夜間，桓玄大擺慶功宴，遍賜諸將士。桓玄舉杯說道“今日之功，當以劉牢之將軍爲首。若非劉將軍反戈，我豈能順利進兵建康!”劉牢之奉承道“丞相自有天命，我等不過順天應時罷了！何功之有。”桓玄與劉牢之話及平生舊事，劉牢之大是欣慰，連飲數杯。酒過三巡，席上人人盡醉。桓玄突然摔杯“壯士，起”說完轉身入內。數名力士突起，刀劍紛下，牢之瞬間死於非命。可嘆半世英雄最後卻做了不忠之鬼。那劉牢之生的赤面紫須，氣魄雄偉，桓玄年幼時就望之生畏。後劉牢之又爲朝屢立戰功，桓玄擔心他反覆，不利於己，因此設計將他殺害。
劉敬宣本也勸阻過父親不要投降桓玄，父親不聽，敬宣就自己返回了老家。得知父親死訊後，悲憤填胸，但考慮大仇一時難報，桓玄肯定也會派人來殺自己，於是就趕忙北逃到了洛陽，投靠了後秦。在這裡，他見到了兵敗後同樣北來投靠的司馬休之。兩人商議向後秦借兵，秦主姚興不想發兵相助但很是同情他們的經歷，就給了他倆兵符，使其可以自由在關中募兵，一切軍糧器物自己備辦。兩人募兵得到幾千人，南返屯兵於彭城。
在京口的劉裕得之牢之死亡後也是悲憤異常，自己投身軍旅後是得到牢之父子賞識才平步青雲。想不到劉牢之最終落個如此下場。大怒道“奸賊桓玄，我與你誓不共戴天！”心下無日不想起兵誅賊。
當時王謐官做侍中，劉裕找到他，想讓他在桓玄處做自己的眼線，自己於京口起兵。王謐答應後找到桓玄，桓玄本就想收人望，而那王謐是王導之後，一番談論後桓玄非常高興，就把王謐留在身邊，做了中書令。
劉裕暗中尋找結識可共事的人選，這天他忽然收到了王謐的來信。大致內容是說桓玄要召你入朝商議政事，他此舉是想予你重用，不必擔心，放心前去即可。果然不久後就有人來找劉裕，說是奉丞相之命請自己入朝。見到桓玄，劉裕雖怒也只得強忍，躬身一拜。桓玄趕忙扶身，“早就聽說將軍智勇雙全，多次擊賊以少勝多，令賊聞風喪膽。今日一見，果然一表人才！”劉裕說道“丞相過獎了，鼠輩毛賊烏合之衆，一擊即散，非裕之能。”
桓玄“今日召愛卿前來，實是有事相勞！”劉裕“丞相但講無妨。”桓玄嘆口氣說道“妖賊餘孽，真是野火燒不盡啊！孫恩死後，其妹夫盧循與徐道覆僥倖逃走後又聚集了數千人，攻陷永嘉。當時我剛入主朝政，無暇擊討，索性就封盧循做個永嘉太守，希望他不再爲寇。不想他賊性不改，數次發兵爲寇於東陽。我想妖賊畏懼將軍威名，因此想勞將軍擊討！”劉裕回道“擊賊之任，裕義不容辭！”
於是劉裕發兵趕往東陽擊討，賊數目不多，又懼劉裕，一擊即散，擒斬殆盡，盧循與徐道覆僅帶心腹數十人奪命倉皇而逃。劉裕回朝覆命，他前番入朝時，桓玄妻子劉靈玉於帳後暗觀劉裕，素有識人之鑑的她，向桓玄諫道“我看劉裕龍行虎步，氣魄不凡，終不爲人下。不如趁此機會將他除掉，以免後患。”玄不聽，“我自有天命，他能奈我何！我想經略中原，一統天下，劉裕文韜武略無人能及，待平定中原後再殺他不遲。”靈玉回房後暗自嘆息“唉，恐怕異日連平民都做不得了！”
入朝一年後，桓玄又給皇帝以暗示，使其封自己爲楚王，賜九錫。不久後，就威逼司馬德宗將帝位禪讓於自己，真個的做了皇帝，建國號爲“楚”。這天百官上朝，桓玄入宮坐御牀時，御牀忽然塌陷。羣臣皆驚，面面相覷。唯有侍中殷仲文媚道“陛下聖德深厚，因此大地難載其重。”替桓玄解了尷尬。桓玄強作鎮定，心中卻隱有不祥之感，次日他就把司馬德宗遷到尋陽。
不久桓玄就立劉靈玉爲皇后。桓玄非常寵愛劉氏，爲她鑿山開池，種了一片竹林。劉氏非常喜歡這片清幽之地。她生性喜歡音樂，經常來此撫琴。這天劉氏正自撫琴，桓玄悄然來到她身後傾聽。聽到動心處，操起竹管，按孔和之。一曲終，兩人閒談。劉靈玉言道“陛下今日怎麼有如此雅興來陪臣妾啊。你登基後，後宮美女如雲，政務又忙。”桓玄說到“你纔是我的最愛啊。我這心中無時無刻不在想你。”劉靈玉又說道“臣妾斗膽說幾句話，希望陛下不要動怒。我其實最懷念當年我們在荊州的時光。你我都懂音律，時時琴簫和鳴。我們憑藉世資，百姓都懷服，你也樂得做個一方之主。如今你貴爲皇親，我卻很少見你面。民間議論紛紛，怨言流言四起，對你很是不滿。真怕這天下會亂！”這話觸到了桓玄的怒處“我是天子，誰敢反我？哼”言罷拂衣而起。劉氏知進諫無用，空自嘆息，寄情於琴絃。
王謐將桓玄之處的一切消息都密送於劉裕，劉裕告知他想發兵，王謐回信道“奸賊尚未惡貫滿盈，一年後，上下離心，討伐正是其時！”
再說司馬休之與劉敬宣募兵後急於報仇，想佔領山陽城，做爲據點，發兵討玄。誰知道所募之兵不盡力，攻城不克，所領之衆盡散，司馬休之與劉敬宣只得逃奔南燕投奔慕容氏。桓玄憤怒之餘將劉牢之手下的北府將領全部殺害，在朝廷的宗室成員司馬道子也慘遭毒手。
404年初春的一個夜晚，桓玄正自安寢，忽聽四面喊聲哭聲大作，猛地驚醒，“難道是奴輩們發兵造反了？”得報後才曉得是江水爆發洪流，涌入石頭城，淹沒了很多民房，無數居民喪身於波流之中。此後桓玄更是驚懼不安。當了皇帝后的桓玄恣情縱欲，廣選後妃，大興土木，民不聊生。爲向臣民立威並示己聰明，桓玄用法嚴峻，猜忌苛察，百官多被降黜，朝野騷然。