黃巢死後，曾經投降黃巢的蔡州節度使秦宗權的兵馬實力還不弱，他繼續走反唐朝的道路。但與農民起義軍不同，秦宗權其實就是割據的藩鎮軍閥。
蔡州臨近朱溫的汴州，兩人的觀念不同，爭鬥不可避免。當時，中原一帶的軍閥還有時溥、朱瑄朱瑾兄弟，但這些人並沒有公開反對唐朝廷。而朱溫表面上是服從唐朝廷的管轄，因此，朱溫當時最直接的敵人是反唐的秦宗權。
秦宗權是蔡州上蔡人，早年爲許州牙將。當許州將官周岌在880年趕走忠武軍節度使薛能取而代之時，秦宗權也驅逐蔡州刺史並佔據蔡州。
當黃巢退出關中進入河南後，蔡州的秦宗權被農民起義軍打敗，秦宗權投降了黃巢。而黃巢在山東狼虎谷自殺後，秦宗權野心膨脹，把蔡州作爲老巢，四出侵襲周圍的城鎮。
秦宗權爲人殘酷，所佔州縣都燒殺掠奪，百姓四處逃散，軍隊的後勤補給難以保障。
秦宗權的實力不弱，也沒把朱溫放在眼裡。在884年七月，秦宗權主動攻打宣武節度使朱溫。朱溫此時的勢力不強，就向天平節度使朱瑄求救（治所在鄆州）。
朱瑄派堂弟朱瑾帶兵前去援助，這個朱瑾作戰勇猛，在合鄉擊敗秦宗權的一支軍隊，爲朱溫解圍。朱溫感謝朱瑄，尊他爲兄，“三朱”也結成同姓兄弟。
由於亂世之秋，唐朝能號令的地方只有黃河西、山南、劍南、嶺南數十州，梟雄都在搶佔地盤。
秦宗權派出軍隊搶掠鄰近各道各州，包括河陽、許州、汝州、懷州、鄭州、陝州、虢州，東西南北四處作亂，所到之處燒殺搶掠。
秦宗權要求光州刺史王緒提供賦稅供養軍隊，王緒不能供給，秦宗權就發兵攻打王緒。
王緒沒有實力與秦宗權對抗，就調遣光州、壽州的五千軍士，裹挾着百姓渡過長江，輾轉到江西的江州、洪州、虔州，還攻克了福建的汀州、漳州，最後在福建建立政權。
秦宗權趕走了光州刺史王緒後愈加猖狂，繼續往東攻掠潁州、亳州，但在亳州焦夷縣被朱溫打敗（焦夷縣即夷父縣、城父縣）。
膨脹的秦宗權雖然沒有絕對的實力在中原稱霸，但他還是迫不及待的在蔡州稱帝（885年二月），並設置百官。
朝廷以（徐州）武寧節度使時溥爲蔡州四面行營兵馬都統，討伐秦宗權。
這年三月，秦宗權派他的弟弟秦宗言攻打荊南，並長期圍困荊南。又派遣部將孫儒攻打東都洛陽，東都留守李罕之與孫儒相持數月，李罕之缺兵少糧，最終棄城向西逃到澠池。
孫儒佔據東都洛陽一個多月時間，大肆搶掠，並焚燒宮殿、官府、民房，洛陽城已經空虛，孫儒隨後率軍揚長而去。
孫儒離開洛陽後，李罕之在澤州召來張全義，收集散失的人馬。李罕之佔據河陽，張全義佔據洛陽，二人投靠河東節度使李克用，請求李克用援助。
李克用任命部將安金俊擔任澤州刺史，安金俊帶領騎兵前往援助。李克用奏請朝廷任命李罕之爲河陽節度使、張全義爲河南尹。
由於孫儒的殘酷暴行，洛陽留下的是殘垣斷壁。張全義剛到這裡時，百姓很少，無人耕種，到處都是廢墟。
張全義倒是一個好官，他貼出安民告示，召集逃難的流民，鼓勵百姓耕種，並進行獎勵，對破壞生產和治安的人進行懲罰。（幾年後，這裡又逐步熱鬧起來。）
在秦宗權軍隊的大肆進攻下，臨近蔡州的二十多個州縣都被攻佔。只有距離蔡州一百餘里的陳州沒有攻下來。
陳州刺史還是那個趙犨，雖然兵力弱，但據城堅守始終不投降，就像兩年前抵抗黃巢的軍隊一樣。他與朱溫聯姻，也得到了朱溫的援助。
唐僖宗獎賞陳州刺史趙犨的忠勇能幹，任命趙犨遙領蔡州節度使。
