建州距離福州不遠，878年十二月十三日，黃巢率軍打進福州城，福州觀察使韋岫（xiù）棄城逃走。
在福建期間，黃巢殺貪官污吏，沒收其財產，但對大多數讀書人都給予寬容或優待。
此後，黃巢率軍在浙江、福建、江西一帶轉戰，哪裡官兵少就打哪裡，哪裡安全就去哪裡。朝廷可不能容忍農民軍在南方大肆攻城掠地，長此以往，南方諸道將全部丟失。
高駢離開了荊南後，那裡盜賊猖獗，宰相王鐸也毛遂自薦擔任荊南節度使，出朝督促征討盜賊。王鐸又奏請從山東兗州把李系調到潭州（長沙市）佈防阻截農民軍。
黃巢不知道哪裡可以長期停留，只管打自己的仗，他率軍繼續南下嶺南地區，又進入了廣東。儘管如此，黃巢也與王仙芝一樣，念念不忘做官出人頭地。
這年五月（879年），黃巢請被俘的浙東觀察使崔璆，以及嶺南東道節度使李迢向朝廷上表，請求任命他擔任天平節度使。天平節度使的治所在鄆州，這說明黃巢還是想回老家做官。
但朝廷接到表章後，根本不答應，因爲那是把定時炸彈安放在中心地帶，誰能睡安穩覺啊。黃巢又請二人上表，請求擔任廣州節度使。
廣州節度使遠離朝廷，比不上天平節度使的重要性。朝廷讓大臣們討論這件事，左僕射於琮（cóng）說：“廣州是舶寶貨所聚，豈可令賊得之！”
於琮意思是說，這廣州是港口貨物吞吐的地方，商業地位更加重要，黃巢也休想得到。最後，在宰相們的建議下，朝廷只同意授給黃巢率府率之職，估計是八品官。
黃巢利用這段等待時間，充分休整，補充兵源，而且麻痹了廣州的官軍。
當然，官軍也不都是吃素的，鎮海節度使高駢就提出了對付黃巢的策略，他提出了四點戰術：“第一，以舒州刺史郎幼復擔任鎮海軍留後，守護浙江西部；第二，調遣都知兵馬使張充率五千軍士守住郴（chēn）州的險要之處；第三，以兵馬留後王重任率八千軍士在潮州、循州（惠州市、河源市一帶）一帶阻擋農民軍；第四，高駢親自率萬人翻過大庾（yǔ）嶺直抵廣州攻擊黃巢。而黃巢得知我前往廣州，必定逃離廣州，可以調遣王鐸帶領所轄的三萬軍士在梧州、桂州、昭州、永州的險要之處駐守。”
要說高駢的這幾條軍事佈防還真高明，等於在黃巢的北、東、西三面都派官軍守住險要之處，黃巢想輕鬆脫身的話，就只有往南了，而往南將有被驅趕進南海的危險。要不然，黃巢只有拼死一搏，衝破官軍的防線，但這樣肯定要付出很大的代價。
但是，高駢的奏摺報到長安後，皇帝唐僖宗經過一番研究，竟然不同意。唐僖宗的腦袋並不是因爲經常打馬球而被馬踢了，而是宰相們另有打算，他們知道黃巢內心深處的想法，還是想招安。
因此，這朝廷還是很講“信用”的，雖然駁回了高駢的圍剿計劃奏摺，但卻給黃巢下發了委任狀。
九月（879年），黃巢就收到了朝廷授予的率府率委任狀。黃巢當場大罵當朝宰相：“這幫欺上瞞下的狗官，你們當我黃某人是要飯花子，我要當節度使，你們卻讓我做這麼個伺候人的鳥官，等我殺上金鑾殿，定將爾等碎屍萬段，方解我心頭之恨！”
黃巢氣憤至極，手撕委任狀，當天發兵急攻廣州。沒想到，這廣州節度使李迢竟然是個菜鳥，根本不經打，當天就被破城，節度使也被活捉。
可讓人大跌眼鏡的是，黃巢又讓李迢寫表文向朝廷表達他希望擔任廣州節度使的意願，李迢雖然打仗不行，但卻是個忠臣，這次他堅決不爲黃巢寫表文。
李迢說：“我世代蒙受皇恩，親屬都在朝做官，寧願被斬斷手腕，決不爲你寫表文。”黃巢一怒之下將其殺死。
隨後，黃巢自稱“義軍百萬都統兼韶州、廣州觀察處置使”，他又發出檄文，歷數朝臣和宦官的罪惡，歷數窮人的苦難生活。再繼續率軍攻佔了嶺南地區各州縣。
農民軍在東南一帶如火如荼，勢頭很猛，朝廷又坐不住了。既然黃巢的主力離開了浙江，朝廷就準備把鎮海節度使高駢調離浙江。到了十月（879年），朝廷再重用高駢，任命他爲諸道行營兵馬都統，任檢校司徒、同平章事、揚州大都督府長史，充任淮南節度副大使，掌管節度使事務，並任江淮鹽鐵轉運使、江南行營招討使，晉封爲燕國公。
這個職務可夠多的，說簡單點：一是各道的兵馬都受他管轄；二是宰相職級；三是掌管淮南事務，坐鎮廣陵，也就是揚州，江南的討賊事務都聽他的；四是掌管江淮的財政稅賦。
朝廷的目的，就是希望高駢能擔起剿滅農民軍的重任。此時的高駢既有兵權又有財權。
（高駢離開後，鎮海節度使由涇原節度使周寶擔任，而山南東道行軍司馬劉巨容擔任山南東道節度使，湖北、江蘇一帶的官軍力量有所加強。）
歷經這一年半的時間，黃巢率領農民以快速流動作戰方式，由中原向江南，足跡達到河南、湖北、江西、安徽、浙江、福建、廣東等地，他攻奪州縣，劫富濟貧，農民隊伍也不斷壯大。
而黃巢的農民起義軍在嶺南地區的日子並不好過，雖然隊伍發展壯大了，但北方的軍士不習慣南方潮溼天氣，語言也不通，因瘴疫死去的軍士很多。
在這種情況下，很多人心裡打了退堂鼓，看不到希望，更不願意把骨頭仍在遙遠的南方，大家勸黃巢還是返回北方圖謀大事。
黃巢面對眼前的現狀，也擔心軍心不穩，如果將士們不願在這裡駐紮，他縱有回天之力也成不了大事。思索良久，黃巢也決定迂迴到熟悉的北方發展。
但怎麼返回北方？黃巢一路打來，最清楚官軍的佈局和心態，實際上，在從北往南的路上，朝廷已經在各重要的州縣部署了重兵阻截，從原路返回將是九死一生。