日本統帥部制定的反擊方案非常簡單有效，一刀就插在十九路軍的軟肋——首先命令遊弋在江浙沿海的海軍艦艇全前進，全面封鎖臺灣海峽，徹底切斷兩岸之間的物資和人員運輸通道；其次，集結在北部灣的航母編隊緊急返航，日夜兼程向臺灣海域前進，只要臺灣進入艦載機的攻擊範圍之後，立即出動轟炸機羣進行主動攻擊，壓制登陸部隊的攻勢；再次，從關東軍抽調兩個師團的兵力，集結完畢之後，在本土出發的海軍艦艇編隊的護衛向向臺灣進發，準備在島內與中國軍隊決戰；最後，命令島內的駐軍和日本僑民向高雄和基隆兩個港口附近集中，在海軍艦炮的支援下固守待援，把中國軍隊死死拖住，使其無法順利佔領全島
日本統帥部之所以能夠在短時間內製定出如此大膽的計劃，一方面是因爲陸軍全部深陷中國戰場，無法在短時間內抽身出來，另一方面則是不相信十九路軍只依靠島上的區區數萬兵力就能把駐軍驅逐出去——島上的正規軍雖然只有六七千人，但是還有兩萬餘名警察和二十多萬日本僑民，憑藉存放在高雄和基隆兩個港口倉庫裡面的武器裝備可以輕易再裝備兩個師團，這樣一來，兵力就是對方的兩倍以上
十九路軍的第二批物資剛剛運送過去，臺灣海峽就被匆忙趕來的日軍艦隊封鎖，謝長風率領的臺灣軍團就成爲一支孤軍
形勢雖然異常嚴峻，但是由於事先已經考慮過這種可能性，謝長風早就有了心理準備，當日軍第一支艦隊出現在臺灣海域之後，他立即向軍部報告敵情，然後從容不迫地部署兵力：向南進攻的臺灣軍團第二師在順利攻克臺南之後沒有繼續南下，而是以兩個步兵營在當地組織防禦，師部和炮兵團回師嘉義，其餘部隊則以營連爲單位以迅雷不及掩耳之勢掃蕩周邊的縣城鄉鎮，在徹底破壞日本在地方的基層組織的同時，通告國軍登陸的消息，在民衆當中徵集志願兵；向北攻擊的第一師在攻克竹之後以摩托化步兵營爲先導，高向臺北挺進，兵鋒直指基隆港；軍團司令部和直屬部隊則進駐臺中，然後徵集民夫把船隊運送過來的補給和繳獲的物資向中央山脈的高山族聚居區運送，原先滲透過來的諜報人員、小分隊與無法返回大陸的數千民夫很快聚集起來，準備在這裡家裡根據地由於高山族在日本統治期間數次起義，被日軍血腥鎮壓過，對日本人是恨之入骨，所以對中國軍隊的到來非常歡迎，在他們的全力配合下，創建根據地的工作進行得非常順利
鑑於日軍具有空前強大的海空力量，謝長風完全放棄了依靠海防工事把敵人阻擋在海岸線之外的想法，只在臺中、竹等幾個沿海港口和適合登陸的灘頭陣地配置了少量的監視兵力，卻把軍團的主要機動兵力投入到摧毀日本地方政權的工作當中
匆忙趕到的日軍聯合艦艇的所有陸戰兵力還不到一個團，根本沒有膽量進行登陸作戰，而華中和華南的日軍又沒有多餘的兵力可以機動，所以只能耐心地等待關東軍的到來，在此之前，只能依靠艦載機對中國軍隊進行空中打擊，支援被壓縮在兩端的守備部隊，同時艦艇編隊用艦炮對沿海的要塞、港口進行不間斷的轟擊，爲後面的登陸作戰掃除障礙
最初，中國軍隊登陸的消息傳開之後，只有諜報人員活動頻繁地區和高山族聚居區的民衆明確表示了熱烈的歡迎，其他地區基本上都保持觀望的態度，因爲長期的封鎖和隔絕，使他們對海峽對岸的祖國已經十分生疏，也沒有多少信心可是，當日軍不分清紅皁白的狂轟濫炸造成大量平民死亡之後，民衆的心態開始發生了微妙的轉變謝長風立即把握這個難得的機會，投入大量的人力和物力來救災，以爭取民心由於臺灣是日軍進攻華南的中轉站，各地的倉庫裡面堆滿了各種各樣的物資，同時，二十多萬日本僑民也積累下相當可觀的財富，謝長風把這些物資當中軍需品之外的東西全部分配給當地民衆，並且把日本人手中的耕地也平均分配給臺灣農民，同時極力鼓動他們加入摧毀日本地方政權的行列