這年十月，秦宗權在八角鎮打敗了朱溫的軍隊。
到了第二年五月（886年），秦宗權的部將秦賢又侵擾宋州、汴州，但被朱溫的軍隊在尉氏南部將其打敗。
七月，秦宗權又率軍攻打許州，武軍節度使鹿晏弘到此地沒多久，但在抵抗秦宗權的戰鬥中被打敗了，鹿晏弘也被殺死。秦宗權佔據了許州（許昌市）。
886年十二月，因（滑州）義成節度使安師儒管理不力，把軍政事務放權給部將夏侯晏、杜標，引起了其他將領的不滿。
部將張驍率兩千軍士造反，攻打義成軍的官署滑州，安師儒被迫殺死夏侯晏、杜標，平息衆怒。
而（鄆州）天平節度使朱瑄企圖控制義成軍，派他的堂兄弟、濮州刺史朱裕誘殺了張驍。
但沒想到的是，朱溫搶先派部將朱珍、李唐賓在雪夜突襲義成軍，架起一百多個雲梯攻克了滑州城，俘獲了安師儒。朱溫就此接管義成軍，上奏請求以牙將胡真爲留後。
而秦宗權的弟弟秦宗言圍攻荊南長達兩年，守將張環在荊南頑強固守，糧食、武器都用完了，死屍到處都是。但秦宗言最後還是未能攻克荊南城，只好撤兵離去。
秦宗權的兵力數倍於朱溫，兩個軍閥經常開戰，各有勝負，朱溫不斷集小勝爲大勝，消耗對方兵力，但秦宗權因不能打敗朱溫而感到恥辱。
887年二月，秦宗權想集中兵力攻打汴州。朱溫擔心自己的兵馬太少，派朱珍擔任淄州刺史，讓他招募一批軍隊回來，朱珍很快應募一萬多人。
四月，朱珍帶領招募的軍士回到汴州，朱溫很高興。此時，秦宗權集中兵力進攻汴州，部將張晊（zhì）率數萬人駐紮在汴州北郊，秦賢率數萬人駐紮屯板橋，蔡州軍排列三十六個營寨，相互連接二十餘里，軍勢強盛。
朱溫對諸位將領說：“秦宗權估計我們兵力少，又不知道朱珍已經帶兵來到，以爲我們害怕。我們要出其不意，先發制人。”
於是，朱溫親自領兵進攻秦賢的營寨，秦賢果然沒有防備，四座營寨接連被攻克，一萬多人被殺死。朱溫又派牙將郭言在河陽、陝州、虢州一帶募兵一萬多人歸來。
蔡州軍的將領盧瑭駐紮在中牟縣的萬勝鎮，他在汴水兩側安置軍營，以便斷絕汴州城的水路運輸。
朱溫挑選精兵前去偷襲，當時正好有大霧，朱溫的部隊悄悄到達盧瑭的軍營，一陣掩殺過後，盧瑭的軍士猝不及防，落入水中而死的人非常多，盧瑭也投河自盡。
蔡州軍隊都轉移到張晊設立在北郊赤岡的營寨，朱溫再次率軍前去攻打，又斬殺二萬餘人。朱溫獲勝後暫回到汴州城內，休養整頓軍隊。
887年五月初三，朱溫再次出兵與張晊的軍隊短兵相接，朱溫的手下聚集了葛從周等農民軍投降過來的猛將，從清晨打到中午，蔡州軍又大敗。
秦宗權對失敗很氣憤，從鄭州前來與張晊的軍隊會合。朱溫見決戰在即，就向兗州、鄆州再次請求救援，朱瑄、朱瑾都帶領人馬前往，（滑州）義成軍也趕來參戰。
五月初八，朱溫指揮四個鎮的軍隊在汴州北郊邊孝村與秦宗權的軍隊決戰，蔡州軍因多次戰敗已沒有太強的戰鬥力，被朱溫的軍隊斬殺兩萬餘人，秦宗權也趁夜間逃走。
汴州軍繳獲數不清的牛馬、輜重物品、武器鎧甲和俘虜，朱溫非常感激朱氏兄弟的幫助，把他們當作親兄弟對待。
秦宗權兵敗如山倒，守護洛陽、河陽、許州、汝州、懷州、鄭州、陝州、虢州的蔡州軍士，得知秦宗權失敗後都紛紛逃走。
秦宗權、張晊敗退至鄭州時，屠殺城內的百姓泄憤，然後逃走。
朝廷任命扈駕都頭楊守宗接管許州，朱溫也奏請讓部將孫從益接管鄭州事務。