黃巢就在田令孜的宅地下榻。財富充足的他讓手下兵士們見到貧窮者就施與他們。黃巢之衆覺得天下已定，從未見過長安之繁華的他們又暴露了自己的本姓，開始四處搶掠女子、財物。最初跟隨黃巢起義的那數千山東人經歷無數惡戰到此，更是驕橫無比，殺人滿街、到處放火。整個軍中瀰漫着一股強盜的氣氛，都將先前黃巢申明的紀律拋到九霄雲外了。法不責衆，見大家如此，黃巢想阻止他們也是不可能了。由於黃巢部下多爲窮苦之農民，他們尤爲憎恨貪官污吏，這回都發了瘋似的到處搜查，見官就殺，不論其是否清白。
爲發泄部下的憤怒，黃巢索性令人將唐宗室成員在長安的全部殺掉。崔沆與豆盧琢等高官追趕皇帝沒跟上，藏在民間，被搜出後也被殺了。廣德公主被抓後寧死不屈，說道“我唐室之女，豈可污於賊手！”言畢撞刀鋒而死。
十三日，黃巢即皇帝位於含元殿，擊戰鼓數百代替金石之樂，作爲登基之禮。之後登上丹鳳樓，頒下赦書，定國號爲大齊，改年號爲金統。冊立其妻曹氏爲皇后。任命尚讓爲太尉兼中書令，趙璋爲兼侍中。考慮到民憤平緩的差不多了，自己剛建立新朝廷，極爲缺乏官吏。在二十日，黃巢又發佈命令，凡是原來唐朝三品以上官員全部停任，四品以下官員保留官位如故。令百官到趙璋府第投遞上名銜，准許復其官。將作監鄭綦、庫部郎中鄭系堅守臣節，寧死不願臣服於黃巢，全家自殺。左金吾大將軍張直方雖臣於黃巢，但由於他多收納亡命，又將很多唐朝公卿藏在家裡的暗牆之中，被黃巢發現後也被斬首。
再說唐僖宗一行向駱谷進發時，鳳翔節度使鄭畋在道路旁拜謁，希望皇帝能留在鳳翔。唐僖宗很不高興：“鳳翔離賊這麼近，豈不是很危險？我還是先去興元吧，然後徐徐徵兵以圖收復。希望愛卿能東抗賊鋒，西撫諸蕃，待諸道兵會和後，共同討賊，建立功勳！”
鄭畋在鳳翔召集諸將商議出擊黃巢，諸將大都說道：“賊勢熾熱如斯，我們應等待諸道兵集合後，再圖收復。”鄭畋又驚又怒道：“鳳翔東面即爲長安，賊不日將至。這麼說，你們是要勸我臣服於賊嗎？”說完後氣昏倒地，面部被磚石所傷。等他醒來後，一直到次日早晨，都說不出話來。這日正好黃巢派使者帶着赦免諸軍的赦書趕到，監軍袁敬柔與衆將佐對黃巢使者畢恭畢敬，草寫降書宣示於衆，代替鄭畋署名，對黃巢的赦免表示感謝。監軍袁敬柔爲黃巢使者舉行宴會，音樂響起後，兵卒們都失聲痛哭。使者感到很奇怪，節度使府幕客孫儲解釋說：“由於軍府相公鄭畋因病不能前來參加宴會，所以大家感到悲痛。”民間百姓聞知後無不流淚者。鄭畋聽到如此情形後，內心燃起一絲希望說：“我就知道天下人心尚未對大唐王朝完全絕望，逆賊授首指日可待！”於是刺破手指，用血書寫表文，派遣親信走小路帶到唐僖宗的行營，以表自己滅賊之決心。他又召集部下將佐，慷慨誓衆，向他們曉諭以逆順之理，以忠義激勵部下。言辭慷慨，激動流涕。部下官兵無不感動者，他們都刺血爲盟，誓願以死報國！之後鄭畋帶領大家將鳳翔的城牆壕塹修復完好，兵器軍械修復完善，訓練士卒，並秘密約請相鄰藩鎮合兵共討黃巢，相鄰藩鎮也都許諾發兵，一齊到鳳翔會合。當時朝廷的神策軍坐鎮於關中的有數萬人，聽說唐僖宗逃往西蜀後，一時無所歸從。鄭畋就派人前往各軍招撫，神策軍士都感義前來，表示願聽從鄭畋的調遣。鄭畋還將所有公私財產分給諸軍，以連結穩固諸軍之心，瞬時間軍勢大振。
唐僖宗車駕到興元后，下詔令天下所有藩鎮出動全部軍隊共同收復京師。
黃巢派遣使者到河中地區調發兵糧，使者前後達數百人，河中吏民無法負擔，苦不堪言。節度使王重榮大怒，召集部衆說道：“當初我忍辱負重，屈節臣賊，爲的是緩解一時之急，待諸道援兵來到後再攻擊賊衆。如今黃巢來徵調兵糧不斷，慾壑難填。怕是等不到援軍來我們就要亡於他手。我們不如即刻發兵拒賊，到死也不失忠義之名！”部衆都稱讚叫好。於是王重榮將黃巢派來的使者全部處死。
黃巢大怒，派遣部將朱溫從同州發兵，弟弟黃鄴從華州發兵，兩軍會合共攻河中。王重榮出兵抗拒，大破兩支軍隊，繳獲糧食兵仗四十多船。長安失守，義武節度使王處存聽聞後號哭數日，誓滅黃巢，不等皇帝詔書下達就帶領全軍向長安進發，並派出二千人去興元保衛皇帝車駕。王重榮聽聞其忠義，便派遣使者與王處存結盟，王處存就帶領軍隊來到渭北紮營。
西川節度使陳敬瑄聽聞皇帝車駕西巡，遣步騎三千來迎，希望皇帝能夠到成都避難。因爲西川是以成都爲治所。陳敬瑄是田令孜的哥哥，田令孜當然本來是陳姓，因自小投到一田姓家中爲奴，便改了姓。後來入宮爲宦官，成了皇帝的大紅人，他一直沒有忘記自己的哥哥。在田令孜的幫助下，無甚能耐的陳敬瑄一路高升，做到了西川節度使。這時跟隨皇帝的士兵越來越多，興元的糧儲不夠充足，田令孜也勸皇帝前往，於是唐僖宗一衆向成都前進。
月末，黃巢在長安城大擺宴席，犒賞軍民。“我們終於在長安過上了大年！”“從此這天下再不姓李！”“苦日子一去不復返，憧憬未來吧……”其兵衆個個無比歡喜。
這些人只顧眼前之樂，以爲得了長安便可得天下，個個心滿意足。都開始貪圖享樂，忘記了那些艱苦奮鬥的歲月，安逸懶惰，不思進取。連黃巢也認爲天下不日即可平定，他只派兵將去攻擊以長安爲中心的各處險要重鎮，以爲以此爲核心，傳檄天下，各藩鎮都將前來歸附。
其實他錯了，錯的還極其嚴重。天下各藩鎮跋扈數十年，都握有重兵，他們剿賊不肯盡力那是顧及自己的利益，平時連唐朝的命令都敢不聽的他們，又豈會俯首帖耳的向黃巢這個暴發戶稱臣？