411年三月，盧循得以收兵來到廣州番禺城，發現城頭插的晉兵旗幟，心下大驚。原來孫處與沈田子早就按劉裕的計劃乘海道來到番禺，在大霧之日，敵人不備，潛登上城牆，攻克了城池。接着又分兵平定了嶺表各處賊巢。盧循絕望道“我的賊路到頭了嗎？”言畢捂嘴，自知失言。沈田子帶兵出城迎戰，盧循之衆如喪家之犬，兵剛交接就敗了下來。盧循被追得急，呼道“田子，當初孫公待汝不薄，今日請念及故人情面，放我一馬。”田子怒道“妖賊孫恩使我宗族揹負賊名，死於鋒刃。你還敢提他？我今日定要取你狗命。”言畢彎弓，一箭射穿盧循臉頰。盧循大懼，使隨從軍士盡皆棄掉一切盔甲輜重與身上攜帶的金銀財物，輕身逃命。田子軍士因爭搶財寶而怠慢了追賊，使盧循僥倖逃走。沈田子因失了盧循而大怒，手殺好幾名亂搶財物的士兵。
盧循南竄至交州，仍有兵士千餘人，他妄想攻下交州再做根據地。而交州刺史杜慧度早就散盡家財以賞軍士，做好了擊賊的準備。盧循乘船來至龍編，與杜慧度展開戰鬥。杜慧度在兩岸佈置的弓箭手夾射敵船並投擲火炬，盧循之船全部起火，兵衆大潰。眼看已無活路，盧循殺掉妻子和一子一女，然後爲其唸咒。念畢問諸妾“爾等可願從我而死嗎？我會念咒渡你們昇仙！”極少數人願意從死，有一妾更是說道“螻蟻尚且貪生，何況是人。請大王饒恕臣妾。”盧循大怒，立即將此妾殺掉，之後又瘋狂砍殺不願從死者。還沒有殺完，盧循看追兵臨近，自投水而死。杜慧度令人將盧循父子的屍體打撈上來後，將其頭顱送至建康。
孟懷玉亦將徐道覆的頭顱送至。劉裕向皇帝說道“陛下，臣想帶兩賊之頭前往尋陽，爲無忌等諸戰士的亡魂進行祭奠。”司馬德宗回道“我同愛…愛卿一起前…前去，無忌忠…忠肝義膽，朕亦很…很是心痛。”
尋陽江口，劉裕擺上何無忌的牌位。千餘將士盡皆縞素，臨江肅立。江風悽悽，白幡亂飄，日色無光，天地黯淡。將士們齊歌曰“操吳戈兮披犀甲，帶長劍兮挾勁弓。旌蔽日兮敵若雲，矢交墜兮士爭先。凌餘陣兮躐餘行，擊鳴鼓兮短兵接。天時懟兮威靈怒，嚴殺盡兮棄原野。將軍殪兮士兵傷，出不入兮往不反。誠既勇兮又以武，終剛強兮不可凌。身既死兮神以靈，子魂魄兮爲鬼雄！”歌罷劉裕大哭，將士們亦無不潸然淚下。劉裕將酒灑在無忌靈牌前，呼道“無忌兄，魂兮歸來！”儀式後，劉裕將盧循與徐道覆的頭顱於何無忌墓前埋葬。
劉裕威望日甚一日，甚得軍心民心，司馬德宗亦將其視爲國之干城，雖知大權已落到劉裕手中，但也無可奈何。此番又立大功，司馬德宗索性又封他做了太尉，掌管一切軍事。這在軍政合一的時代，可是至高無上的官爵，一人之下，萬人之上。
在劉道規大敗徐道覆之後，身體染疾。412年四月，因疾解官歸家休養。道規在荊州七年，善於爲治，刑政明理，愛民如子，甚得百姓愛戴。離開時，荊州之民相送者綿延數裡，盡皆垂泣。不想劉道規歸家後僅三個月就因病而逝。劉裕極其悲痛，嚎哭久久不絕。多年來劉道規爲其建立功業立下了無數功勞，失此愛弟對他來說如同失去手足，也讓他少了一個最有力的助手。
如此一來，荊州位缺，劉裕難得其人。想來想去，劉毅雖然桑落洲一戰大敗，但以往功勳不可忽視，便讓他做了荊州刺史。桓玄亂時，劉毅與劉裕共同建義，雖推劉裕爲主，因己功高，內心不服。劉裕總是柔而順之，然而劉毅卻驕縱日甚，曾說道“恨不遇劉邦，項羽，與之逐鹿中原。”劉毅爲人嫉賢妒能，看劉裕重用劉穆之，他就時常在劉裕面前捏造其短，劉裕只是勉強耳聽，不入於心。劉敬宣伐蜀失利，劉毅還想讓劉裕以軍法處之以極刑，但劉裕沒有同意。劉裕威權日重，朝中政事，多半決於劉裕，皇帝拱手聽成而已。這也讓劉毅對劉裕非常不滿。劉毅昔日追桓玄之功高不亞劉裕，深得民心，民間常並謂之“二劉”。但劉毅自桑落州之敗後，人情大失，內心常懷羞憤。這次讓劉毅做荊州刺史，劉裕本想安穩其心，卻不料使他產生了除掉劉裕的念頭。
劉毅爲人嫉賢妒能，看劉裕重用劉穆之，他就時常在劉裕面前捏造其短，劉裕只是勉強耳聽，不入於心。劉敬宣伐蜀失利，劉毅還想讓劉裕以軍法處之以極刑，但劉裕沒有同意。劉裕威權日重，朝中政事，多半決於劉裕，皇帝拱手聽成而已。這也讓劉毅對劉裕非常不滿。劉毅昔日追桓玄之功高不亞劉裕，深得民心，民間常並謂之“二劉”。但劉毅自桑落州之敗後，人情大失，內心常懷羞憤。這次讓劉毅做荊州刺史，劉裕本想安穩其心，卻不料使他產生了除掉劉裕的念頭。
臨去荊州前，劉毅去京口告別祖墓，劉裕與其相會。胡藩向劉裕言道“太尉，你認爲劉毅終能爲你之下乎？”劉裕沉默許久，後說道“依愛卿之見當如何呢!”“我看他志驕氣傲，不思自省，據了荊州將更增其不軌之心。公不如因會除之，以免後患。”劉裕嘆道“唉，劉毅未有大過，況且與我共有平玄之功，不可自相圖也。”
將走之時，劉毅由於與毛修之有舊，向劉裕請求讓毛修之做自己的衛軍司馬，劉裕答應了。來到江陵後，劉毅隨意變換諸官，升黜無常，選精兵萬餘隨身，暗自打造兵甲器械，臥處奢麗如同皇宮。毛修之表面支持其造反，暗中卻將其不法之事派人上報給劉裕。