朱明幾個人分工合作，展開一場拯救兩百萬人生命的大戰：
首先需要大片的土地安置難民。
爲了獲取土地，旅順軍陸軍出動，向連島北面、西面、南面的陸地進發，沒主的土地，直接圈佔來開墾，有主的土地儘量使用銀子按市價購買，如有官府出面阻撓的，由朱明親自出面解決。
事實上，因旅順軍以區區五百人就擋住劉澤清九萬大軍的瘋狂圍攻，擊斃近百倍於自己的明軍，兇名早已傳遍天下，那還有誰敢出來阻攔，兩淮的官府睜隻眼閉隻眼，況且旅順軍買賣公平，完全按市價計算，絕不虧欠，很快就非常順利地將上萬平方公里內的千萬畝耕地圈入旅順軍的控制之下。
在旅順軍保護下，將難民分佈在其中，擇合適的地點設立安置點，建立邨寨。
土地有了，更重要的是要將難民組織起來。
朱明和黃文昭帶着遼東逃出來的人，深入到難民中，以他們在旅順口逃難時組織保甲選舉的經驗，將難民們按十戶爲一保、十保爲一甲、十甲爲一邨、十邨爲一鄉的建制模式編組起來，幫助難民們自行選舉出保長、甲長、邨長、鄉長，邨級的選出五至七人議事長老，鄉級的選出七至九人的議事長老，議事長老對邨長、鄉長進行監督，本邨鄉的重大事宜需要邨長、鄉長與議事長老商議表決。
朱明和黃文昭還組織還成立了法院，承擔裁決民間的訴訟事宜，黃文昭既要擔任大法官，還要制定民法、刑法，並培養律師、法官等人員，忙得團團轉。
難民組織起來了。首先要做的事情是防疫檢疫，防止爆發大規模的瘟疫，朱明將這個事情交給專業人士——《瘟疫論》作者吳有性去做。
吳有性對此很是上心。帶着一幫學生，隔離病人、救治護理病人、教會難民注意個人衛生等等。忙的不亦樂乎。經過一番努力，兩三百萬人的難民集中，竟然沒爆發大規模的瘟疫。
有了制度和組織作爲初步保障，朱明等穿越衆組織難民們積極開墾耕地，修繕水利，種植番薯、玉米、馬鈴薯等高產值的農作物。
工欲善其事必先利其器，兵工廠裡，田志平帶領工匠工人們暫時不再生產槍炮。改爲日夜生產鐮刀、犁、耙、鋤頭、糞叉、魚叉、魚鉤、魚釣、水車等農具漁具，爲農業生產提供工具保障。
此外，工匠們還要帶着難民們去按規劃修築房屋、廁所、下水道等設施，保證難民們不會露天而眠。
最重要的事情還是讓兩百萬人能吃飽肚子，劉德化承擔了較大的責任，在他的組織下，現在連島到瓊崖之間已有三百多艘大商船在晝夜不斷地在海面上運送物資，花了半年時間，將連島的五十萬身體強健的難民運送到瓊崖去安置，再將瓊崖的稻米、番薯、馬鈴薯、玉米、水果等物資運送到連島救濟難民
。至於商船經過臺灣海峽。鄭芝龍要收取保護費過路費，在打擊鄭芝龍的時機未成熟前，劉德化只好忍着心痛先把銀子流水般交出去。惹得鄭芝龍直誇他大方。
但難民還是源源不斷地涌來連島，運走了五十萬，又來了八十萬，連島附近的難民不但沒減少，反而變成了兩百三十萬人，瓊崖運來的糧食只是杯水車薪，而新種下的作物還遠未到收成的時候。
不得已之下，只好組織難民們去海邊河邊打魚、撈魚、網魚、釣魚，並請來有經驗的老農。教會難民們辨別可以食用的野菜、樹葉，採集一切能食用的野菜、樹葉。
爲了難民能度過到連島後的難關。旅順軍暫停了正常的訓練，水師派出海船到深海協助難民打漁。而陸軍也不敢示弱，派出神槍手，將飛經連島空域的飛鳥橫掃一空，鳥雖小，但也是算是一塊肉啊——談什麼環保？先把兩百多萬條人命保住再說吧！
最後還是大財神劉德化親自出手，帶着大批的真金白銀到江南、甚至安南、占城、馬尼拉等華夏域外地區，擲下重金大肆收購糧食運回連島，總算讓難民們不至於餓死一人。
大規模的運送糧食、難民，直接刺激到造船業、海運業的發展，連島、瓊崖的造船工場，一年時間裡，新船下水，像往海里下餃子一樣，造大海船六三百多艘，平均每天下水一艘海船，另外，劉德化還通過匯通銀行的運作，籌款在其他地方購買了兩百多艘海船，現在的船隊數量已突破六百艘，這還不是最大的收穫，最大的收穫是培養出船員水手五萬多人，連同旅順軍水師的一萬多水兵及一百多艘戰船，形成了頗爲可觀的海上力量。
到崇禎十六年的年底，經過近一年的努力，在連島附近，建立了七百多個邨寨，開墾了近兩千萬畝耕地，安置了足足兩百六十萬難民，此外，還運送了九十多萬人到瓊崖開墾屯田。
這樣大規模運送幾百萬人口的行動，北京朝廷因爲被李自成、張獻忠搞得欲仙欲死，只要旅順軍不直接舉起造反大旗，根本沒心思理會這檔事，而各地官府也抱着多一事不如少一事的心態，任由連島、瓊崖兩地安置難民。
連島、瓊崖在海上大規模運送人口、物資的行動中，原本鄭芝龍是最高興的，每一艘船經過臺灣海峽都要向他繳納銀子，銀子像流水一般流進他的庫房，他數銀子數到手軟，可是到後來，他漸漸覺得不對，派人去調查，發現給他送錢的大財主劉德化運送的難民、物資與大敗滿清的旅順軍關係密切，把他驚得出了一身冷汗：旅順軍這麼強悍，爲何還要如此爽快地向自己交銀子？是不是暫時忍讓一陣，將來連本帶利地討要回去？
當鄭芝龍正在不知所措時，隨着秋天的豐收因旅順軍安置難民的困難得到一定程度上的緩解，終於開始將征討鄭芝龍掃平東亞海面的事情排上了議事日程。
作爲華夏走向海洋的絆腳石，鄭芝龍一定是要被搬開的。