唐僖宗不希望各鎮又打起來，就詔令罷兵和解，但李克用不聽。
十二月，雙方在同州的沙苑大戰，但朱玫、李昌符的軍隊大敗，各自退兵迴歸本鎮。
李克用、王重榮卻並沒有退兵，而是率兵追擊，直逼長安，真有攻擊長安的勢頭。
田令孜見勢不妙，勸唐僖宗再次逃出長安，唐僖宗纔回長安不久，本不想再外逃。但經不住田令孜的嚇唬，最終與田令孜一起前往鳳翔，投奔李昌符。
長安城本就還沒恢復，李克用、王重榮的軍隊進城後，長安此時又遭亂兵搶掠，一片淒涼。
李克用本來也不是真的要反叛。886年正月，李克用撤軍回到河中，與王重榮進呈表章請唐僖宗返回長安，並列舉田令孜的罪狀，請求誅殺田令孜。
唐僖宗接到表章後，雖然沒有殺田令孜，但已對他失去信任，並把飛龍使楊復恭官復原職爲樞密使。此前，楊復恭的哥哥楊復光死後，他就受到田令孜的陷害而被貶官的。
但田令孜不甘心失敗，還想繼續控制唐僖宗，因此請求唐僖宗逃往興元府（漢中市）。
唐僖宗拒絕到興元，田令孜就來硬的，他在夜裡率神策軍衝入行宮，劫持唐僖宗強制逃往寶雞縣。
當時，由於事情倉促，跟隨唐僖宗一起的只有宦官侍衛等幾百人，宰相和朝中大臣都不知道，第二天，太子少保孔緯等幾個人才相繼趕到。
唐僖宗任命孔緯爲御史大夫，派他回鳳翔召集百官來寶雞，唐僖宗留在寶雞等待百官前來。
但孔緯到達鳳翔那裡後，宰相蕭遘（gòu）、裴澈等官員因爲田令孜在皇帝身邊，都以各種理由推脫，不願意去寶雞。有的推說有病，有的說沒有官袍，有的說沒有朝笏（hù）。
孔緯大義凌然去拜見李昌符，李昌符被他鎮住了，沒有扣留他，而且還按照孔緯的請求，派人護送他離開鳳翔回寶雞。
田令孜玩弄權術，還劫持皇帝，最終引起公憤，朱玫、李昌符也以與他在一起爲恥辱。他們見李克用、王重榮的勢力大，就不再聽從田令孜的號令。
大部分朝臣都因憎恨田令孜而不願意去寶雞，朱玫、李昌符爲了表現一番，又轉而率兵進攻停留在寶雞的御駕。田令孜派神策軍指揮使楊晟等人趕快護駕，但楊晟的軍隊卻在寶雞東邊被打敗了。
眼看寶雞也停留不下去了，田令孜掌控着禁軍，又挾持皇帝離開寶雞，留下禁衛軍固守石鼻寨掩護。
神策軍都將王建、晉暉帶兵手持長劍在前面奮力開路，唐僖宗乘坐的車子才得以行進。唐僖宗把傳國玉璽交給王建揹着，攀登大散嶺。
李昌符緊追不捨，放火燒登山的棧道，多虧王建攙扶着唐僖宗逃生。夜裡，他們就睡在木板上。唐僖宗很感激王建，脫下御袍賞給王建。
王重榮、朱玫、李昌符上表章，請求誅殺田令孜。留在鳳翔的蕭遘（gòu）等百官聯名要求唐僖宗誅殺奸臣田令孜及其黨羽韋昭度。
但唐僖宗自己的前途尚且不保，哪有能力誅殺此二人。
朱玫、李昌符還指使山南西道節度使石君涉，在險要的地方設置障礙物斷絕交通，燒燬路上的驛站，唐僖宗一行只好沿高山深谷摸索道路前進，後面還有朱玫的軍隊追趕，險象環生，最後才勉強到達山南
886年三月，山南西道監軍嚴遵美在西縣迎接唐僖宗，隨後，唐僖宗一行到達興元（漢中市）。並對有功之人孔緯、王建、晉暉、嚴遵美都加封官爵。
唐僖宗在興元物資缺乏，於是加封王重榮爲應接糧料使，要他調集本道的十五萬斛糧食接濟朝廷急用。但王重榮卻聲稱朝廷沒有除掉田令孜，拒絕奉詔。
而田令孜自己知道天下官員對他不滿，不會饒恕他，於是推薦樞密使楊復恭爲左神策中尉、觀軍容使，自己前去擔任西川監軍使，他的目的是去成都依附自己的親兄弟陳敬瑄（西川節度使）。
楊復恭上臺後，排斥田令孜的黨羽，把他們都調走。調任王建爲利州刺史，晉暉爲集州刺史，張造爲萬州刺史，李師泰爲忠州刺史。