劉裕應募到劉牢之麾下。這一年是公元399年。劉牢之所將兵士個個精猛，號稱北府兵。時常作爲前鋒衝陣，所向無前。當年秦晉淝水之戰，前秦攻下壽陽後，先使五萬兵屯於洛澗。晉將謝石等擁衆數萬畏懼不敢前，劉牢之領精兵五千直前渡水，大破秦軍，臨陣親斬大將樑成，殺敵一萬五千人，謝石纔敢領諸軍繼進，大敗號稱百萬雄師的秦軍主力，使東晉保住了半壁江山。然而皇室愔弱，朝綱不舉，權歸強臣。朝廷政令所行之處，只有三吳。又值荒年，民心思亂。孫恩信奉五斗米教，用巫術蠱惑愚民。信者越來越多，便開始造反攻城，連下三吳多處郡縣。而孫恩在建康的奸細被抓後，朝廷更是大恐，內外戒嚴，急命劉牢之募兵前去平亂。
劉裕隨劉牢之擊賊時，劉牢之本沒看在眼裡。羣賊烏合之衆，聽到劉牢之大名就已心寒，是以所向皆克。軍行至吳興時，遇賊衆萬餘。劉牢之派兒子劉敬宣領二千人前去接戰。劉裕也在其中，雙手持大桿刀，由於刀很重，賊人兵器碰着後不是飛出老遠就是斷爲兩截，劉裕進如旋風，刀起刀落，賊兵非死即殘，瞬間倒地一大片。羣賊不敢近身，劉裕就飛奔而前，專進攻賊多之處。幾番迴轉，如同使一座大山崩頹了數處。敵人的血也濺了他滿身滿臉，成一血人。而劉裕越殺越歡，瞋目大呼，羣賊紛紛避退。劉敬宣看的入了神，正暗自驚奇，所募之兵竟有如此勇者。不料由於自己衣甲旗幟過於鮮明，被數十賊圍了好幾匝。身旁的衛兵都已遠去擊賊，只得自己單槍匹馬突擊。雖傷了幾個小賊，但急切間難以衝出，形勢萬分危急。幸好劉裕發現了此種情況，挺刀飛奔而來。左劈右砍，刷刷幾下就殺到敬宣馬前。一步一騎相互配合，兩人將圍兵瞬時擊潰。
“請壯士報上名來。方纔殺賊，我都看到了。真是神勇無敵啊！”“在下京口劉裕。”敬宣遠望，看到賊軍後方有一人乘轎，衣飾華麗，定是一頭目。便問劉裕“可否爲吾取其頭來？“遵命”。說着就持刀直衝賊將。當其前者無不立倒，一路血肉紛飛，殺至將前。敵將慌忙下轎，令近衛十餘名環繞保護自己。劉裕進前一步，長刀猛地向前一刺，洞穿一人胸部，將其挑起，扔向近衛，又砸倒了兩賊。嚇破了膽的毛賊也不顧及主帥的安危，各自逃跑了。賊將慌忙拔刀，劉裕已猛衝兩步躍向空中，順勢將刀向他身上劈了下去。落地時，賊將連頭帶肩都被斬斷。主帥被斬，羣賊因此四奔五散，敬宣與劉裕追殺，斬首無數。
回軍營見到父親，敬宣非常高興。“哈哈。父親，我今天爲你物色了一員虎將！”就將劉裕擊賊情形講述一番。劉牢之聽後欣喜過望，當下就將劉裕引進中軍帳，與他談論歷代兵事與天下形勢，對其武略大是讚賞。劉裕告訴牢之自己原本是彭城人之後，劉牢之由於同鄉，對其更是青睞，就讓劉裕做了己的參軍。
大軍繼續前進，兵臨會稽，準備直搗賊巢。劉裕上言“劉將軍，末將願意前往偵探賊勢。”劉牢之答應“好，我與你一百騎兵。”劉裕說道“無須這麼多，十幾騎足矣。此行只是哨探，非爲擊賊。兵多反而會暴露自己。”劉牢之讚道“將軍之勇可嘉，但一定要多加小心。兇賊狡獪，不可輕忽。“劉裕回道”謹聽將軍囑咐”
劉裕一行走了數里路後，翻過一個山丘。忽然前面出現大批賊軍，如潮水一般涌來，將他們瞬間包圍。劉裕言道“不想這幫鳥賊來這麼快！”隨同之人個個驚懼失措“看這形勢，少說也得有一千多人。該如何是好啊！”劉裕素來膽豪，雖知凶多吉少，但想如今形勢只能拼命一戰，死中求活。大聲說道“兄弟們，衆寡懸殊，我們拼命衝鋒，或能殺出重圍。若無生理，盡忠報國，正是今日。”說完就驅騎前馳，長刀所向血肉橫飛，當前者無不倒斃。然而隨從的那十幾名兵士可無此勇力，一個個的都被隔離包圍，攢刺而死。劉裕繼續衝殺，倏忽而前，倏忽而左，倏忽而右。殺退一遭又遭，眼看就要殺出條血路來，不妨暗地裡有一賊彎弓射出一支冷箭，正中馬腹。馬吃痛前躓跪地。
就在此際，劉裕奮起神勇，左身捉刀，右手在馬背上猛地一按，身體騰空，翻個跟頭平穩落地。揮刀步戰，劉裕發現隊友全沒，心裡也有些慌了。羣賊見劉裕失馬，聚集長槍向前逼迫。劉裕殺的力乏，後退數步。不想腳下一滑，跌落下去。原來這地方下面是一條河，河岸高峭，劉裕摔到了河岸下。羣賊蜂擁擠到岸邊臨高俯視，開始嘲笑“哈哈!小子，這回該你命絕。”“殺了我們那麼多兄弟，過會將你分屍”。“走，兄弟們，下去把他剮了”看羣賊準備衝下去，劉裕心想這麼一來哪有生還的道理啊！於是他開始沿着河岸，帶刀用力向上爬。“這混蛋是嫌死的慢嗎？還敢上來。”羣賊都呆在那邊看劉裕邊嘲笑時，劉裕已接近岸邊。左手攀岸，右手提刀杆底端，使出畢身之力貼岸平掃兩圈，近岸數賊死的死，跌的跌，紛紛後退，劉裕得以上岸。經此一遭，劉裕已激發體內潛能，忘懷疲勞，舉刀叱吒，大呼殺故，所向披靡。羣賊爲其威勢所驚嚇，爭着躲避。賊中戒道“一人拼命萬夫莫當。”“我們沒必要跟這個瘋子較勁，大家走吧。”羣賊如流水一般開始四散逃跑。就這樣，劉裕單刀殺退了一千多敵兵。
追敵時，忽見劉敬宣帶數百騎兵趕來。原來當時跟從劉裕之人，有一人受傷落馬僞裝死去。在劉裕掉落峭岸之時，他趁敵人都去進逼劉裕的空當偷偷逃了回來報信。劉牢之聽後很是惋惜，“失我一員力將!”敬宣說到“父親先莫傷心，劉裕神勇無敵，或未殞沒，我即刻帶兵前去接應”當敬宣來到後，看到劉裕獨自一人提刀追殺大批賊衆，如勁鷹逐羣烏。驚歎不已“真乃天將也!”
接下來的戰鬥勢如破竹，大兵臨境，敵人就嚇得棄城而逃，不費吹灰之力就進至浙江，準備直搗孫恩老巢。賊首孫恩不敢一戰，慌忙逃入了海島。劉裕想要帶水軍入海追賊，劉牢之不許“寒冬來臨，海水將凍。不如等待來年春天！”