從那一天開始，湄洲島上就時常香霧瀰漫，有許多人時常可以看到媽祖身穿紅衣現身，飛翔在海面上，神靈顯靈，救助遇難漁民有無數次，衆人感謝她的恩澤並歌頌她的美德，於是在湄洲嶼的山上建祀廟祠以供奉媽祖，尊稱她爲“通賢靈女”，並在湄洲峰摩崖刻上“昇天古蹟”四個大字，文人雅士紛紛地到此來祭拜她。
宋宣和五年，朝廷派路允迪率領船隊出使高麗國，船隊航至東海，招遇到颶風襲擊，八艘船瞬間被海浪吞沒，唯獨路允迪所乘坐的船，在船上船桅的頂端，出現了一道紅光，彷佛有一位身穿紅衣的女子端坐在船桅的上面，風浪頓間停息，波濤轉危爲安，路允迪感到神奇，他詢問幕僚，這是何等神仙相救？船上有位莆田人，向路允迪報告是湄洲神女搭助。
路允迪回到了朝廷覆命，他啓奏皇帝，告知這一切事情經過的緣由，宋徽宗感到神奇，於是下詔賜封“順濟”的廟額給湄洲島的媽祖廟，這是媽祖第一次得到了官方的正式祭祀。
元朝建都於北京城，當時的北京叫做大都，是當代中國經濟文化的中心，然而大都的糧食等生活用品必須仰賴南方的供應，大多都是利用運河漕運，在運河的沿途多處有急濤險流，媽祖屢次的庇護漕運，維持元朝京都物質供應的生命線，所以上自皇帝，下至官兵及船工，把船隻航行的安全，完全寄託於媽祖的庇佑，元世祖至元十八年詔命正奉大夫到湄洲宣佈冊封媽祖爲“護國明着天妃”，載入國祀祭點，每年依制度祭拜媽祖。
明朝永樂三年，明成祖命令鄭和首次出使西洋，途中招遇到颶風，海冥黯慘，雷電交作，狂濤巨浪，驚心駭目，衆人莫不驚愕，船隻危岌欲沈，忽然間有位身穿鳳儀的神女，手提紅燈騰空飛旋，上下左右施展法術，剎那間煙消霾霽，風息浪平，萬里碧波，悠然順暢，衆人說：“此乃天妃顯靈護佑。”
永樂五年，鄭和回到了朝廷，啓稟聖上，宣稱海上因爲有媽祖的庇佑才能化險爲夷。於是明成祖加封媽祖爲“護國庇民妙靈招應夕仁普濟天妃”。
清康熙二十二年，水師提督施琅奉命率兵東渡攻打臺灣，特請媽祖神像隨師出航庇佑，軍中紛紛傳出媽祖與她的左右神將相助戰，使得鄭克爽不戰而降。施琅班師凱旋迴朝之後，將媽祖的神蹟稟奏於朝廷，康熙下詔封媽祖爲“護國庇民妙靈招應仁慈天后”。
清康熙五十九年，朝廷正式將媽祖列爲祀典，雍正十一年更通令全國沿海各省大舉興建媽祖廟，春秋祠祀。然而奉祀媽祖最盛，廟宇最多的省份，就是臺灣，臺灣所有外來移民都是航海者，所以聖母媽祖在臺灣地區香火最盛，在臺灣信徒是最多的，而分廟最多的媽祖廟則是北港朝天宮。
媽祖的最重要的部將，順風耳、千里眼是爲兩兄弟，哥哥叫做高明，弟弟叫做高覺，兩人因爲作戰身亡，魂歸桃花山，後來媽祖經過此山時，高氏兄弟向媽祖逼婚，媽祖與他們相約鬥法，敗者爲僕人，勝者爲主人，高氏兄弟同意，決戰結果，高氏兄弟落敗，於是兩人成爲媽祖的僕人隨侍在媽祖的左右。
臺灣信仰奉祀媽祖最爲虔誠，湄洲媽、溫陵媽、銀同媽、開臺媽、北港媽、大甲媽、關渡媽等等的區別，雖然名稱不同，那是因爲分靈地緣的關係，但實際上還是同一尊神，從純樸的鄉村到繁華的城市，到處都有媽祖廟的興建。
農曆三月二十三日，是媽祖聖誕，媽祖是福建、浙江、廣東、臺灣等沿海地區共同信奉的海神。後來因爲華僑的漂洋過海，將這種信仰習俗帶到東南亞各國以至世界各地。
在媽祖誕辰是禁止捕魚的，湄洲島的漁民，每逢三月二十三日的前後，都不敢下海捕魚，這個習俗是源自媽祖的誕辰。
以前東海多有神怪，漁船常常沉溺。媽祖對漁民說：“這些必定是海中鬼怪所做的。”
媽祖便命人駕駛漁船航行到東海的中流，那一天是風和浪靜，只見水族怪物聚集在東海，水怪們錦鱗彩甲，紛紛跳躍出海面口吐水沫。只看見遠處的浪濤之頭，衆水怪擁着一尊類似王子儀容的神，那神在媽祖面前鞠躬高呼，頓時水潮洶涌，船中的人害怕得不停的發抖。
媽祖對大家說：“不必要害怕。”
媽祖對那神表示歡迎，突然間水色澄清，海不揚波，才知道那一個神就是東海龍王。以後只要媽祖的誕辰，海中的水族都會來湄洲島前來慶賀。所以湄洲島的漁民在媽祖聖誕的時候，都不敢下海捕魚，這是表示對媽祖的紀念。