提起九頭蛇，多數知情的人或許都會告訴你，那是一個孕育自德國納（na）粹的邪惡組織。二戰時期一個叫施密特的傢伙創立了這個組織，給組織上上下下的成員們灌輸了近乎邪教的信仰，並把“統治世界”當做了組織的終極目標......是的，又老土又中二的目標，在這個反派普遍越來越有個性的時代已經很少再有人把這種老掉牙的夢想當成終點了。
然而事實上，九頭蛇最初其實並非是由施密特創立的。這個組織幾千年前就已存在，他們最原始、最初的志向事實上也沒後來整的那麼遠大。他們一開始的目的很簡單——迎接地球上最早誕生的一個異人迴歸。
這部分故事就又不得不說到古代克里人來到地球做的那個實驗了。當初爲了給克里帝國的戰爭提供更多優秀的戰（炮）士（灰），克里人在地球上進行過一系列基因調整的實驗，並因此創造了異人這個種族。但爲了方便管理，他們需要一個人類的代言，一個異人的統治者。
那就是歷史上的第一個異人，被稱作“蜂巢”。
對被統治者來說，蜂巢就是絕對的權威。他是至高無上的統治者，被相信爲神的化身。他被賦予了讓無論多強大的任何異人心甘情願俯首稱臣的天賦，以便於他替克里人實行統治。
可無論他看起來活得多麼光鮮亮麗、風光無限，說到底他畢竟是克里人的代行者。就算說是個王，那也是個戴着枷鎖給人打工的王。
直到駐守在地球的克里人發生了內訌。一系列的內部糾紛後，克里帝國最終決定終止異人實驗，所有克里人全部撤出了地球。至此，一直壓迫在蜂巢頭頂的幕後老闆終於轉身走人，他總算能夠鹹魚大翻身、當起真正貨真價實的統治者了。
然而好景不長。
蜂巢長期坐在王位上的肆意妄爲引起了強烈的反抗，一批僥倖逃脫他魔爪的異人聯合起人類，想方設法把蜂巢放逐去了一個未知的外星球。
而那些希望他能回來繼續統治領導的人，則創建了“九頭蛇”這個組織的雛形。他們立志要將蜂巢從另一個星球帶回來，他們儲存着能打開通往外星傳送門的石頭，並且定期派人通過那道門試着把他們的領袖帶回來，可幾千年來進去人從未有一個出來過。
幾千年後，九頭蛇發展到今天，已經再沒多少人知道這個起源故事了。而就算是那些知道的人也大多都再沒把它當一回事。幾千年的歲月實在太過久遠，久到那位據說是九頭蛇之神的遠古統治者留下的威望和信仰都已被消磨殆盡。
開玩笑，這都几几年了？天知道那個老不死現在掛了沒。就算他真的這麼能苟，到現在都還沒斷氣，但是一個人在外星放逐了數千年就算不死也該瘋了吧？
因此對於後來多數思維正常的九頭蛇領導們來說，和這什麼所謂“迎接九頭蛇之神”的白癡理想相比，果然還是紅骷髏那套“幹翻盟軍統治世界”的老土野望更靠譜一點。
然而就算時至今日，還真仍有着那麼一小撮古老的家族，哪怕傳承至今日那位古老神明的能力和名字都已遺失，他們卻仍矢志不渝地堅持着信念。幾千年的歲月裡他們仍堅持不懈地派人去傳送門的另一邊探索，期望有那麼一天突然就有人能從門的另一邊回來，順便帶回某隻能幫他們一統世界征服一切的究極異人......
......不過貌似說來說去還是想征服世界嘛，這麼說來果然但凡是從九頭蛇裡出來的就連做起白日夢都沒啥創造力。
前任九頭蛇監督委員會元老吉迪恩·馬利克就是上述這種家族的後裔，並且截至目前爲止，他也是距離完成“老大去哪兒”實現項目目標最近的一人。他手下的科學家結合現代尖端科技對那開啓通往外星傳送門的石頭進行了長期堅持不懈的研究，現在總算獲得了些成果。他們給了馬利克一套理論可行的方案，告訴他或許真的可以從傳送門另一邊帶人回來。
對現在的馬利克來說，這無疑已經是最好的選項了。如今九頭蛇執政派紛紛垮臺，不知怎麼地整個組織殘餘百分之八十的力量似乎都被他們的死敵“黑騎士”所掌握。多虧吉迪恩·馬利克並非九頭蛇的直接領導，而是負責監管高層領導工作的“監督委員會”成員，因此才至今還沒被找上門來。
但他心裡清楚，這不過只是個時間問題而已。他每天早上醒來都得擔心今天那個身着黑色盔甲的傢伙會不會炸開屋頂從天而降，像死神一樣宣判他的死刑。
黑騎士太過強大了，馬利克親眼看着整個組織被那傢伙一個人撕成碎片，那根本就不是他所能對抗的敵人。所以他決定最後一搏，將希望全部傾注在那個傳說中的遠古領袖身上。如果這個領袖真的像祖先們流傳的那樣神乎其神，搞不好還能扭轉乾坤重掌大局。
這一次開啓傳送門後，他把自己手下最精銳的隊伍派遣了過去，順便還派去了那兩個提出方案的科學家現場指導。
不成功便成仁，事到如今保存實力已經沒有意義了（反正保不保存實力被敵方發現了都是被秒殺的事），所以不如派出最優秀的戰力去另一邊探索，增加成功的機率。
吉迪恩·馬利克焦慮地等在傳送門外，渡過了他人生中最漫長的十二個小時。
他看到一隻手從傳送門裡伸了出來，用力抓在了水泥地面上。
馬利克噌地從椅子上站了起來，目不轉睛地盯着黑黢黢的傳送門。
一個人從那裡面艱難地爬出來了，他半跪在地，劇烈地粗喘。馬利克認識他，那個是喬納森·伯特，他手下最優秀的特工。
但當那人緩緩擡頭，陰鷙得滲人的雙目和馬利克視線相交的剎那，馬利克就明白了這個人已經根本不是他派去的特工了。
這個就是蜂巢，以超能力寄生在馬利克派去的那個特工身上，成功地從另一個世界找到了回來的路。
馬利克想要大笑。
他成功了，他做成了數千年來九頭蛇從未做成的事！他帶回了一個神，現在神將帶着他發起反擊！