想提高、認識統一，起了很大的作用。第四，的一整套理論和政策，是總結了陳獨秀、李立三、王明的錯誤教訓得出來的，對中國革命的勝利起了決定性的作用。第五，在黨內的威望，是通過長期的革命鬥爭實踐建立起來的。即使他在犯錯誤的時候，許多老幹部被整得那麼厲害，可是大家仍然相信他，望不了他的功績，原因就在這裡。老一代人擁護是真心誠意的。
歷史已經證明並將繼續證明，陳雲的上述說法和做法是完全正確的，充分體現了一個偉大的馬克思主義者對歷史、對本人、對中國和中國人民高度負責的求實精神和嚴肅而又科學的辯證態度，爲後人在臧否人物、評價歷史時，提供了深刻、豐富而有益的歷史啓示。