這個時候，軍師劉伯溫發揮了自己的才能，他建議：北上增援要想速戰速決，至少要帶上二十萬大軍，徐達、常遇春、郭英、湯和等淮北的老將們，熟悉淮北的情況，去了就可以作戰，無需從頭熟悉情況，而且他們在淮北一帶擁有很高的威望，從聲勢上就可震懾元軍。
留下來的將軍們分成三部：第一步，由朱文正、趙德勝、鄧愈鎮守洪都，放棄周邊的幾個小城，將兵力收縮進洪都，全力守住洪都城。
第二步，由胡大海、藍玉、李文忠三位將軍，全力牽制住方國珍和張士誠的南部集團的大部分兵力，使其不能與陳友諒合謀。
第三步，暫時放棄梅城和黃州，全力守住宜城、池州和饒州，確保江南大部分已經在手中的城鎮。
第四步，巢湖水師一部分留守宜城，另一部退回應天城，防止陳友諒、張士誠分別從長江上、下游侵犯應天城。
吳國公部署完江南的軍事後，分別給洪都的朱文正、水師元帥繆永安、應天城的沐英，各自寫了一封書信，嚴明堅守三個月，待吳國公率主力興師回江南，應天城的一切事務由沐英全權處理，各部營務須聽從其節制。
吳國公與軍師劉伯溫親率主力，北上增援劉福通、小明王韓林兒去了。陳友諒並不知道，等他得到消息時，已是半個月後了，而朱元璋的鄱陽湖各部則完成了兵力的收縮，退守在各主要城鎮內。
陳友諒派人給張士誠傳信，在信中告訴張士誠，朱元璋率大部分兵力，已經北上增援小明王去了，目前朱元璋的江南各城，兵力空虛，正是佔領的好時機，要求張士誠馬上出兵，與自己夾擊應天城。
同時，陳友諒開始整合各部，收攏兵力，在採石磯召開了軍事議事會議。
陳友諒的軍事議事召開的很失敗，部將們意見不統一，一部分認爲，朱元璋北上後，江南的兵力空虛，乘機各個擊敗，消減他們的實力，再進行攻城戰；
另一部分建議，集中兵力，分成陸路和水路兩路，直搗應天城；
第三部分認爲，分兵兩路，一路攻取洪都，攻下洪都後，再收取鄱陽湖周邊城市；第二路則是從水路再次嚮應天城進擊。
第一條建議，是老成持重之舉，逐步削弱朱元璋江南留下的兵力，最後進攻城市，暫時收益不大，但是穩妥，是穩打穩紮的打法。
第二條建議，是冒險的的做法，但是對朱元璋卻是致命的打法，這種打法，會使沐英的兵力進行了分散，會使沐英陷入險境，最後的結局是應天城朝不保夕，很有可能失陷。
陳友諒對上次應天城下的失敗，一直耿耿入懷，總想着贏回臉面。採用了第三條建議，最後決定：以二十萬大軍，在其弟弟陳友富的帶領下，進攻洪都城，牽制鄱陽湖一帶的主要兵力；自己則親率四十萬大軍，千餘艘樓艦，由水路順長江而下，攻取應天城。
沐英在應天城內，接到義父朱元璋的來信後，大吃一驚，義父率主力北上，江南空虛，陳友諒、張士誠定會乘虛而入，應天城則危矣。
沐英不敢大意，立刻請繆大亨將軍一同到了國公府，找到了馬伕人。沐英將情況一一稟告了馬伕人，沐英說：“義母，目前情況緊急，我們的水師，在長江上是無法阻止陳友諒的，必須在長江上設置層層障礙，進行層層的阻擊，遲緩陳友諒的進攻，堅持到義父率大軍回來。”
馬伕人說：“目前兵力有限，如何阻擊？應天城周邊又如何佈防？沐兒，你有何主張？”
沐英說：“其一，繆大亨將軍坐鎮應天城，我將湯山王正明的三萬新兵調進應天城內，交付給繆將軍指揮，確保應天城的防務安全。
第二、令陳達金二萬人，與張德勝的水師二萬人，一同守住江州，死死的掐住張士誠攻向應天城的水上通道。
第三、潘成龍的二萬人，支援毗陵城的防務，趙權的二萬人駐守丹徒，作爲毗陵城的預備隊。
第四、沐英親率中軍營及王順的二萬精騎，與繆永安大帥一起，至彭澤的涇江口江面上進行佈防。從涇江口至宜城一線的江面，設置至少十道防線，層層阻擊陳友諒的軍隊東進，拖延時間，等待吳國公率大部隊凱旋歸來。”
