劉徹將劉據的行動定位爲叛亂，給劉屈氂頒發了一道璽書。在書中，劉徹親自籌劃了對兒子劉據的鎮壓方案：“捕斬反者，自有賞罰。以牛車爲櫓，毋接短兵，多殺傷士衆。堅閉城門，毋令反者得出。”這個計劃主要有三條措施：對叛軍開出賞格，殺賊有賞；用牛車等物品構築障礙，儘量避免短兵相接，防止擴大傷亡；緊閉城門，防止叛亂者逃出長安。爲了加大勝算，劉徹拖着病體，從甘泉宮移駕前往城西臨近長安的建章宮，以便就近指揮。
六
長安城內頓時成爲了血腥的戰場。
太子劉據發兵後，宣佈漢武帝在甘泉宮病危，太子恐怕社稷有變，所以起兵。他赦免了長安城中的囚犯和刑徒，用武庫的兵器武裝起來，分別由太子少傅石德、太子賓客張光等人率領控制長安，建立了實際的武裝力量。漢武帝劉徹從甘泉宮來到了城西的建章宮，向周邊各縣發下詔書徵兵入長安平叛；又下詔書曉諭朝廷重臣，任命丞相劉屈氂負責討伐太子。漢武帝調動的軍隊漸漸超過了太子指揮的軍隊。
爲了壯大兵力，劉據破格提拔長安的囚犯如侯持節杖，假冒聖旨徵發長水及宣曲的胡族騎兵，提供武裝。剛好侍郎莽通從皇帝身邊出使長安，見狀當機立斷逮捕瞭如侯。莽通對胡人們說：“如侯的節杖有詐，你們不要聽他的。”莽通將如侯斬首，反過來率領胡族的騎兵進入長安交給大鴻臚商丘城指揮。之前，漢朝宮廷的節杖都是純赤的，太子也持赤節，所以纔會出現如侯這樣的陰謀。事後，皇帝將節杖改爲黃旄，和太子的節杖相區別。依律，太子可以調動直屬皇帝指揮的北軍。因此劉據派人持太子節杖去命令監北軍使者、曾是衛青門客的任安出兵協助自己。任安不得不接受太子節杖，但他知道清官難斷皇帝家務事，皇帝和太子哪頭都不能得罪。所以他收下節杖後，一轉身就下令緊閉軍門，嚴禁官兵外出。北軍這支捍衛皇室最主要的軍事力量，在這次****中採取了觀望態度，既不應太子，也沒有向丞相劉屈氂方面靠攏。
沒有辦法了，劉據只好率軍裹挾着長安四市的數萬名百姓勇敢地迎戰四面八方涌過來的鎮壓軍隊。雙方大戰了五天，死者數萬人，鮮血流滿了長安的溝渠和街道，浸染着雙方的屍體。整個長安城瀰漫着刺鼻的腥臭味。日益寡不敵衆的太子軍最後戰敗。
太子劉據帶着兩個兒子南奔覆盎城門，逃亡。戰鬥剛開始，劉屈氂就選派官員駐守長安各個城門。分配駐守南門的是司直田仁。田仁認爲劉據畢竟是漢武帝的親生兒子，虎毒不食子，漢武帝終不會對兒子斬盡殺絕。於是他沒關城門，眼睜睜看着太子和兩個皇孫從身邊逃出城去。
長安男子景通抓住了太子少傅石德，因功封德侯；大鴻臚商丘城抓住了太子賓客張光，因功封秺侯；侍郎莽通殺瞭如侯，因功封重合侯。而各個太子賓客，只要出入過宮門都被誅殺；其中跟隨太子發兵的，一概族誅；趁亂劫略長安的士兵和官吏全部發配邊遠的敦煌郡。監北軍使者任安，雖然沒有參與叛亂，但接受了太子節杖；司直田仁放跑太子，兩人都被腰斬。漢武帝派人入宮收回衛子夫的皇后印璽，廢黜皇后。衛子夫不願受辱，自殺身亡。蘇文等人將衛皇后用小棺材葬在城南桐柏山。衛氏一族外戚被徹底誅滅。
爲了防止逃亡在外的太子回長安搗亂，長安諸城門屯駐士兵防備太子回城。長安城展開了緊張的清洗工作，幸虧上天上起了雨，街道上的血污沖洗起來簡單多了。
