宇文化及肯乖乖請求投降，本是大好的事情，但李神通竟不准許，將宇文化及的使者趕出了大營。
安撫副使崔世幹對此十分不解，力勸李神通准許宇文化及投降。
李神通道：“敵人糧盡計窮，馬上就能取勝，我要攻下聊城以宣揚國威，並且分了他的財寶慰勞將士，如果接受他投降，那麼用什麼來作賞賜軍隊的費用呢？”
崔世幹道：“有情報說竇建德就要抵達，如果還沒有平定宇文化及，裡外受敵，我軍必然失敗，此時怎麼還能貪圖他的財寶而不接受投降呢？”
李神通大怒，把崔世幹囚禁在軍中，不讓他再插手軍務。
但就在李神通將崔世幹囚禁後不久，封德彝和宇文士及從濟北運糧到了聊城，宇文化及兵力的鬥志逐漸恢復，於是又重新抵抗。
李神通見圍困無望，這才督率軍隊攻城，慘烈的攻打半日後，貝州刺史趙君德率先攀着城堞登上城牆，李神通對此人很厭惡，不願讓他得先登之功，便下令鳴金收兵翌日再戰，趙君德大罵着下了城，李神通再一次錯失了佔領聊城的機會。
翌日，李神通與宇文化及雙方又是拼殺了大半日，宇文化及的一方漸漸有些不支，李神通見了這情形後，嘴角已掀起了一個弧度，彷彿已看到了自己勝利後的情形。
然而就在這時，忽有探馬匆匆來報，竇建德的十萬大軍已即將抵達，先鋒部隊轉瞬即至，李神通軍中的其他將領聽後，立即要帶隊離去，他們中的許多人都是李神通招撫而來的，對部隊的掌控力比較大。
李神通的臉色已是變得十分的難看，眼見煮熟的鴨子就這樣飛了，心中自是十分的不好受，但他也知道此時再不走的話，稍過一會可就走不了了，於是最終咬着牙做出了撤退的命令。
李神通帶着人馬撤離聊城後，宇文化及大鬆了一口氣，同時心中大爲高興，認爲這是老天在保佑自己，這才使得李神通在將要攻破城池之際，主動撤兵。
然而宇文化及的高興卻未能持續多久，因爲沒過多久，竇建德的十萬大軍便將聊城給團團圍住了，這十萬大軍不僅在人數上比李神通的軍隊要多出數倍，且軍容整肅，黑壓壓的排列在城外，給人以極大的壓迫感。
宇文化及見了這情形後，一陣膽寒，但還是故作鎮定自若的對身邊的大臣道：“竇建德流寇而已，人數雖多，但卻不……不足爲慮，我們的精銳驍果定能將他們大敗！”
宇文化及這一番話，說得相當的沒有底氣，只怕自己都是不信，有怎麼激勵到別人？所以他那番話說完後，應着寥寥。
爲了激勵士氣，宇文化及也是豁出去了，難得的親自帶兵出城打上幾仗，與竇建德連續交鋒數場，然而最後都是大敗回程，遂不敢再出城，打算堅守聊城。
竇建德率兵從四面八方晝夜猛攻聊城，過不多時，聊城已是岌岌可危，之前投靠宇文化及的知世郎王薄，感到了不對路，於是主動打開了城門迎竇軍進城，竇軍入城後，很快活捉了宇文化及，聊城也很快被完全控制住了。
竇建德進城後，首先去拜謁了蕭皇后，言語都自稱臣下，極盡禮數，然後，竇建德還身着白色服裝哭隋煬帝以盡哀節並安撫隋朝的百官。
做足了場面活後，竇建德這才收拾自東都而來的車駕儀仗，傳國玉璽也被他收入囊中。
然後，竇建德將捉住派逆的同黨宇文智及、楊士覽、元武達、許弘仁、孟景等人，在隋朝的官員當面斬了這幾個人，割下首級懸掛于軍營門外。
宇文智及死前大喊饒命，當衆尿了褲子，還道自己私藏了許多財物，只要竇建德饒他一命，定將那些財物奉上，但竇建德卻絲毫沒做理會，刀斧手武器砍下，宇文智及的人頭骨碌碌的滾落在了地上……
殺了宇文智及後，竇建德又用檻車載着宇文化及和他的兩個兒子宇文承基、宇文承趾到了魏縣，在宇文化及不久前鴆殺楊浩的地方，將他們通通的斬首了。宇文化及臨死，沒有什麼要說的，只說道：“不負夏王！”
宇文化及可能是覺得自己沒什麼對不起竇建德的，卻想不明白竇建德非要致他於死地，不管如何宇文化及這個建國不到半年的許國，至此就這樣被滅亡了。
竇建德每次打了勝仗、攻陷城池，得到的物資財產，全部用來分給將士，自己不留任何東西。他又不吃肉，經常吃蔬菜，下粗米飯，妻子曹氏，不穿綾絹做的衣服，身份一方諸侯人物，役使的奴婢侍妾，才十幾個人。
待到打敗宇文化及，獲得了一千多名隋朝宮女後，也當即通通遣散了，許多人都很讚賞他的這種行爲，覺得這是仁君所爲。
竇建德任命隋朝的黃門侍郎裴矩爲左僕射，掌管官吏的選拔，兵部侍郎崔君肅爲侍中，少府令何稠爲工部尚書，右司郎中柳調爲左丞，虞世南爲黃門侍郎，歐陽詢爲太常卿。其餘的隋朝官員也都量才授官，交給他們政事。
對不願留下的人，準備去關中或東都的，聽任他們前往，並給予路費糧食，派兵保護他們出境。隋驍果還有近一萬人，也分派遣返，聽任他們選擇去處。
竇建德又與王世充聯合交好，派遣使節進表於皇泰主，皇泰主策封他爲夏王。
竇建德出身盜賊，雖然建國，但沒有典章制度，裴矩爲他制定朝儀，修訂法律，竇建德非常高興，經常向裴矩請教禮儀典章之事。
竇建德在攻滅宇文化及後，得了不少好處，而遠在關中的大唐也是同樣得了不少的人。
當初，宇文化及任用原大理卿鄭善果作民部尚書，鄭善果跟隨宇文化及到聊城，爲宇文化及督戰，但中了流箭而退下靜養。竇建德攻克聊城，鄭善果也被捕獲，但卻不受竇建德的尊重，於是鄭善果逃往相州，被李神通送他去長安。
鄭善果到達長安，李淵對他很優厚，官拜檢校內史侍郎兼任東宮左庶子，東宮於是再添人才。