高駢的到來對王仙芝來說，確實不是好消息，面對接連不斷的失敗，王仙芝有些失意了，心想：“難道我要成爲第二個陳勝、吳廣？還是要成爲第二個項羽？我還沒殺進京城呢，可不能失敗。”
北上申州戰敗後，王仙芝只好又率軍南下，一路上繼續招兵買馬，鼓勵受苦受難的窮人加入，隊伍又擴充到幾萬人。
而曾元裕也新官上任三把火，率官軍窮追不捨，王仙芝一路往南，始終甩不掉追兵。中部的荊南有高駢的官兵擋道，是不能去的，只能往湖北的東南方向逃。
一個多月後，王仙芝的農民軍走到湖北黃梅縣，但官軍採取前堵後截的方式，他們人多，哪裡都是官軍的地盤。
不幸的是，農民軍在黃梅山一帶被包圍了，王仙芝把將領們召集到一起商量如何怎麼辦，大將尚讓請求儘快突圍出去。
王仙芝說：“看來這次凶多吉少，你們大家都趕快組織突圍吧，尚讓帶領主力盡快往北走，去找黃巢。我也儘量闖出去，如果走不了，看來我將要死在這裡啦。以後你們一定要繼續與官府鬥，我對不住大家了。”
初春的冷風還在嗚嗚的吹，農民軍經過幾次戰鬥，受傷的人很多，氣氛低沉。官軍守住山下的各條要道，路都堵死了，夜晚，各將領帶着自己的人馬分頭組織突圍，又是一番血拼。尚讓在其他將領的掩護下，從山上直接向下衝，沒走主道，最終帶幾千人突圍成功，其餘的死傷慘重。
經過多次激戰，起義軍死傷五萬人，王仙芝在突圍中不幸被俘。官軍與農民軍的屍體遍野，河水、道路被染紅了，兵器扔的到處都有。
如果軍師尚君長還活着的話，王仙芝也許不會敗的這麼慘。尚君長在農民軍中號稱“賽諸葛”，很有計謀，王仙芝每次戰敗後能東山再起，都有尚君長的功勞。這也難怪，當王仙芝得知尚君長被殺後，一定要爲他報仇。
王仙芝就是唐僧肉，誰得到他誰就立大功，曾元裕殺死王仙芝，將其首級被傳到京師請賞。唐僖宗大喜過望，在萬歲殿大宴羣臣，喝到半夜才散場。
第二天，朝廷頒下詔書：“奉天承運，皇帝詔曰：忠臣曾元裕，戰場殺賊，勇猛無敵，傳寇首來獻，平我大唐心頭之患，封平盧節度使，鎮守青州。欽此！”
王仙芝死了，黃巢還在。大將尚讓突圍出去後，帶領餘部一路向北尋找黃巢去了，跟隨的有李罕之、畢師鐸、許勍（qíng）、常宏等將領。此時的黃巢，正在圍攻亳州，尚讓前來與黃巢會合。黃巢對王仙芝的死趕到很悲傷，當天晚上，全軍祭奠。
第二天，衆人重新抖擻精神，黃巢說：“王大將軍雖然離開了我們，但我們滅亡唐朝的決心不變，昏暗的朝廷不會長久，老百姓都沒有活路，會跟着我們一起幹的。各地的節度也都各自看管自己的地盤，沒人真心爲朝廷賣命，只要兄弟們同心協力，利用他們的矛盾，用我們的長處制服他們的短處，我們一定能打到長安，讓皇帝老兒下臺，到時候我們一起共享榮華富貴，黃某決不食言!”
農民軍經這麼一鼓動，馬上氣氛高漲，彷彿長安就在眼前，大家高呼“跟隨黃頭領，打到長安城，爲王大將軍報仇！”
大家一致共推黃巢爲首領，號稱“沖天大將軍”，推舉尚讓爲副首領兼軍師。黃巢爲了改變農民軍散漫的現象，開始設置官職屬僚，尚讓、朱溫、黃揆、葛從周、孟楷等人都作爲大將各領一支隊伍。
878年三月，黃巢率農民軍揮師北上，一舉攻克沂州（臨沂市）、濮州（鄄城縣、濮陽縣、範縣一帶）。這已經不是第一次攻下這兩個地方了，但很難守住，官軍一來只好撤走。
朝廷擔憂起義軍在該地擴大，威脅東都洛陽的安危，下詔免去崔安潛的諸道行營都統職務，急調張自勉爲東北面行營招討使追剿起義軍。
黃巢在濮州遭到張自勉的忠武軍攻擊，張自勉會打仗，起義軍屢次戰敗。當時，北有黃河阻擋，南有忠武軍阻截，起義軍處境艱難。
黃巢面對困境，只得先暫時低頭，他假意答應投降，請唐朝天平節度使張揚代奏朝廷。唐僖宗下詔任命黃巢爲右衛將軍，但有一個附加條件，就是要求黃巢至鄆州解散軍隊。
沒有軍隊就沒有了談判的籌碼，這個道理黃巢肯定是明白的，他答應投降也只是緩兵之計，解散軍隊的要求當然只是朝廷的一廂情願。
朝廷還在等着黃巢的投降呢，黃巢知道北方此時難以立足，大家一商量，決定還是先避開官軍鋒芒再說，反正就是你弱我就打，你追我就走。
農民軍想從滑州（滑縣）攻打宋州、汴州，也就是攻打商丘、開封一帶，但被招討使張自勉的軍隊阻擋。黃巢又轉而進攻衛南縣（滑縣東），接着再進攻許昌一帶的葉縣、陽翟（禹州市）等地，目標還是對準東都洛陽，至少在心理上讓朝廷感受到這一點，引起朝廷的心理恐慌。
這洛陽作爲東都，有一段時期其實就是唐朝的都城。從唐高宗到唐玄宗的大唐盛世時期，洛陽與長安一樣是唐朝的都城，地位不低於長安。。
《舊唐書》說：“隋大業元年，自故洛城西移十八里置新都，今都城是也”。意思是從隋大業元年開始，洛陽成爲隋朝的都城，現在是唐朝的都城。
大權獨攬的武則天曾將東都洛陽改稱爲神都，她建立武周政權時，以神都洛陽作爲首都。對於武則天而言，藉助神都，她可以擺脫關隴貴族的勢力，又具有特殊的意義
而農民軍要想進入陝西重地，必然要經過洛陽，這是繞不過的坎，從這種意義上來說，洛陽其實又是長安的天然屏障，作爲一座大型城池，洛陽的重要性比潼關天險還要重要。黃巢當然知道這個地位的重要，因此也是時時把目標對準東都洛陽。