依據宋史記載，媽祖姓林名默娘，是福建湄洲人，父親名叫林願，母親則爲王氏。在媽祖出生之前，林家已經有了一男五女，因爲林家獨子體弱多病，母親王氏日夜焚香祈禱，祈求上天再賜一子，以求光耀林家門楣。
在媽祖誕生之時，剛好是傍晚時刻，突然間有一道紅光光彩奪目，射入了王氏的房間，奇香傳入房間，久久無法散去，王氏此時分娩，不料又生下一個女嬰，林家衆人大失所望，但是由於媽祖誕生之時有祥瑞徵兆，大家心想此女必非等閒之女，所以林家之人也對媽祖就特別的疼愛，因爲媽祖從出生到彌月期間都不曾哭啼，於是林家給她取名爲林默娘，也就是當今民間所祀奉的媽祖娘娘。
媽祖在年幼之時就是很聰明穎悟，八歲便到私塾讀書，不但能過目成誦，並且精通詩文的意義，十歲就經常焚香禮佛，朝夕誦經從未敢懈怠。媽祖還特別地孝順父母、敬愛兄姐，鄉里和睦，人人都讚賞。
媽祖十三歲那一年，有一位老道士名叫玄通，他一身襤褸，來到了林家化緣，媽祖並未嫌棄玄通的穿著破爛，誠心邀請玄通進入林家，並樂於捐施給玄通，從此之後老道士就經常到林家化緣，媽祖都能以誠懇接待，更加施捨財物給老道士。因此老道士深爲感動，並傳授《玄微秘法》給媽祖，並供她日後去救濟世人。
十六歲時的某一天，媽祖與同伴結伴在庭院的古井旁邊玩耍，忽然間井中出現了一個面目猙獰的神人，他手執銅符冉冉地升起，同伴們看見了那神人便大大的驚嚇而一鬨而散，而媽祖卻十分鎮定地跪下膜拜那神人，神人將手中的銅符交給了媽祖，隨後飄入雲中而離去，媽祖得到此銅符，更加地潛心精研，學得了一身法術，她靈通萬變，經常熱心助人，爲鄉里驅邪救危，深受人人的愛戴。
十六歲那一年的秋天，有一天父親與兄長駕船出海還未返回，天氣突然間大變颶風大起，狂濤怒撼。當時媽祖正在屋內織布，預感父兄駕舟在海上必然凶多吉少，隨時都會有沈船的危險，頓時伏臥在織布機上雙眼緊閉，一手拿梭，一手拉線，腳踏着機軸，神情像似在乘風破浪。
此時她的母親王氏走進屋內，在旁邊看見這種情況，狂叫媽祖，媽祖她卻完全不理會，好像完全失了神，王氏情急就猛拉她手臂，媽祖醒來一聲的驚叫，手中的梭掉在地面上翻倒了，媽祖傷心含淚的哭道：“阿爸已經救上無恙，但是阿兄已經沈於海里死了。”
原來當時媽祖伏臥在織布機上時已經是入定出了元神，雙腳踏在機軸上宛如是站在船上，她一手拉着父親船頭的碇繩，另一手掌着其兄的船舵，突然間被她母親所拉醒，手中持梭狠摔在地面上，她哥哥的船因此就翻沈了。
不久之後林願從海上回來一路上哭哭啼啼的回來，王氏不見兒子歸來，心裡知道兒子已經遇難了，立刻悲傷昏厥。隔天巨浪未平靜，媽祖奮勇駕船出海，終於在茫茫的大海之中找到其兄的屍體撈回安葬。這次救父尋兄的事蹟，立刻傳遍了鄉里，衆人無不尊稱她爲“神姑”。
十七歲時的春天，一艘商船經過湄洲的海域，忽然間遇到濃霧而觸礁，船底有破洞，隨時都有沈船的危險，船上的商人個個驚慌失措，高聲呼喊救命，此時媽祖正在家中誦經禮佛，隱約聽到海上傳來十分悽慘的呼救聲，便祭起銅符察看，發現一艘商船觸礁快要沉沒了，媽祖趕緊請漁民們出海搭救，可是海上風浪巨大而且濃霧茫茫，誰也不敢去冒險。
媽祖看見情況緊急，在海邊拔了數欉小草往海中一拋，頃刻海面浮出無數根巨大的杉木，如箭似般向遇難商船飄去，一根根並列在海中把船駕住，緩緩的駛到了湄洲嶼，商人感到十分的神奇，趕緊詢問當地漁民，才知道是媽祖化草成木的神蹟救了他們，於是特地登門拜謝媽祖的救命之恩。媽祖日後更以大慈大悲、救苦救難的精神，行善濟世，遠遐馳名有口皆碑。
宋太宗四年，媽祖已經二十八歲，那一天媽祖特別早起梳洗換裝，塗胭脂抹粉，盛裝打扮成像仙女一般美麗，媽祖走出了閨房，低頭輕聲細語向幾位姐姐告別，媽祖說道。
“今日乃是重陽佳節，我將要登高遠遊而去，希望諸位姐姐能夠孝敬雙親，共享天倫之樂。”
媽祖依依不捨地拜別了雙親離去湄洲嶼，此時是九九重陽節秋高氣爽，湄洲山上金菊花盛開，海風輕拂潮音盈耳，媽祖一步步的登上了湄洲峰，站在一處山崖巨石之上，舉目觀瀾，碧海連天，風平浪靜，漁帆點點。
回顧灣內，水中有山，山外有海，山海奇觀，晶瑩奪目，景緻優美，令人陶醉。此時從天空飄來一朵巨大的彩雲，傳來陣陣輕妙鼓樂笛曲聲，頃刻湄洲峰香霧繚繞，媽祖走上了彩雲之上，彩雲冉冉升空，島上的漁民百姓看見萬里晴空有片豔麗繽紛彩雲騰空而上，又隱約聽見悅耳的絲管仙樂之聲，雲中有許多金童玉女，手握旌旗，頂着彩傘，若隱若現地簇擁着媽祖昇天了。