在885年三月，唐僖宗一衆從成都回到了久違的長安。這時的長安遭大亂後荊棘滿城，狐兔縱橫，一副觸目荒涼的景象，唐僖宗心下甚爲不樂。想起在蜀地雖然時常擔心黃巢會奪取天下，但蜀地的山川秀麗、錦繡繁華使他得以暫忘一切煩惱，日日深杯酒滿，夜夜笙歌不斷，倒也樂得個逍遙自在。
聽說又有秦宗權稱帝，更增鬱悶，便下詔令徐州節度使（治所在徐州，轄泗州、宿州、濠州共四州）時溥爲蔡州四面行營兵馬都統以討宗權。黃巢雖平，秦宗權勢力猶熾。當黃巢陳州之敗時，秦宗權見情況不妙便保全有生力量從黃巢手中脫走回到蔡州，養兵練卒，勢力陡增。他開始分兵寇掠鄰道，這秦宗權之殘暴又遠甚於黃巢，大軍出行糧運未到，竟然用車載着用鹽醃的屍體作爲軍糧。秦宗權令其將陳彥侵淮南，秦賢侵江南，秦誥陷襄州、唐州、鄧州，孫儒陷東都、孟州、陝州，張晊陷汝州、鄭州，盧瑭攻汴州、宋州，所至屠翦焚蕩，成爲一片廢墟。州、鎮倖存者僅能保守一城，極目千里，無絲毫煙火氣。攻陷東都後秦宗權自以爲所向無敵，不可一世。 心說道“李家無能，這皇帝黃巢做得，我做不得嗎？”於是他便叛唐自稱皇帝，設置百官。
由於當時藩鎮各專租稅，不供朝廷。朝廷度支僅靠京城、同州、華州、鳳翔等數州租稅。在僖宗幸蜀後，田令孜在蜀又募新軍五十四都，每都千人，南牙、北司官員也有萬餘人。而爲使唐僖宗整日沉醉於聲色犬馬而荒廢政事，田令孜每日以奢靡的宴飲與聲伎、優伶來供奉他。因此田糧不夠贍軍，賞賜也難以按時發放，諸士卒都有怨言。田令孜很是擔心日久會有變故。這時他忽然想到了安邑、解縣這兩個地方，盛產食鹽，有鹽池之利，販賣之利本來屬於朝廷。可在黃巢之亂時，河中節度使王重榮因作戰耗費甚巨，便獨佔了鹽池之利。但王重榮仍然每年都向朝廷奉獻三千車以供國用。
田令孜想把鹽田之利全部搶回，便向唐僖宗上奏恢復舊制。於是田令孜便兼任兩池榷鹽使，奪了鹽池，收其利以贍軍。王重榮極其憤怒，向皇帝上章論訴不已，“臣當初佔據鹽池也是權宜之計，實因與黃巢作戰軍用不足。然歲奉朝廷足顯臣之忠心。田令孜如今將此鹽池強行搶去，臣之數萬將士衣食不足，實在讓人心寒。懇請陛下收回成命，臣願歲奉五千車以供國用。”唐僖宗終是難違田令孜之意願，屢次遣中使去安慰王重榮，希望他能寬宏大量，不以此事爲意。王重榮憤鬱難平。
數日後發生的一件事，讓王重榮再難遏制心中的盛怒。 當時田令孜專權，唐僖宗之旨意全由己出。他自以爲用唐僖宗的名義來發布號令，天下莫敢不從。對跋扈之藩鎮不敢如何，但卻多遣親信視察那些尊奉朝廷的節度使，有不附己者，便想方設法除掉。田令孜令養子田匡祐出使河中，王重榮待之甚厚，而匡祐卻傲慢無禮，舉軍皆憤怒。王重榮也是憤怒已極，便令軍士數其罪惡，責其無禮，欲動用笞刑。監軍好說歹說才使得田匡祐免了一頓鞭子，在一片唾罵聲中脫歸。回去後，他告訴田令孜此事，田令孜便決定除去王重榮的河中節度使之位。他令唐僖宗下詔，徙王重榮爲泰寧節度使，讓王處存來做河中節度使，以原泰寧節度使齊克讓去做義武節度使。還下詔令李克用以河東軍護送王處存赴鎮。
王重榮得旨後大怒，對將佐們說道“收復京城我亦有大功。天子豈能不知？真可惜其爲奸宦所掌控。吾之一片丹心，卻爲閹豎所隔，不能上達帝所！奸賊欲將我遠逐，我豈能再忍？今番我要帶諸軍清君側之惡，以正皇帝之尊！”於是王重榮令人向唐僖宗上表，論田令孜離間君臣，數田令孜十罪。王處存不願改往他鎮，也向皇帝上言："幽、鎮攻臣之兵新退，臣暫未敢離治所。況且王重榮無罪，且有大功於國，不宜輕易改鎮，以動搖諸藩鎮之心。"
田令孜看王重榮要“反”，便聯結邠寧節充使朱玫、鳳翔節度使李昌符對抗王重榮。王重榮求救於李克用，李克用亦知田令孜奸邪，黃巢攻入京師，天子播遷，多半都是爲此閹所誤，於是李克用欣然願往。而朱玫、李昌符亦陰附於朱全忠，更讓李克用怒氣難平。李克用向皇帝上言："朱玫、李昌符與全忠相表裡，欲共滅臣，臣不得不自救，現已集蕃、漢兵十五萬，準備來年濟河，自渭水以北討伐二鎮；絕不靠近京城，臣敢保無掠擾之患，聖駕無虞，請天子放心。誅二鎮後，臣當旋師滅全忠以雪仇恥。"皇帝派使者和解李克用與朱玫、李昌符，然而往返數十次，絲毫不起作用。而朱玫想要朝廷一併討伐李克用，便使了奸計。他多次派人暗入京城，放火燒糧，刺殺皇帝貼身侍者，嫁禍給李克用。於時京師震恐，皇帝心驚。
十一月，田令孜遣朱玫、李昌符兩鎮軍及神策軍，鄜、延、靈、夏等州軍各三萬人屯兵沙苑。王重榮發兵相拒，並告急於李克用，克用引兵急赴。王重榮與朱玫等相守月餘，李克用兵終於到達，先向皇帝上表請誅田令孜及朱玫、李昌符。唐僖宗下詔和解，兩方均不聽。於是十二月下旬兩軍合戰，朱玫、李昌符被李克用、王重榮殺得大敗，各自逃回本鎮，潰軍所過焚燒搶掠、無惡不作。李克用、王重榮向京城進軍，志要除掉田令孜。田令孜嚇得連夜帶天子自開遠門出走，逃往鳳翔。若再追的話，怕會惹上逼天子之嫌，李克用與王重榮便各自回軍了。之後他們繼續向皇帝上表，列數田令孜之罪，希望天子將其誅殺。