馬伕人想了好一會，說：“沐兒，將在外，君令有所不受，我支持你的做法，不能將戰火帶到應天城來，這次與上次不一樣，上次有你義父坐鎮，張士誠不敢來犯，你義父如今不在，只要陳友諒打到應天城下，張士誠就會前來分杯羹，造成兩路夾攻，應天城就危矣。如果能將陳友諒阻擊在宜城之外，張士誠必不敢輕舉妄動。”
沐英向繆大亨將軍說了聲：“應天城就拜託將軍了！”
繆大亨將軍也是員虎將，他也拱了拱手說：“沐小將軍嚴重了，我在城在，我死也必保城在，寧願戰死，以報國公知遇之恩，也絕不苟活。”
沐英召集自己的部下議事後，各部按照沐英的指令，開始緊急的進入各自的防務中，王正明回了淮南定遠，他將負責沐英弩箭、弩弓的補充，以及招募新兵，爲沐英籌集糧餉。他的所有物資，將會直接運往宜城一線。
王順的一萬精騎已經提前出發，沐英帶着重弩營的一萬將士，以及中軍營的二萬將士，和岳父繆永忠的水師一起，順水路也出發了。沐英途中飛鴿急令趙猛率二萬人，向彭澤行軍，支援沐英守住長江防線，張興武率餘下的一萬多士兵守饒州。
饒州是胡大海、藍玉、李文忠等人的退路，也是洪都的側翼，必須守住。
沐英到了宜城後，召集了繆永安等水師將領議事，繆永安將軍是如玉的伯父，所以在此次議事會議中，是很支持沐英的，尤其是沐英受馬伕人的委託，其他將軍們再不服氣，也不敢造次一二。
沐英在議事中分析，陳友諒會集中兵力，沿長江攻擊，再次侵犯應天，爲了阻止陳友諒的水師，決定從涇江口至宜城，設置不少於十道的阻擊陣地進行防禦，命令如下：
第一、派出水師士兵沿途收集大型木船回來；
第二、派出步兵沿途砍伐木料，準備搭設水上工事；同時搬運石頭，準備沉船；
第三、巢湖水師一部協同守住陣地；另一部隱入宜城內河，隨時準備出擊。
第四、趙猛率中軍營二萬將士於長江北岸，協同阻擊；顧德強率二萬軍士於長江南岸，協同阻擊；重弩營與江面工事上佈下重弩，阻擊敵軍；
第五、王順的一萬精騎，作爲預備隊，隨時準備增援。
佈置完成後，第一道阻擊點上，十艘滿載大石頭的木船，被水師牽引到了指定的江面上，水軍們下水鑿船，當木船沉入水中，只露出頂部的木帆杆時，士兵們將一根根的大松木橫在水面上，用大鐵條柵住，形成了一個個的水上棧道。
好在秋汛已過，水面上縱橫交錯的木料，將木棧道層層固定。前面三道木柵欄，是阻攔敵船撞擊用的，第四道開始，分成四層，下兩層是重弩兵的射擊點，上兩層則是輕弓弩兵的羽箭射擊點。
兩岸江堤上，也是幾道弩箭陣地，以及步兵陣地。沐英下令，收集大量的熱油及棉布條，作爲火攻用。
沐英在第一道江面阻擊點，佈置了重弩一百架，每架重弩配備了一百支弩箭；配備了五千弓箭手，兩萬步兵，呈梯次配合。
第一道阻擊點在三天後完成，在下游十里，又開始了建造第二道阻擊點，第二道阻擊點完成時，陳友諒的前鋒艦隊共五萬人，分乘百來艘樓艦，來到了涇江口。
沐英命令後邊大軍，由老丈人繆永忠將軍指揮，繼續建造地三道防線、第四道防線...................直至第十道防線。
陳軍前鋒大將俞國興、陳龍，到了涇江口後，發現江面被守軍設置了障礙，並配備了大量的守軍後，便於兩裡外下錨停止了前行。兩人一番商量後，決定先派五艘樓船成品字形，向柵欄衝撞而來。
前面的那艘戰艦，在百丈遠就開始加速，攜帶着江水的流速的樓艦，撞在了第一道柵欄上，將第一道柵欄撞開，第二道柵欄阻止住了樓艦的前進，但是，樓艦的前艙被柵欄上的鐵器，撞出了一個大洞，江水瞬間涌入船體內，船體開始傾斜。
第二艘、第三艘戰艦，不知道前面戰艦已經進水了，跟着也撞向了第一道柵欄，隨即又撞向第二道柵欄，第二道柵欄隨即撞開，這兩艘戰艦隨後也被撞出了大洞。