周顯最近很忙，雖然將劉澤清驅逐到了運河之西，但近十萬大軍崩散而逃。他們無法逃過河去和劉澤清會和，便只能散於濟南府內的諸縣。
比較好的，他們在自己領將的率領下，向南或者向西逃。南面是李定國，西邊是李巖，不願歸降周顯的他們逃向那裡向兩人投降。而其他的，情況則要慘上很多。爲了活下去，沒有約束的他們或上千人，或幾百人，乃至十幾人，幾個人合在一起，四處洗劫村莊，搶奪金銀和吃的。
本來已經深受兵災之亂的濟南府百姓，再一次遭受了一次滅頂之災，不少村莊被屠殺的一個不剩。但哪裡有欺壓，哪裡就有反抗。無數百姓在本地鄉紳的組織下也自主的匯聚在一起，他們拿起鋤頭、棍子抵抗這些亂兵。不少逃脫官軍追殺的叛軍士卒沒死在戰場上，反而被普通百姓亂棍打死。
周顯佔據濟南城後，卻沒有立即派兵去清剿這些逃散的叛軍士卒，而是下令全軍休整。直到後來，俞百易率領新招募的萬餘新兵到達，周顯才從勇字營挑出了兩個千人隊。每一百個老卒，配上六百新兵，再加上選出的三百叛軍俘虜，前去接收周邊諸縣，並積極出擊，到處清剿這些亂兵。
而剩餘的兵卒，除了白翥率領近四千士卒駐紮在德州外，剩餘的都集中於濟南城中。即使後來賀錦出兵佔據了曲阜，在泗水對岸設立防線，周顯依舊沒有出兵。只是讓孫軒率領千餘騎兵和仁字營的兩個千人隊返回泰安，增援談時邁，幫助他穩住局面。
之所以如此，是因爲周顯還忙着整肅濟南城的諸多事情。
在奪取濟南城的第二天天明，周顯下令全城搜索還未出來投降的叛軍將士。一日間，便搜出來了近兩千人，全部被他下令斬首在西門口。一時間人頭滾滾，徹底震懾了城中的百官和鄉紳。本來還混不在意的他們頓時慌了，連忙通過各種關係聯繫周顯，送錢送糧，只願討得一命。
看着這些人滑稽的表演，周顯沒有過多理會，只是下令照單全收。而另一方面，他利用現有的資源從俘虜中挑選精壯士卒，並將他們打散後編入自軍。而之前和劉澤清交戰俘獲的兩千餘匹軍馬被周顯交給了武志英，讓他從全軍挑出兩千會騎馬的加以訓練。
在政務方面。以前，劉澤清爲了加強控制，將大部分官吏都放置在濟南城中。而周顯在拜訪了謝升之後，聽取了他的建議。
首先歸順劉澤清的諸多官吏，和跟隨劉澤清反叛的軍中將領一起被押解到京師，家產全部沒收。受劉澤清挾持而被迫歸降者，依罪而定，大部分任從輕處罰，按照他們的官職降一級或兩級繼續錄用。而對於那些拒不歸順，被劉澤清斬殺或者免官者，撫卹其親屬，或重用其本人。
只不過在實施過程中，周顯沒有完全依照他們是否從賊這種簡單的標準進行處罰，而主要看他們本身的才能。對於一些實幹的人，周顯一般不動他們的官職。而對於一些腐儒，大部分時候是被周顯一罷到底。
在高名衡到達濟南之前，周顯已經任命八成以上的州官、縣吏。他雖然對周顯這樣的恣意行事有所不滿，但也無可奈可。畢竟，軍權完全掌握在周顯手中，而且劉澤清之亂還未完全被平定。
朱以海來到濟南，正式接任魯王。而周顯在接見諸王的時候，當衆宣告朱以海宣佈平叛成功後將濟寧原屬於魯藩的資產全部獻給朝廷用於安撫災民。德王也緊跟着宣佈，願意拿出濟南周邊的二十萬畝良田。而衡王，則順水推舟，將在臨沂已經被周顯分給災民的良田正式交付給周顯。有了他們的領頭，其他鄉紳官員也紛紛出來表示，此舉大大緩解了周顯的壓力。
而這之後，濟南城中也迅速安定了下來。畢竟他們以爲周顯想要的就是一些金財，只要出了錢，這次就能安然過去。而周顯也樂見這樣的情況，短時間內也不準備再大肆改變什麼。畢竟，賀錦的舉動令他有點疑惑。
這一日，周顯召集衆將議事。
俞百易首先站起來道：“督帥，從俘虜中挑出了大約五千人，又招募了萬餘新兵，共計一萬六千人。他們的訓練都在進行中，是否還要繼續招募？”
周顯點了點頭，“繼續招募，至少要將新兵的數量增加到三萬人。”
俞百易皺眉微蹙道：“督帥，雖然我們佔據了青州、濟南兩府，但民心未附。最近招募來的新卒有六成以上還是來自登萊二州，再這樣下去，那二州的青壯恐怕減縮殆盡了。”
周顯道：“這個我知道。從今以後，在兩州暫停招兵，將重點放在濟南、青州。慢點沒有關係，但總徵兵人數不變。”
說着，周顯轉頭向李開道：“李開，以前有太多士卒編入勇字營。即使去除白總兵帶到德州的近四千人，你手中還有近八千人。你挑出五個千人隊，繼續保留勇字營的營名。其他的用老兵、新兵混合的方式，給我再建三營。新營的規模要小一點，每個保留三個千人隊，以及一百哨騎。武器、裝備等軍需，你找俞百易拿。這四營人馬都歸你統一指揮，具體的將領任命，你給我拿出一個名單。要儘快讓他媽步入正軌。”
李開站起來道：“屬下明白。”
俞百易道：“督帥，現在的輜重都是從萊州運來。路途遙遠，而且山路難行。目前軍中一時恐怕拿不出那麼多東西。”
周顯道：“這正是我想和你商議的。從萊州到淄博這一段路多山，也是最難行的。現在俘虜了那麼多叛軍，還有數不清的災民沒法過活。我們何不利用這些勞力，修一條道路，從萊州直達淄博。如果真修好了，對我們將來掌控所佔的地方將會有無窮的益處。”