真相大白
一
追捕逃亡的劉據成爲了劉徹關注的焦點問題。
劉徹似乎失去了理智，一再強壓朝臣和各地郡縣抓捕劉據及兩個孫子。看到皇帝暴跳如雷，羣臣無不膽戰心驚，不敢開口。
劉據帶着兩個兒子向東逃到了湖縣的泉鳩裡（今河南靈寶西部與陝西交界處的泉裡村），在一戶農家藏匿了起來。收留太子父子三人的農夫家非常窮，一家人連溫飽都解決不了。現在平白多了三張吃飯的嘴，所有人都只好幹餓着肚子。但即使如此，好心的主人家還是無私地收留了逃難的劉據三人。他忙完農活，還日以繼夜地做草鞋，再拿到市場上去賣，補貼家用。劉據父子三人看到主人家的辛勞，過意不去，就躲在屋裡幫着一起編織草鞋。好在當地官府沒有想到太子會隱藏在赤貧的農家，一直沒有到泉鳩裡搜查。
即便如此，農夫家最後還是粒米不存，生活難以爲繼了。劉據突然想起有一個故人在隔壁的新安縣（今河南澠池附近），家境富裕，就想找他接濟一下。劉據深受儒家思想的教導，卻忽視了那些與他交往的人看中的是太子的光輝，並非個個都是真正的摯友。劉據把人心想得太單純了。那個故人接到太子的求助信後馬上向本縣官府告發。
新安縣令李壽得知太子的下落後，立馬帶人將農家團團圍困住，圍捕太子。農家主人爲了掩護劉據，上前與官兵搏鬥，兩位皇孫爲了掩護父親也上去搏鬥，都被官兵殺害。劉據自己不能逃脫，在房中懸樑自盡。縣卒張富昌一腳踹開門；李壽上去抱下劉據。可惜遲了，劉據已經死了。
漢武帝得到死訊後，略有傷感。李壽和張富昌二人因爲擒拿有功，分別被封爲邗侯和題侯。劉據死時，年近四旬四十，生育有三男一女。太子敗後，他的四個子女都同時遇害。
二
慢慢的，越來越多的真相暴露出來，表明劉據根本就沒有用桐木子詛咒皇上。
人們越來越相信劉據是無辜的，坊間的輿論開始朝着有利於劉據的方向發展。
劉徹冷靜下來後，漸漸明白兒子劉據起兵是惶恐自衛，並沒有謀害自己的意圖。
關鍵時刻，負責守護西漢開國皇帝陵墓的小官，高寢郎車千秋上書爲劉據犯顏直諫，扭轉了整件局勢。他寫道：“兒子對着父親舞刀弄槍，應該受到鞭笞。如果皇帝過失殺死了太子，那又應該作何處理呢？”劉徹對車千秋的上書非常感慨，非常重視。平地一聲雷，車千秋竟然因爲這次上書而被擢升爲丞相。
之後，巫蠱****的處置完全被顛倒了過來。先是江充被滿門抄斬，接着是宦官蘇文在橫橋公開燒死；在泉鳩里加兵刃於太子的人都被族誅，包括李壽、張富昌等人。劉徹可憐的兒子無辜遇害，在湖縣修建了思子宮，在宮殿中修建了歸來望思之臺。他希望通過這些宏偉的建築能夠挽回兒子的生命，彌補自己的過錯。天下人聽說後，沒有不感到傷感悲哀的。早知今日，爲何當初不三思而後行呢？
一年後（徵和三年，公元前90年），有個叫郭穰的人告密說劉屈氂的夫人祝詛皇上，貳師將軍李廣利也參加了禱祠活動。這纔是真正的巫蠱罪行。劉李兩家的目的是要讓昌邑王劉髆早日爲帝，證據確鑿。劉屈氂被腰斬於長安東市，其妻則在華陽街被梟首示衆；當時貳師將軍李廣利正率軍與北方匈奴作戰，漢武帝也沒放過他，將他留在後方的妻子兒女全部逮捕入獄。前方的李廣利害怕了，乾脆率軍投降了匈奴。他的妻子兒女隨即被斬首。
