在全體與會的執委們的強烈要求下，洪秀全不得不做了一個深刻的檢查，而有關這次會議的內容，以及洪秀全幾經易稿的書面檢查，也隨着崑山槍擊案和杭州兵站案一起，被刊印成了共盟會中央執行委員會的文件，隨後下發到各級共盟會的組織。。在共盟會中央的要求下，結合過去一年多來的“三反”工作的經驗，各級共盟會組織旋即又展開了一場嚴謹的內部整風，對貪圖和追求享樂等等“坐天下病”，自上而下地進行自查、打預防針、批評與自我批評……
儘管在會上已經定了調子，會後，林海豐還是接連與楊秀清、石達開推心置腹地促膝長談了很多次。就在這次太平天國共盟會執委會的會議結束兩天後，共盟會的機關報《紅星報》，全文刊載了天朝最高革命指揮委員會向全國人民的致歉書，以及楊秀清、石達開、林海豐三人的檢查，同時還有林海豐、李開芳、李福猷三人遭受共盟會紀律懲處的相關決定。《新天京報》、《新東方報》等全國各地及軍方的報紙也紛紛轉載了《紅星報》的內容。
又是一段時間後，有關崑山槍擊案和杭州兵站案所引發的一系列案件的真實內容，也全部披露於世，楊輔清、張遂良、黃毓生、李能通、潘福來等大大小小數十個因此而被逮捕的涉案人員，以及那個大奸商胡光墉的大名，同樣都被曬在了陽光下。此後，按照從重、從快的原則，一系列的公開審判開始了。
在崑山槍擊案中身受重傷。但當初總算是僥倖逃脫了一死地馬武來。由於其後不僅不思悔改，還參與做僞證，顛倒黑白。最後被判處極刑----絞刑。宣判的幾天後，當馬武來抱着傷軀剛剛能夠勉強下地走動的時候，他就像灘爛泥似的被架上了絞刑架；
按照所犯的罪惡，潘福來本當被處以絞刑。然而在法庭上，經過主審法官與民衆推舉出的由崑山地區九名各界人士組成的人民陪審團相互認真協商，姑念其揭發杭州兵站案有功，最後雖然還是一致認爲應當判其死刑，但是潘福來總算免於了絞刑架。改爲了斬首；
李能通、黃毓生等崑山及上海兵站的涉案官員，凡是接受了潘福來賄賂的，一律都被處以死刑。內務部安全局在蘇州的派出機構地某些人員，爲了爭功而放棄原則，險些製造出一起駭人聽聞的假案，雖然經過調查之後，證實了這些人員並未在此案中謀取錢財，但是。涉及此案的大小官員不僅被全部清理出內務部，還在人民陪審團的強烈堅持下，分別領到了半年至三年不等的刑期。人民陪審團的理由很簡單，如果不是天朝政府的及時干預，崑山案就會在這些人手中被定成另外一種樣子的鐵案，本應是受害人地梅玉，就將成爲天朝政府刀下的冤魂，因此，蘇州安全局的做法無異於是謀殺未遂。
而在另外的那起杭州案中，在被應邀參加公審大會的數百名杭州民衆的一陣陣怒罵聲中。貪婪、卑鄙的奸商胡光墉毫無爭論地被判處了絞刑。並罰沒了其全部的家產；
儘管所得的錢財僅僅才花銷了數百兩，大頭在其接受調查期間就全部上交。可張遂良照樣也未能逃脫絞刑的命運。
在天京地臨時軍事法庭上，天朝紅軍總參謀長黃再興親任主審官，由總後勤部長李開芳、工程兵總監吉文元、紅海軍總監羅大綱，以及來自原隸屬於湖南軍界地數位代表所組成的陪審團，對楊輔清一案進行了審理。審理期間，天京軍政兩界地衆多官員，在最高革命指揮委員會及共盟會中央的要求下，前往參加了旁聽。
在此之前的楊輔清就已經被開除了共盟會的會籍，審理中間，楊輔清對自己的罪行全部供認不諱，並表露出了極大的悔恨。經過了三天的辯論，楊輔清被臨時軍事法庭判處徒刑三年，被遣送到新疆農墾兵團接受勞動改造。
“我曾經太看重自己手中的權力了，也太看重自己的特殊身份了，爲了自己的利益，我可以蔑視一切。在我的心裡，從來就沒有想到過還會有今天這樣的結局。現在我終於明白了……我真的是罪有應得，我感謝天朝對我的及時挽救，如果沒有今天這樣的提醒，我想……我一定還會在罪惡的道路上滑的更遠……”楊輔清的這番話，給所有在場的官員們敲響了警鐘。
