十二月，支持唐僖宗的各路軍隊攻克鳳州，神策軍先鋒使滿存參與收復鳳州，朝廷任命他擔任鳳州防禦使。
此時，朝廷略佔優勢，樞密使楊復恭趁機向外傳出檄文，召募能斬殺朱玫者，許諾將授予邠寧節度使一職作爲獎賞，這其實就是懸賞令。
重賞之下必有勇夫。朱玫手下的大將王行瑜，因爲與支持唐僖宗的軍隊交戰時屢次失敗，他擔心被朱玫治罪，並且又受到懸賞令的誘惑，就與手下的將士們商議，準備臨陣倒戈，獲得了將士們的支持。
王行瑜率五萬兵從鳳州突然回到京師長安，由於他帶領的是主力，留在長安的朱玫能掌控的兵馬並不多。
朱玫得知王行瑜從前線回來，很吃驚，他責問王行瑜：“你難道要謀反嗎？”王行瑜說：“我是要誅殺謀反的人。”
王行瑜率軍殺死朱玫的幾百護衛兵，抓獲了朱玫，並將他殺死。
經過此戰，長安城再次遭到亂軍劫掠，而皇帝李熅與宰相裴澈、鄭昌圖率領衆官二百多人逃到河中投靠王重榮。
這王重榮也不是省油的燈，他見風使舵，派使者假意迎接他們，然後抓住“皇帝”李熅，將其殺死。
裴澈、鄭昌圖等官員手無縛雞之力，只好任人宰割，王重榮囚禁了這些高官。
“皇帝”李熅的首級被送給唐僖宗，唐僖宗下令將這個死人廢爲庶人，李熅在長安做“皇帝”還不到一年。
朝廷兌現承諾，首先任命立功的王行瑜爲靜難軍節度使（即邠寧節度使）。
禁軍都將宋文通，因打叛軍有功，被封爲武定節度使，賜姓名爲李茂貞，就是隨皇帝的姓。
右衛大將軍顧彥朗也因功被封爲東川節度使。
楊守亮改任山南西道節度使，他的兄弟楊守宗也擔任金商節度使。
秋後算賬也來了，朝廷革除西川監軍田令孜的官職爵位，把他長期流放到端州。但田令孜依附哥哥陳敬瑄，賴在成都，不去端州。
唐僖宗又下發詔令，把囚禁在岐山縣的“僞宰相”蕭遘、鄭昌圖、裴澈等當衆處斬。其餘接受李熅封賞的官員也很多，但在杜讓能的保護下，大部分都免死了。
清除了長安的叛軍，唐僖宗準備從興元（漢中市）返回長安。887年三月，唐僖宗返回長安途中經過鳳翔時，鳳翔節度使李昌符擔心唐僖宗回到長安追究他以前與朱玫攻打聖駕的罪行，於是以長安宮室還沒修整完畢爲由，請求唐僖宗在鳳翔留住。李昌符這樣做一方面是想拉近與唐僖宗的關係，一方面也想控制唐僖宗。
唐僖宗對這些地方藩鎮的主帥也不敢輕易得罪，就同意暫留鳳翔，但留下皇帝對鳳翔節度使李昌符並不見得是好事。
到了這年夏天六月，就發生了一件不大不小的事。皇帝的侍衛將官、天威都頭楊守立是樞密使楊復恭的養子，他仗勢欺人，當有一次與李昌符在路上相遇時，兩人都不主動讓道，還引發隨從軍士的互毆。
這事驚動了唐僖宗，他派宦官前來勸解，竟然也無濟於事，二人還是誰不服誰。
李昌符氣不打一處來，他心想：“我在這裡供你們吃喝，你一個侍衛官竟然不把我放在眼裡，就是皇帝我也敢動。”
當天夜晚，李昌符帶兵火燒唐僖宗在鳳翔的行宮，攻打大安門。楊守立、李昌符的軍隊在宮外對戰，但沒想到的是，這個地頭蛇卻被被楊守立的禁軍擊敗。
李昌符失敗後，知道會引火燒身，皇帝肯定不會再信任他，於是他帶領全家及幾百軍士逃往隴州（陝西隴縣），鳳翔這個老巢他也不要了。
唐僖宗這次沒有善罷甘休，正好可藉此機會整治鳳翔的軍隊，他命令武定節度使李茂貞率軍到隴州討伐李昌符。
隴州本來是李昌符管轄的區域，隴州刺史薛知籌接納了他。當李茂貞率禁軍前來時，李茂貞勸說刺史交出李昌符，刺史薛知籌知道自己只是一個棋子，根本不可能與朝廷抗衡，而李昌符也氣數已盡，於是他就殺了李昌符全家，開城投降。
李茂貞在此次兵變中成爲最大的贏家，他就此接管鳳翔鎮，唐僖宗加封李茂貞爲鳳翔和隴右節度使。估計此時誰也想不到的是，李茂貞日後翻起了更大的風浪。
而四川蜀地的戰亂仍在繼續。
楊守亮擔任山南西道節度使以後，由於利州刺史王建很勇敢，楊守亮也忌憚他。王建曾經作爲八都軍的都頭，後被田令孜收爲養子，在神策軍擔任都將，是被楊復恭貶到利州（四川廣元縣）的。
但王建擔心遭遇不測，不願意去。有一個叫周庠的人對他說：“大唐將要結束了，藩鎮之間相互吞併，你勇敢又有智謀，可以趁機建功立業。但利州戰事多，難以安定。而閬州（閬中縣）地處偏僻，百姓富足，可以立足。閬州刺史楊茂實是陳敬瑄、田令孜的心腹，不給朝廷繳納稅貢，你可以列舉他的罪狀，以此爲名進行討伐，就可大功告成。”
王建採納了周癢的意見，邀請少數民族部落首領參與，共聚集八千人，沿着嘉陵江而下，襲擊閬州。
閬州刺史楊茂實不堪一擊，王建佔領了閬州，自稱閬州防禦使。他還接納四處逃亡的人，因此軍隊的勢力逐步增強，山南西道節度使楊守亮難以控制他了。
東川節度使顧彥朗，與王建都曾經在神策軍擔任都將，當王建佔據了閬州之後，顧彥朗也擔心王建搶掠，就多次派人前往閬州贈送財物。王建也就沒有進犯顧彥朗的東川地盤。
再說河中的護國軍節度使王重榮，他帶兵有方，但執行法度極其嚴格，爲人殘暴。
但他對朝廷的功勞很大，參與圍剿黃巢，招降朱溫，與宦官田令孜爭鬥，平定朱玫叛亂。
此人也反覆無常，作爲河中的主將，曾投降黃巢，但不久又背叛黃巢，復歸唐朝廷。
王重榮的嚴厲引起了屬下的反感，牙將常行儒曾經被王重榮處罰過，因此懷恨在心，當王重榮年事已高時，他就密謀發動叛亂。
當887年六月時，常行儒帶領自己的軍士趁夜間圍攻王重榮的府第，王重榮沒防備，常行儒抓獲王重榮並將他殺死，自稱河中留後。
但王重榮家族還是有勢力的，朝廷並沒有承認常行儒，而是委任王重榮的哥哥、陝虢節度使王重盈接任護國節度使，又任命王重盈的兒子王珙暫任陝虢留後（治所在河南陝縣）。
王重盈接到詔令後，率領軍隊到達河中赴任，常行儒見勢不妙趕緊逃走，但最終被抓獲，王重盈把他殺死爲弟弟王重榮報仇。