桓振大敗魯宗之的軍隊後，往回返程，於路望見城中處處火起，心知城已陷，便帶軍隊先駐紮在溳川，收集餘衆，不久後軍士達數萬。當他得知劉毅回軍，司馬休之鎮守江陵的消息後，大喜道“休之乃我家手下敗將，這回江陵城又要歸我了！”於是帶領數萬大軍前往攻城。時城內只有守軍萬餘，休之認爲桓振勢力已衰，便冒險出城迎戰。桓振帶數十騎衝鋒挑戰，在休之軍中進出數次，連殺數百人，如入無人之境。休之等兵士人人恐懼，大軍相接，休之迅速落敗，腰中一流矢，慌忙逃跑，奔至襄陽。
時劉懷肅屯兵在雲杜，聽聞江陵城被陷後帶兵數千急赴，日夜兼行，七日而至。桓振已將兵三萬陣於沙橋等待，旗幟蔽野，晉軍軍士皆有懼色。劉懷肅躍馬持槍，帶隨從數十騎先行突陣。桓振令前方軍士放箭，一時箭如雨下，懷肅身旁倒下十餘騎，又有一箭正中懷肅額頭。懷肅拔箭大呼，一馬當先，直衝入敵陣，揮槍急刺，當其前者無不立斃。晉軍士氣高漲，緊隨其後殺入敵軍，個個爭先，奮命搏戰。
桓振見劉懷肅勢頭如此之勁，心想不殺此將我軍難勝，便恃勇拍馬來戰。槍戟交接，劉懷肅雖勇，終究遜桓振一籌，數合之後漸覺難以抵擋。劉懷肅的隨身小將唐興見狀後拼命殺出一條血路前來助戰。懷肅與唐興夾鬥桓振，這回桓振有些難以招架了，躲過此槍再躲彼槍，應接不暇。數合後，懷肅與唐興走馬繞桓振轉起了圈，時不時冷不丁的就刺出一槍。這下桓振之戟可就更加撥擋不及了，走馬顧得了這邊，顧不了那邊。走馬數圈後，唐興一槍刺來，桓振慌忙隔開，而此際劉懷肅已繞至另一側，刺中了他的腰部，桓振落馬，唐興緊接着一槍洞透其胸。桓振已死，其衆也迅速鳥散。桓振族人桓謐、桓怡與溫楷等投奔後秦。至此，桓氏之亂基本結束。江陵城平定後，司馬休之回來見到劉懷肅，緊握其手說道“多虧將軍奮勇戰勝桓振，不然，我將無家可歸！”懷肅言道“爲國而戰，義不容辭！”之後不久，劉裕向皇帝進言，認爲休之不適宜再鎮守荊州，便讓他去做了會稽內史，而讓劉道規做了荊州刺史。
皇帝到達建康，見到劉裕，如見恩人。言道“我今日能重回帝位，可是多虧了愛卿啊！”劉裕言道“這都是衆將士用命，臣何功之有。”爲獎勵諸將，帝以劉裕爲侍中，車騎將軍，總督中外諸軍事並領徐、青、兗三洲刺史。劉毅爲左將軍，無忌爲右將軍、督豫州揚州五郡軍事。劉道規爲輔國將軍，督淮北諸軍事。
桓振初陷江陵時，毛璩整衆三萬順流東下欲攻桓振。使其弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗出外水，參軍譙縱、侯暉出涪水。蜀地素來富饒，軍民安逸日久，不樂遠征。侯暉軍至五城水口，與陽昧謀作亂。侯暉向兵士們說道“如今天下紛亂，唯有蜀地最爲殷富安寧。毛璩私心太重，欲使我們賣命爲其建功，東晉連年戰亂，我們此行怕是有去無回啊!”兵士們個個心動。侯暉繼續說道“我們不如回軍趕走毛璩，保有家鄉，自守一方，不管外界紛擾，自得其樂何如!”軍中歡呼“好！好！好”
