劉毅既已據有重鎮，自以爲得志，便上表請求其弟兗州刺史劉藩來荊州，欲與其共同謀劃除掉劉裕。劉裕知道後，認爲劉毅必反，於是決定先發制人，討伐劉毅。劉裕先假裝答應劉毅，然後派人暗中將劉藩與謝混殺掉，接着使皇帝下詔“劉毅傲狠兇戾，履霜日久，中間覆敗，宜即顯戮。晉法含弘，復蒙寵授。曾不思愆內訟，怨望滋甚。長惡不悛，志爲奸宄，肆心恣欲，罔顧天朝。擅徙兵衆，略取軍資，驅斥舊戍，厚樹親黨。又與從弟劉籓遠相影響，招聚剽狡，繕甲阻兵，同惡相濟，圖會荊郢。尚書左僕射謝混憑藉世資，超蒙殊遇，而輕佻躁脫，職爲亂階，扇動內外，連謀萬里。是而可忍，孰不可忍！”
九月，劉裕發兵建康討伐劉毅。王鎮惡請命道“末將願領船隻一百爲前鋒”劉裕答應“好。但請切記，賊若可擊，擊之。若不可，燒其船隻，屯軍水際待我之來。”王鎮惡是前秦丞相王猛之孫，祖籍山東。王猛極善謀略，輔助前秦二十年，用儒法，選拔廉明，抵制權貴，強化中央集權。勸課農桑，倉廩充實。助苻堅統一北方，使秦達到前所未有的強大。王猛臨終勸苻堅暫緩進攻東晉，先休兵數年再做打算。但苻堅不聽，終於淝水一戰大敗，身滅國亡。之後王鎮惡隨其叔父投奔東晉，劉裕與其談論許久，甚爲其兵略所驚歎。大喜說道“能得愛卿相助，吾平定天下當無憂矣。”
於是王鎮惡與蒯恩領百船晝夜兼行，並使軍中揚言劉藩前來相會。在離江陵二十里路時舍船登陸。使每船留下一二人於岸邊置放旗幟十餘隻，並在旗下立鼓。王鎮惡告誡所留兵士“你們估計我快要到城時，就連續擊鼓，使敵人以爲大軍將至。”又派人把各渡口的船都燒燬。王鎮惡帶軍往前攻城，傳語諸軍士“若有人相問者，就說是劉藩前來。”就這樣順利經過各處盤查，城內居民也都深信不疑。鎮惡直進至離城五里處，碰着劉毅之將朱顯之。朱顯之問道“劉藩在哪？”有軍士回答“在後面的便是。”朱顯之急馳至軍後並未見到劉藩，卻看見了士兵們擡的攻城器具。他又遠望到江邊火起，鼓聲大作。心下大驚，知有變故。趕忙調轉馬頭與隨從數騎返回，鎮惡領兵緊追朱顯之。朱顯之臨近城門大喊“速速關閉城門，有兵前來攻城。”城門還未來得及放下，鎮惡已經帶兵入了城。蒯恩追及朱顯之，將其槍橫在朱顯之前方，接着槍往後一掃，朱顯之仰身跌落馬下，蒯恩緊接着一槍將其刺死。
外兵突入，城內大亂，倉促應戰。鎮惡又射殺劉毅猛將趙蔡，劉毅軍潰敗，紛紛入保內城。毛修之此時早已進入王鎮惡軍中。鎮惡進圍內城，只圍三面，開其南面。蒯恩疑惑道“爲何不四面俱圍？”王鎮惡說道“古之圍城，開其一面，以疑衆心。若圍之過急，敵無路可逃，將拼命死戰。”
王鎮惡向城內高聲呼道“劉太尉親統大軍即將到來，先降者不殺。”如此一來，城守更無固志，劉毅也大驚失措。看到毛修之跟王鎮惡在一起，怒罵道“狗奴才，叛了桓玄又叛我！”劉毅準備突圍逃跑，看到城南無圍，但他懷疑有理伏，便帶兵士三百人開北門突出，正遇王鎮惡軍。劉毅率兵拼死惡鬥，鎮惡身中五箭，絲毫不顧，繼續揮槊激鬥，殺敵無數。後手中之槊忽然斷爲兩截。幾名敵兵見狀立即來至王鎮惡跟前，持槍欲刺。王鎮惡欲於馬上拔佩刀格擋，無奈刀一時間竟拔不出來。眼見就要被刺中，王鎮噁心說此番我命休矣。就在槍尖垂及鎮惡之際，幾名敵兵突然全部中箭而倒。是蒯恩分出的部分兵士來援助，剛好到達，將敵兵射殺。但這時劉毅已在數十人保護下逃出。
一路上衆人散，劉毅單身往投一佛寺。一小沙彌正背向劉毅敲木魚，劉毅慌張說道“追兵甚急。我佛慈悲，還請大師收容，救我一命。“小沙彌起身說道“當年我師傅收納逃人桓蔚，爲將軍您所殺。請原諒我今天不敢收容。”聽追兵聲離寺越來越近，劉毅嘆道“哎，爲法自弊，以至於此。”接着就在寺內上吊而死。劉毅死後二十日劉裕大軍纔到，王鎮惡因功做了武陵內史。
再說那諸葛長民爲官驕縱，嗜慾貪婪，所做受賄侵贓等不法事甚多。還愛與民爭利，甚至有強搶民女之惡行，百姓患之如狼。劉毅之死，常懼劉裕持法按治。他對弟弟輔國將軍諸葛黎民說道“往年醢彭越，今年殺韓信，禍將至矣。”諸葛黎民回道“劉裕必不相容，趁其討劉毅未回，我們早做準備，殺掉他。”諸葛長民猶豫不斷，嘆道“貧賤常思富貴，富貴必履危機。如今想做一布衣，豈可得耶!”諸葛長民想到劉敬宣經常在劉裕左右，由於伐蜀失利一直未受重用，便送書給劉敬宣“劉裕狠戾專恣，自取滅亡。富貴之事，請相與共之。”他怎能料到劉敬宣對劉裕是死心塌地的追隨，劉敬宣收到書信後直接送給劉裕。劉裕喜道“我就知道阿壽不會負我!”，便決定除掉諸葛長民。
使司馬休之留在荊州做了刺史後，劉裕立即從江陵返還。得此消息後，諸葛長民也決定趁此機會殺掉劉裕。他認爲劉裕回來，十有八九會經過新亭，便讓諸葛黎民在新亭附近埋伏壯士，自己前往迎候劉裕。他怎能預知劉裕計高一籌，劉裕使輜重隊伍先行，自己卻故意遷延。諸葛長民算着時間到了，前往觀望，卻總是不見到來。接連等候數日，終於望見船隊，發現竟是輜重隊伍。問道“太尉來了嗎？”答道“太尉有事要處理，需要稍晚數日來到。”