至此，巫蠱之禍中的各個人物都有了自己的結果。
三
劉據的太子生涯以徹底的悲劇結束，原因就在於他始終生活在漢武帝的光芒之下。
漢武帝的文治武功，本朝沒有一個皇帝可以企及。漢朝在漢武帝劉徹的統治下，達到了鼎盛。而劉徹是通過不斷地加強中央集權，強化皇帝的權威和奴役天下才實現了豐功偉績。偉大的成功讓他的個性非常自負。而太子劉據卻是在儒家學說的教化下成長起來的，不知道儒家只是統治工具，不能成爲統治思想，又和權勢熏天的外戚衛家緊密聯繫在一起。與謹小慎微才得以善終的舅舅衛青不同，劉據深受儒家入世的人生態度影響，將父子倆的矛盾糾紛自動暴露出來。當這些光芒中的瑕疵被個別奸臣挑撥，無限擴大的時候，父子之間的衝突就變得難以避免了。
當然了，在劉據看似平穩的接班人生涯中還存在許多導致失敗的因素。比如劉據沒有很好地與父親劉徹交流。當年老生病的劉徹在甘泉宮養病的時候，即使劉據和劉徹有重大政治分歧，劉據爲了自己的地位也應該經常在甘泉宮伺候着。比如劉據沒有事先防範那些對自己的地位虎視眈眈的政敵。在一手把持朝政的情況下，劉據即使沒有太大的政治空間，也應該抓住一切機會暗中凝聚自己的政治力量，以免一旦有事，無所依靠。
劉據的死將原先隱藏着的劉徹接班人之爭表面化了。除了劉據和早死的齊王劉閎外，劉徹還有四個兒子，分別是燕王劉旦，廣陵王劉胥，昌邑王劉髆和年幼的劉弗陵。廣陵王性情暴戾，很不受劉徹喜歡；昌邑王經過劉屈氂和李廣利一案後被徹底排除在候選人序列之外；剩下的燕王劉旦年長有才，最有希望繼位，也以未來的太子自居，上表請求入京隨侍父皇左右。不想劉徹雷霆大怒，下詔責罵燕王劉旦，還削弱了封給燕國的三個縣的土地。因爲劉徹選定的接班人是年幼的劉弗陵。因爲他覺得劉弗陵最像自己。不過一貫專權的劉徹也耍了個小心眼，在指定劉弗陵即位前，勒令他的生母趙婕妤自盡，以免日後出現幼主在位，太后垂簾的情況。
劉據的死留下了一個小尾巴。當時，劉據的孫子尚在襁褓之中。因爲受到巫蠱之禍的株連，小嬰兒也被投入了死牢。好心的廷尉監丙吉將他秘密隱藏了下來，聯絡幾個善良的女囚，用自己微薄的收入儘可能地照顧這個可憐的孩子。這個孩子被丙吉取名爲劉病已。這個劉病已就是日後的漢宣帝。西漢的皇室血脈最後還是回到了劉據這一系上來。
漢宣帝即位之初，下詔給祖父劉據平反。他採取的方式是“故皇太子”（指劉據）沒有諡號，自己年年祭祀他，“不太方便”。有關部門很快遵照皇帝的意思奏請給劉據上諡號“戾”，在他的墓地設立墓園，甚至官吏、衛兵和守墓的百姓。其他人的墓葬也都得到了隆重的改葬。故太子妃的墓地設立了戾後園。劉病已的父親史皇孫也被追諡爲“悼”，埋葬他的廣明成鄉則被稱爲悼園。儘管“戾”是一個不太好聽的諡號，但有個諡號總比沒有強。劉據因此就被稱爲“戾太子”。
八年後，有關部門再次上奏將悼園的主人史皇孫改稱尊號爲皇考，立廟，將園林修建爲陵寢。守陵的居民增加到一千六百家戶，單獨設立奉明縣。劉據沒辦法上尊號爲“帝”，戾夫人卻背上尊號爲“後”。劉據雖然身前沒有做過皇帝，身後卻享受到了皇帝的待遇，也算是“遲到的平反”了。