譙縱爲人和謹，頗得衆心，蜀人愛之，於是暉、昧等共推縱爲主。譙縱本有稱雄之心，但想此事重大，需探測一下軍心，於是假裝他拒絕道“我無甚才能，難堪此任，還請另選他人”。說完就跑。暉、昧帶軍前追，譙縱跑至河邊，竟然跳了下去。幾個兵士趕忙入水將其扶出。之後侯暉、陽昧與幾名軍士將其強行扶至乘輿上坐下，然後帶領衆軍士下跪言道“請將軍爲我等做主！”見衆軍士言辭懇切，譙縱心中暗喜，就做了首領。
大軍返還，先攻涪城，毛瑾沒想到會有此變，倉促帶軍出戰，兵敗被殺於陣。大軍繼續向成都進發。毛璩派毛瑗出戰，一戰而敗，死者什之八九，毛瑗被譙縱弟譙明子活捉。打亂之際李騰進入毛璩室中，說道“戰敗了，我們下一步該做何計？”毛璩言道“唯有拼死守城，城內尚有軍民數千，何況成都城池甚爲堅固，短時間內亂軍難以攻克。等敵攻勢略緩，我們派兵殺出城去蜀南搬救兵，到時裡應外合，定能擊破亂賊。”李騰冷笑道“呵呵，只怕百姓已經對你失去了信心！”毛璩觀李騰面露兇狠之色，驚慌道“你想怎樣？”“譙縱爲主，更受推戴。”言畢抽劍殺掉毛璩，打開城門迎接譙縱。譙縱自稱爲“成都王”，以從弟譙洪爲益州刺史，譙明子爲巴州刺史、屯兵白帝。
桓氏之亂既平，朝廷安定。劉裕向皇帝建議對百姓薄賦輕徭，皇帝應允。民間人人大喜，軍士亦得以充分的休養生息。這段時間也是劉裕最安定平和的日子。皇帝爲劉裕在建康起了宅地，劉裕將母親與愛妻、女兒都接來建康。更喜的是，劉裕所納三妾先後都爲其生了兒子，劉裕分別取名爲劉義符、劉義真、劉義隆。唯一讓劉裕感到傷心遺憾的是故交好友王謐病逝。
毛修之自父親毛瑾、伯父毛璩被殺後，無日不想復仇，時時向劉裕懇求伐蜀。408年，劉裕向皇帝請求伐蜀，他向皇帝言道“蜀地山川勢險，地富民殷。古來多人割據稱雄，然亦只能於亂世保守一隅。雄傑如公孫述、劉備等也最終都被破敗。其地雖險，然譙縱纔不及古人遠矣，討之應非難事。”皇帝當然答應。於是劉裕使劉敬宣帶衆五千伐蜀，劉道規爲徵蜀都督，並讓自己愛妻之弟臧熹跟隨前往。七月，軍隊進入峽口後，敬宣與劉道規、臧熹等統衆由內水水路轉戰而前，一路勢如破竹，所過皆克，直至黃虎。
譙縱得知晉軍前來驚慌不已，派使者向後秦稱臣求救。桓謙也趁機向秦主姚興言道“晉軍兵少，不自量力前來。蜀地多險，難以持久。我們只需發兵助其聲勢，不用接陣，晉軍必退，譙縱也一定會感恩戴德，對我們忠心不二！”秦主允諾，派姚賞將兵二萬前往相助。
晉軍已至黃虎，黃虎至成都有五百里。譙縱派族弟譙道福斂衆守險，就是不出戰。劉敬宣與譙道福對峙六十多天，前進不得，糧草用盡，軍人不服蜀地水土又染上了疾疫，死者、病者十有六七，不得已帶軍返還。劉敬宣與劉道規都被官降兩級。之後譙縱便有輕視朝廷之意，想東寇荊州，他認爲桓謙多年在江陵，頗得民士之心，便想從姚興那裡借桓謙來相助，姚興答應，桓謙便來到了成都。