黃巢與尚讓收集戰敗的軍隊，渡過長江向東轉移，又進攻鄂州（武昌），攻進其外城。由於朝廷的救兵來到，農民軍繞城而走，轉戰到江西，進攻江西的饒州、信州、杭州、衢州、宣州、歙州、池州等州城。
農民軍在江陵兵敗後，有幾千人到達浙北，進犯杭州的臨安縣。在此鎮守的錢鏐採用伏擊與虛張聲勢等戰術，以少勝多擊敗農民軍先頭部隊，隨後又故意在地名爲八百里的地方散佈假消息：“臨安屯兵八百里”。農民軍不知是計，以爲八百里都有官軍，就不敢進攻臨安。
高駢作爲諸道行營兵馬都統，責任更加重大，他到廣陵後，傳檄徵發天下兵馬，得到淮南本地的軍士和各道軍隊共七萬人，朝廷因此也對他很器重。
當農民軍在江西的饒州（鄱陽縣）、信州（上饒市）一帶轉戰時，高駢命大將張璘、樑績渡過長江討伐農民軍。
880年四月，張璘率軍渡江襲擊農民軍將領王重霸，王重霸戰敗，投降了官軍。張璘又率軍屢次襲破黃巢的軍隊，農民軍在交戰中沒有佔到優勢，吃了虧，於是黃巢退保饒州。農民軍將領常宏對前途沒有信心，又帶自己的數萬人投降了官軍。
張璘率官軍乘勝進攻饒州，饒州被攻破，官軍於四月十九日佔領饒州城，李罕之、畢師鐸、秦彥、許勍等將官紛紛投降淮南的官軍。
此時，已是五月，黃巢率軍駐紮在信州，農民軍中又發生了傳染疫病，導致士氣低落，黃巢也一籌莫展。而北方諸道官軍也已兵臨淮南，準備共同圍剿農民軍。
官軍這邊已被勝利衝昏了頭腦，戰敗草賊的奏報天天都發往京師長安，這其中有很多是假消息。但朝廷百官也懶得辨別真假，都上表向唐僖宗表示祝賀，朝廷覺得農民軍將要被消滅了，似乎已萬事大吉。
黃巢果然能屈能伸，面對困境，他的意志沒有被擊垮，而是決定採用緩兵之計，先用重金賄賂張璘，謊稱要投降朝廷。然後再派人送了大量財物賄賂高駢，請求高駢代向朝廷保奏做官。
高駢也想引誘黃巢投降，或者找機會滅掉黃巢，這樣他就可以立下大功，因此，高駢爲他向朝廷求節鉞冊封。這真是周瑜打黃蓋，一個願打一個願挨。
當時，昭義、感化、義武等多道官兵已奉命調至淮南，高駢擔心各路官軍分享其功勞，上奏說要不了多久就可以平定草賊，不需要再派這麼多官軍了。
朝廷見形勢一片大好，不需要再花費捉襟見肘的財力、物力了，就下詔遣散了諸道官軍，讓他們各回原鎮。
黃巢的軍隊經過一段時間修整，軍力開始恢復，又得知諸道唐兵已經北渡淮河離開後，決定與高駢絕交。黃巢故意要求高駢提供很多軍事物資，高駢不答應，黃巢就揚言要與高駢大戰。
驕橫的高駢這一次氣急敗壞，到手的鴨子竟然要飛了，他命令張璘立即進攻。可是張璘此前收到了很多賄賂，也認爲黃巢已經不是對手了，因此對軍隊放鬆了管理，士氣直線下降。
而黃巢，對這場戰爭則提前做好了準備，以有備之師攻不備之軍。在靈山下的一場大戰，朱溫、葛從周、張歸厚、張歸霸等農民軍將領一起出擊，分路合圍，張璘這員猛將雖然厲害，但好漢架不住人多，農民軍也是憋足了一股怨氣，張璘竟然就此死在了亂軍之中。
曾經屢戰屢勝的張璘在此戰中被起義軍擊斃，官軍大敗。黃巢消滅了高駢的精銳之師，爲渡長江北上打開了通路，因而獲勝後勢力大振。
而此時的高駢失去了精銳部隊後，態度發生了180度的大轉變，再也沒有了往日的“雄風”，開始懼怕黃巢的威勢，擁兵數萬守住廣陵（揚州），稱病不出，以保存實力爲主，不再主動攻擊起義軍。由於他閉門不戰，在長安流傳着高駢已與黃巢勾結的流言。
農民軍乘機擴大戰果，880年六月，黃巢的部將攻陷睦州（浙江建德縣）、婺州（金華市）。六月二十八日，黃巢率軍又北上攻陷宣州（安徽宣城市），進一步靠近長江天險。
形勢變好了，江淮地區參加義軍的人數也多了。七月，在馬鞍山市採石磯這個地方，黃巢率領15萬大軍渡過長江，快速向北運動，圍攻南京的六合縣、滁州的天長縣，兵勢變的強盛。
此時的淮南軍將領畢師鐸，本來就是從農民軍中投降高駢的，他知道農民軍來無影去無蹤，擅長流動作戰，因此勸告高駢說：“朝廷倚仗於您這樣的大吏，江淮的安危全仰仗於您，如今草賊乘勝長驅北進，我軍應及時佔據險要之地阻擋賊軍，否則，一旦賊軍北上，就難制服他們了，將會成爲中原的大患。”
高駢說：“現在援軍已遣回，張璘又戰死，我也沒有實力打敗賊軍了，唯有靠爾等嚴加防備，不宜主動出擊，否則，我這老本也會拼光的。”
不僅如此，高駢還給朝廷上表告急，表文說：“黃巢賊衆六十餘萬，屯駐在天長縣，距我駐地不到五十里。”
高駢的這個表文在長安引起了很大的震動，因爲此前宰相盧攜極力推薦：“高駢有文武之才，平定黃巢賊軍不在話下。”表文送達朝廷後，官員上下因失望而產生恐懼。這正驗證了那句話：希望越大、失望越大。
唐僖宗下詔，譴責高駢此前狂妄自大遣散了諸道官軍，致使黃巢乘官軍防守不嚴而渡過長江。
更慘的是，唐王朝苦心構建的企圖阻擋黃巢北上的軍事防禦體系瓦解了。而黃巢也沒有再理會高駢這個昔日的冤家對手，而是繼續北上，他的心裡念念不忘的是長安的巍峨宮殿，廣陵只是一座城而已。
農民軍將要北渡淮河，唐宰相豆盧瑑請求唐僖宗授予黃巢天平節度使的官職，這其實是緩兵之計，目的是想等到黃巢上任時，再進行討伐。
但宰相盧攜說：“盜賊們都是貪得無厭，即使給黃巢節度使之職，也不能制止他，還是要調集諸道軍隊扼守泗州，派汴州節度使統率大軍攻擊黃巢賊衆，迫使草賊再退往江、浙一帶，然後可以將其趕入大海。”
唐僖宗對這個表面很好的主意同意了，但計劃不如變化，朝廷調兵遣將還沒到位，淮河以北各州都相繼告急，此時的農民軍勢頭很猛。宰相盧攜感覺情況不妙，宣稱身體有疾病，不再上朝。