日軍遲遲沒有登陸，使臺灣的民衆開始對他們的實力感到懷疑，而中國軍隊精良的裝備和強悍的戰鬥力又給他們留下了深刻的印象：看着往日裡不可一世的日本警察和駐軍在中國軍隊兇猛的攻擊下倉皇逃竄，對祖國的信心終於慢慢恢復起來，許多老人開始回憶起幾十年來深埋在心底的仇恨，把日軍當年是如何鎮壓臺灣軍民的舊事告訴自己的後代，於是，越來越多的人們加入了驅逐日本僑民的行列另外，由於日本政府曾經採用巧取豪奪的手段把臺灣農民的土地強行分配給日本僑民，使不到三十萬的日本人佔有過70%的土地，分配土地的政策頓時使這些農民手中的土地起碼多了一倍以上，頓時改變了他們的態度
許多原本想留在莊園裡面觀望的日本僑民，忽然發現往日溫順的農民開始用不懷好意的眼神打量自己，只好和政府官員、警察們一起加入逃亡的行列，向高雄和基隆兩個港口城市狂奔而去，希望能夠逃出這片已經變得非常危險的土地
察覺日本人的動向之後，謝長風立即命令軍隊放緩前進的步伐，把驚慌失措的日本僑民向趕鴨子一樣臺灣島的兩端趕去，許多在日本殖民政府任職的臺灣人和親近日本的臺灣人由於害怕受到中國軍隊的懲罰，紛紛加入逃難的行列，於是在不到十天的時間裡，高雄和基隆兩個港口就增加了幾十萬人由於臺灣一直是糧食的主要產地，所以基本沒有鬧饑荒的可能，每年的餘糧都被日本政府調運國內，導致島內儲存的糧食並不是很充裕，高雄和基隆本身是海港城市，平時都要靠其他地方運送糧食過來，現在突然增加了好幾十萬人，很快就把儲存的糧食消耗一空，使難民們陷入忍飢挨餓的境地
日本統帥部好不容易在東北集結了兩個師團的兵力，可是卻接到高雄、基隆兩地駐軍的緊急求援，要求儘快運送糧食或者把僑民運送回本土，頓時陷入進退兩難的境地繼續登陸作戰的話，軍隊並沒有把握能夠在短時間內殲滅中國軍隊，而這些聚集在兩個港口城市的難民卻支撐不了多長時間，何況外面還有中國軍隊在虎視眈眈；如果運送糧食的話，以臺灣和日本之間的距離，大型運輸艦來回一趟要好幾天，只有一次出動很多艦艇才能夠維持近百萬人的消耗（兩個城市本身還有數十萬人），即便這個辦法可行，如果讓中國軍隊突破了防線，幾十萬僑民的生命就很難保障了
萬般無奈之下，日本統帥部只好暫時放棄登陸臺灣的計劃，轉而出動大批運輸艦，在戰艦的護衛下輸送難民
面對這個千載難逢的好機會，謝長風一面命令中部的部隊抓緊時間構築工事，蒐集糧食，一面命令南路軍和北路軍把部隊以營爲單位奪路突擊，不斷壓縮日軍的生存空間，迫使其只能龜縮在港口附近地區，依靠艦炮的支援勉強維持防線此前曾經被日軍統帥部寄予厚望的臺灣駐軍，雖然在倉促之間從警察和僑民當中拼湊了將近兩三萬人的部隊，但是在臺灣軍團面前一觸即潰，根本沒有起到任何作用
臺灣駐軍本來就是以靜態守備爲主的部隊，無論是火力還是機動性，都和中國戰場上面的日軍野戰師團相去甚遠，而那些警察也都是年齡在四十歲以上退役老兵，平時揮舞幾下警棍還勉強可以，再整裝上陣就明顯力不從心了，被武士道精神培育出來的平民雖然也勇猛無比，但是大部分連槍都不會放，白白增加對方的戰績另外，日本國內上至天皇，下至普通平民，沒有一個人會想到中國軍隊敢登陸臺灣，所以島內的各城市，根本就沒有堅固的工事，有的地方沿用的還是甲午戰爭之後修建的古董工事，如何能夠擋得住火力強大的十九路軍
得到日軍艦隊開始撤退僑民的情報之後，謝長風立即命令炮兵部隊對基隆和高雄進行猛烈炮擊，同時步兵輪番出動，不斷向市區突進，在駐軍和難民中間造成極度的恐慌，於是日本海軍的航母編隊出動所有轟炸機，輪番攻擊十九路軍的炮兵陣地和步兵前沿陣地，遲滯對方的攻勢
趁日軍的注意力完全放到高雄和基隆兩個港口的時候，福建總部把手頭上僅有的最後三艘運輸艦把五百名兵工技術人員和一批設備搶運到島上，開始在阿里山地區創建兵工廠
被戲弄了的日軍惱羞成怒，出動數十架轟炸機和魚雷攻擊機，把返航途中的運輸艦全部擊沉，船上的百餘名船員只有十幾人生還
得到運輸艦隊全軍覆沒的消息之後，謝長風勃然大怒，隨即決定對日軍發動一次空前血腥的攻擊