但他們的犧牲並不是毫無價值的。
這次明軍出擊遼東，滿清雖然極力封鎖消息，但通過百姓的口耳相傳，消息也很快的傳播開來。在感到振奮的同時，很多人開始明裡暗裡開始反抗清軍。在事情發生後的兩個月內，在遼東便有大大小小近百起漢人揭竿而起，反抗清軍的起義。後來，經過清軍的瘋狂鎮壓，事件纔有所平息。但只是將事情從明面上轉移到了暗地裡，內部的裂痕欲來欲大。
而百姓的嚮明之心卻越來越強。僅在明清兩軍對峙的蓋州，不到兩個月，便有近三千戶百姓拋家舍業，從蓋州逃到復州。大量百姓逃逸影響的不僅是滿清的勞動力，也直接影響清軍的軍心和戰力。
清軍爲此還在蓋州南側設立了無數的壘堡，以監視南逃的百姓，並對抓到的百姓進行最嚴厲的懲罰。但即使如此，仍有不少百姓越過重重阻礙前往明境。
而黃蜚看到民心可用，派出輕騎不斷北上。從任何可以突破的地方攻擊清軍，或破其屯堡，或燒其糧草，或毀其禾苗。本來土地肥沃，不僅可以自給自足，甚至可以供給其他地方的蓋州變的殘破不堪，甚至還需要滿清從其他地方調來糧食來供養在蓋州駐紮的大軍。
這種情勢，在福臨登上皇位，多爾袞當上攝政王之後，滿清的朝局穩固之後，纔開始有了一些改變。滿清以尚可喜爲將，率海州之軍進入蓋州，以伺機攻滅金復二州的明軍。
耿繼茂身死的消息傳回盛京，耿仲明仰天痛哭，大聲叫罵勒克德渾讓自己耿家斷子絕孫（耿繼茂爲耿仲明獨子，此時，耿精忠還未出生）。
但這種叫罵也只能在自家莊園裡面，勒克德渾是滿清的貝勒，他是被封的漢人的王。兩者論官職，當然是耿仲明更高，但地位確實千差萬別。如若讓滿清知道耿仲明心存不滿，或許他自己也要去地下陪兒子了。當多爾袞爲了補償耿仲明，而爲他增三百戶時，他也只能磕頭叩謝，將自己的一切不滿都壓下去了。但內心的積仇，卻使他氣憤難消，暗地裡不斷對兩紅旗的人使絆子。
多爾袞在當上攝政王之後，在代善的提議下，爲顯示自己的大公無私，斬殺了曾經支持自己登基的碩託和阿達禮。經過努爾哈赤、皇太極兩代，直到多爾袞當上攝政王，代善才終於把碩託這個自己最討厭的兒子送上了斷頭臺，可真是可喜可賀。而阿達禮，則是代善認爲不得不除，誰讓他當初上躥下跳，和碩託走的那麼近呢！
勒克德渾因爲戰敗，最後還致使明軍逃脫，被多爾袞下令暫時免除了貝勒。但有老代善在背後支持，相信用不了多久，便能重回滿清的高層。
尚可喜因爲疏忽放明軍進入遼東而被追責，但因爲多爾袞還要用他增援蓋州，也只是申斥了一番，讓他去蓋州戴罪立功。
杜爾祜因放走明軍，而被多爾袞下令申斥，免除鎮國公的官職，以普通將領的身份前往遼東前線戍防。
而李率泰雖然及時反應過來，率部向東追擊，並殲滅了部分明軍。但因爲仍然有不少明軍逃脫，且他帶兵前來盛京是導致明軍潛入遼東的主要原因，很多人上書要求重懲，甚至要求直接斬殺李率泰。
但李率泰在追擊不成的情況下，直接率部返回蓋州，並助馬永功及時穩固了局面，薄有功勞。且他返回蓋州後不久，在得知多爾袞當上攝政王后，立即給多爾袞寫了兩封書信。其中一封是他對這次戰事的總結，以及大力發展水師的建議。另一封則是他言說豪格之罪，並向多爾袞表忠心的信件。
多爾袞看過之後，覺得他發展水師的建議十分有理。他又詢問勒克德渾和石廷柱，兩人對李率泰評價都十分高。不久之後，一道聖旨從盛京傳下，封李率泰爲水軍總管，負責在遼河上訓練水師。
李率泰不僅沒被追責，還得到重用。多爾袞把他豎起來，製成了一個標杆，表明他並無追究跟隨豪格反對他的文武官員的意思。在這之後，不斷有人脫離豪格前來投靠多爾袞。豪格身旁除了一切死忠沒有離開外，得到了空前的孤立。
而多爾袞則水漲船高，統治地位得到了空前的提高。不久之後，他迎娶了皇太極的遺孀莊妃，間接成了福臨，也就是順治帝的父親。而滿清衆文武在此刻卻不敢發一言，多爾袞的威勢達到頂峰。
周顯在得知韓勇留在遼東腹地之後，下令升其爲遊擊將軍，劉麻子爲守備，讓人將文書、印信送到他們的所在地。並令人告知韓勇，在其控制的範圍內，武將遊擊之下可以由其任命，文官之下縣令可以隨意任命，大明朝廷予以全部認同。也就是說，周顯給了他充分的自由任命權。
按照最初的約定，凡是前往遼東的明軍。官職就地提升一級，高奇被任命爲副將的文書傳向京師，而吉木被立即提升爲參將。戰死者得到雙倍的撫卹，留在遼東傷兵的親屬亦是如此。而最後留下斷後的明卒無論生死都得到了三倍的撫卹。
直到後來數月，仍有一些明卒越過重重障礙，逃回明境，這就是後話了。
沈廷揚提行的通過海運運送糧草的提議得到了成效，第一批糧食十萬石運抵登萊。其中一半留下爲克遼軍，剩下的一半被運往京師。雖然不多，但大部分百姓看到有糧食到達，又不再積極屯糧，買糧。京師的糧價迅速下降，物價得到了一定量的穩定。
後來，崇禎帝答應了沈廷揚開放天津爲經商口岸的提議。鄭芝龍知道之後，當即派出海船五十艘，幫助朝廷轉運糧食到京師，運糧的數量得到了極大的提高。第二批，共轉運了近七十萬石糧食到達。其中一部分仍然送往京師，剩下的則被送往寧遠，爲