逃入海島後，孫恩猶有數萬衆。他不甘失敗，意圖再舉。初春來臨，海水解凍。發動數萬兵士，樓船數百艘，自海道登陸來犯。得知此消息後，劉裕認爲海鹽城離海最近，受敵先攻擊的可能性最大，便向劉牢之請命前去備敵。牢之應允，劉裕帶幾百兵士火速前往。不想與賊一前一後幾乎同時到達。劉裕立即進城加強防守。賊衆挖塹築壘幷包圍城池，由於夜色已晚，準備天明再攻城。
劉裕心想“賊恃人數衆多，必定戒備不嚴。不如趁其不備，出城一戰，殺敵一個措手不及，以挫其銳氣。”當下就帶幾百勇士出城擊賊。賊衆果然驚懼慌亂，匆忙應戰。劉裕持刀當先，衆勇士亦不落後，如砍瓜切菜般，瞬時斬殺數百賊寇。然而賊勢並沒有退的意思，因爲孫恩使數十人在後督戰，有退者立斬。劉裕心想繼續打下去，將有不利，還是見好就收吧，就帶領士兵殺回城中。衆賊正巴不得他們走呢，紛紛退避閃開條路來。劉裕身後有一賊將緊追不捨，心說賊中竟有如此不怕我之人，轉身與其碰個正着。刀對槍，劉裕連揮五刀都被接住了，“功力還不錯”，劉裕說着，隨後賣個破綻，虛晃一刀，刀朝砍不到的地方落了下去，賊將以爲時機到了，上前就是一槍。不料這一槍正中劉裕下懷，劉裕身子望斜後方一仰躲過槍，探出左手抓住，右手擰腕，刀走弧線，砍向了敵方的脖頸。一股鮮血涌出，賊將倒地。沒人敢再追趕，劉裕等人順利回城。
第二天，天色剛亮，孫恩就開始猛烈攻城，賊衆蟻附而上。劉裕提刀沿城牆來回督防，殺落城牆一批又一批賊衆。守城將士也傷亡不少。原來孫恩手下有兩將最是驍勇。其一爲弟弟孫義，另一個就是姚盛，昨晚被劉裕所斬殺者。失一勇將，孫恩惱怒非常，難怪他攻城那麼急。
直戰到夜晚，賊才停止攻擊。劉裕緊皺眉頭，覺得城中兵力太少，該如何破敵呢。不久後想出一計，趁夜把城牆上的旗幟都拔掉了，選出一些老人和殘疾人登上城牆作爲誘餌，把士兵和年壯之人都四處埋伏起來，大開城門。
早晨羣賊望見此種情形有些疑惑，大聲問道“劉裕呢？”城上人回答“兵少不敢繼續城守，連夜跑了。”敵人果然毫不懷疑蜂擁而進。估量着守城軍士所能消滅的數量不能再多了，劉裕下令落下閘門。閘門一落砸死了好幾個。進城的人知中計，開始慌了，但已經晚了，四面理伏齊出，將進城之賊全部斬殺，無一漏網。
羣賊心想此城急切間難以攻下，城內糧食財物也不多，便轉移了目標，向滬瀆進發。劉裕出城追敵，海鹽城守令派兒子鮑嗣之率吳兵八百一同前行。鮑嗣之恃勇傲氣，不聽劉裕節度。逼近逃賊時遇到一山谷，兩側高聳入雲，中間一路甚窄，只容四五人並行。嗣之看賊進入山谷，便要繼續前行，劉裕一把攔住，說道“進入山谷之賊怕是誘餌。羣山高聳，恐有埋伏。當年孫臏設伏殺龐涓於馬陵道，此地頗似馬陵。萬不可輕易前進。”嗣之正追的歡，哪聽的進去，不以爲然說道“鳥賊鼠輩，已然膽裂，怎會設伏？”不聽劉裕勸阻，帶衆進入山谷後，嗣之卻忽然感到安靜異常，旁側山峰又有數只鳥驚起。心中暗覺不妙“不好，快撤！”但爲時已晚，只聽咕咚轟隆聲不覺於耳，石頭滾木從山上紛紛落下，將鮑嗣之後方得路堵了個結結實實。山谷出口處突然又出現一隊賊兵，與兩側山上的伏兵一齊彎弓，飛箭滾木一時雨下。可憐谷內這幾百士兵全部作了死鬼。
劉裕另從別路追賊，賊衆見劉裕兵少，集結大部反身來攻。想想衆寡懸殊，劉裕將自己的幾百人分爲七個小隊，使六個小隊分散到各處去做埋伏，只爲使敵人起疑。自己獨領一隊當敵主力，且佔且退，退至埋伏近處，高舉旗幟，各處理伏同時舉旗鳴鼓，鼓聲震天，羣賊不測虛實，不敢冒然進逼。劉裕此刻回身大呼擊賊，賊勢始退，這才得以順利返回海鹽城，而此時劉裕身邊所剩也只有數十人了。
再說孫恩一衆攻下滬瀆後，又接連攻下幾座城池，糧備充足，兵力擴充至十餘萬，準備直進建康。他向衆賊說道“兄弟們，朝廷衰落，內無盡忠之臣，外有拔扈之藩鎮。以我們現在的兵力，一股作氣，定能直接搗毀司馬小兒的老巢。天下就是我們的了。到時候會有無數的美女，取之不盡的珍寶，哈哈！！大家再也不用過以前的苦日子了，爲我們的未來拼力一戰吧!”當日殺豬宰羊，大饗兵士，人人吃個醉飽。
401年6月，孫恩發動十餘萬衆浮海入江，準備一舉攻克建康。樓船一千多艘劈波斬浪而來，向丹徒進發，這是最近的一條道。大衆到達丹徒後，分兵登陸，準備水陸並攻。賊軍樓船甲板甚爲寬敞，可容數百人。船高的可達十多米，船上旌旗蔽天，長戟林立，鎧甲耀日。時又值東南風，順風而來，船上賊兵個個充滿鬥志，意氣自得。晉國百姓軍士望之無不生畏。丹徒緊臨建康，此時賊軍距京已不足百里路。消息入京後，舉朝大駭。晉安帝司馬德宗正在下棋，聽後嚇得手顫不能控子，棋子都抖落了。緊急下令內外戒嚴，百官都入內聽從處分。分派各位將軍備守石頭、白石等近城要處，還派士兵在秦淮河口遍插柵欄斷路。
劉牢之本打算在山陰邀擊孫恩，不想孫恩船行如此之快，到達時賊已通過。想到劉裕距孫恩較近，便派一騎火速去傳信“孫恩要犯京師，估計快要到丹徒了。你迅速進援。勿必要在他之前趕到。”
得信後，劉裕在海鹽城內選出八百兵士即刻進發。晝夜兼行，三日夜疾行數百里到達後，立即進城助守。半個時辰未過，孫恩之衆就已到達。丹徒守兵看到孫恩樓船大軍遮天蔽日而來，前後左右不見邊際，心中膽怯，本想棄城而逃，劉裕入城後他們纔算鬆了口氣。