在這一系列的審判之中，唯一躲過了重處的一個人，就是盧賢拔。作爲共盟會會員的盧賢拔，他受到了盟內記大過的嚴重處分，並被撤銷了委員長辦公室主任的職務，以一個普通秘書的身份，繼續被留在了楊秀清的身邊工作。而接替盧賢拔職位的，則是紅軍總政治部中與楊秀清一向感情不錯的何震川。
一清早，盧賢拔依舊按照往常的慣例，一份一份地給楊秀清念着各地報紙上的新聞。代表天朝政府的蘇三娘一行，在崑山梅家登門道歉的舉動，連日來一直鬨動着整個崑山周邊乃至上海，尤其是在崑山案宣判之後的當天，成千上萬自發的民衆涌上街頭，激情迸發的人們捧着萬民傘、萬民靴，擡着“百姓的衙門”的牌匾，涌至新的崑山縣府門前。
上海、江浙的報紙上更是充斥着各界的一片讚譽之聲。
其中，上海外僑區一家由英國人剛剛創辦的中文報紙，面對着天朝所發生的這一系列驚天動地的大事件，也不得不發出這樣的感慨，“……這樣的政府，這樣的政權，再加上這樣的衷心愛戴着他們的人們，在這個世界上，除非他們不願意去做，否則的話，還有什麼事情會是他們所做不到的呢！”
的確，爲了這個全心全意庇護自己的政府，善良的人民在熱情宣泄了之後，展現出來的是一個個與政府同舟共濟的實際行動。蘇杭兩地，包括上海的官員們突然發現，市場上的棉花居然在毫無任何徵兆的情況下脫銷了。正當大家手忙腳亂，緊急聯絡各地調運棉花之際，各地政府卻開始陸續收到了一戶戶人家送上門來的棉質被服，半個月不到，收到的各式棉被服就將有數萬套。儘管這些被服樣式各異，有類似紅軍外衣的，也有長長的棉袍，而色彩同樣是更不統一，但它們卻都有着一個共同點，那就是件件厚實。
一位抱着棉袍而來的蘇州老婆婆是這樣說，“這裡面可是足足蓄了兩件棉袍的棉花，都說關外苦寒啊，孩子們穿的少了哪裡受得了。俺孤老婆子一個，天朝替俺把啥都想到了，俺也沒的本事了，只能做一件這樣的袍子出來，怎麼也可以暖和一個孩子。”
而更多樸實的農民們，則是勒緊褲腰帶，把家裡的存糧送進了天朝的糧庫。各地工廠的工人們則發出了不要一文的酬勞，每天加班一個時辰的吶喊……
“委員長，林主任看的就是遠啊！”盧賢拔望着被這一條條令人感動的消息鬧得陷入了深思之中的楊秀清，由衷地感慨着。
“是啊，”楊秀清擡起頭，看了看盧賢拔，隨後又瞅了瞅窗外，默然了好一會兒，這才又嘆息了一聲，“林海豐這個傢伙……你說要是按照咱們辦法來，百姓們對待咱們還會是今天的這個樣子嗎？”
盧賢拔沒有回答，只是搖搖頭，笑了一笑。其實，楊秀清也用不着他來回答什麼，答案都已經明擺在那裡了，誰心裡都有數。
籠罩在天京上空的陰霾散去了，天空更加晴朗，太平天國這架龐大的機器，也在更加歡唱地運轉。
東北、西北、華北及蒙古四大軍區已經步入了正常運轉，北方行營的歷史使命已經完成，林海豐坐在天京，開始集中精力籌備定於明年召開的全國人民代表大會，親自帶隊，組織人馬開始起草太平天國的第一部憲法。同時，針對未來的國家體制，也對內務部的進行了全面的改造。
除去調出部分人員充實和加強紅軍總參謀部情報局及律政部相關部門的工作之外，原有的內務部被拆分爲了三大塊，第一塊是老本行，依然屬於內務部。第二塊的國家公共安全事務，交給了新設立的公共安全部。第三塊則是同時承擔着共盟會內部紀律檢查任務的國家監察部。
鑑於以往實際工作中的經驗教訓，防止地方政府插手相關事宜，有礙司法公正，各地相應設立的內務部、公安部以及監察部的分支機構，一律作爲以上中央三部的派出機構，直接接受本部的領導，一應財物均由本部統一調配。
而在林海豐忙着這些的同時，鄭南也在着手指導律政部，爲今後施行新制法院的組織法及刑事訴訟法，採行檢察官制度、律師制度做着一應充分的準備。在這股春風之中，天京司法警官學校、上海法學院也相繼正式成立，一大批經過戰火考驗的年輕有爲的青年軍人，從各地集中到了這裡，不久，他們將成爲天朝未來的第一批接受過科學、系統培訓的法官和檢察官。