雙方這個時候都在互相試探，臺灣海峽上面的雙方的戰艦經常對對方進行偵查，使得海峽上面經常會發生小規模的海戰，不過這些往往只是一些噸位比較小的艦船之間的對抗，因此並沒有給雙方造成什麼樣的損傷，爲了防備中華軍海軍的突襲，施琅將工匠們鑄造好的第一批火炮優先裝備給了金門島上的炮臺，充當整個大海灣的防禦支點。
至於艦船上面的火炮，這個時候至少每一艘艦船都要裝備兩門以上，以方便士兵們進行火炮的演練。
他的之前的海軍的底子海戰，但是人數比較少，加之福建的水師在他被鰲拜撤銷的時候就已經開始荒廢了，所以這個時候不得不招募很多的新兵，這些人都是福建一帶的漁民，水性還不錯，但是畢竟不是軍人出身，所以訓練的時間比較長，儘管如此，這個時候他手底下已經擴招了將近兩萬餘人，加上他之前的部隊，這個時候整支艦隊的總兵力超過了四萬人，如果算上金門和馬港裡面的各種工匠，他的總人數已經超過了六萬人了。
六萬人對於清軍的後勤供應來說是一個巨大的擔子，每天光是消耗掉的糧食就達到一千六百石，一個月的消耗更是達到了五萬石，而且這個時候耿繼茂將水軍的路上通道給封死了，所以施琅的全部補給都是走的海路，每日糧食都是從溫州府用小船走海路運送到平潭，再用大船護送到金門島上。
每天光是運糧食的船隊就有四五艘船隻，而在這個過程中間平潭廳的位置就顯得十分的重要了。
相對於金門島來說，平潭廳的位置更好一些，不僅是海島的面積更大，而且周圍島嶼密佈，水道複雜，而且距離浙江更近，若是敵人想要偷襲平潭，那麼他們則必須實現對平潭廳進行一番自己的偵查。這些活動自然是瞞不住島上的守軍的，所以如果這個時候平潭廳在施琅的手中就好了。
只是可惜的時候，這座之前他率軍出去避難過的大島，這個時候已經落入了福建的耿繼茂的手中了。施琅跟他溝通過很多次，甚至表示清軍只是暫借這座島嶼使用，保證用完了之後就會還給福建當局，但是耿繼茂就是不聽，最後只是勉強答應開放平潭廳上面的一處港口給清軍水軍使用。這也就是目前清軍水師的中轉碼頭了。
施琅出於擔心平潭島的防禦安全的問題，在這條航線上面佈置了大量的兵力，加派了很多艘戰船對運送物資和人員的船隻進行護航，以確保他們的安全，但是一旦戰事來臨，這些兵力自然也要抽調一部分回來參戰，到那個時候，這條航線的安全高怎麼保護，施琅自己心裡也沒底，所以乾脆利用現在這個和平的時期將主要的物資大批的運送到金門島上儲備下來。以防萬一。
這個時候金門島上源源不斷的有從江浙和北方過來的船隻，上面大多裝載了大量的生鐵和糧食，也有一些從陸軍那裡暫時調用的火炮，除此之外數量衆多的工匠被帶到了金門和馬港，這兩處目前還在施琅的控制之下的地方。
清軍這個時候已經開始大規模的鑄炮和生產槍支彈藥了，海戰之中除了威力巨大的火炮之外，這個時候還要裝備各種火器，比如投擲類的燃燒彈，這種是一種陶瓷瓶子裝填的油料彈，使用的是一種火泥。其實就是石油，只不過因爲粘度比較大，所以被人稱之爲火泥。
還有就是明朝時期水軍已經開始裝備的各種火器，因爲海戰之中雙方都會今天跳幫作戰。所以如何才能對敵方甲板上的士兵形成有效的打擊，便成爲了當時的研究方向，所以後來發展出來了一些比較沉重但是威力不凡的火器，比如《武備志》中記載的集束火箭，這種火器規格有多種，從3連發的神機箭。到100連發的百虎齊奔，都屬於這個範疇。其有效射程達到射程300米，比這個時候的火銃的射程要遠的多，而且連發火箭彌補了普通火箭彈道不穩定的弱點，這種武器明軍已大規模使用。
還有一種屬於火槍的範疇，只是比較笨重，這就是擡槍了，明代《天工開物》最早記載其圖片，帶有三角支架和旋轉裝置，長3米，重12公斤，有效射程200米外號“九頭鳥”，威力強勁，即便當時的戰車也無法抵擋。
擡槍因爲比較笨重，難以運輸和使用，所以在陸地上應用的並不廣泛，但是在明軍的戰船上面，這種威力巨大的武器的使用還是比較普遍的，這主要歸功於艦船上面擁有比較大的空間，而且不需要士兵搬運着移動，隨船就能作戰。擡槍的優勢在於它可以一次性發射數量衆多的散彈，對敵方的有生力量造成嚴重的殺傷，因此被用來守城和對付騎兵，當然了，在海上用來對付敵人準備跳幫的水手也是極爲適合的。
還有一種就是迅雷銃了，這是一種外形看起來像是傘狀樣式的火器，參考了土耳其的類似火器，最大的可以達到18管，使用火繩或者燧石擊發，加上外罩後狀如琵琶。發射完畢後可以作爲冷兵器使用！長187釐米，重2.5公斤，易於攜帶使用，明軍經常列隊跪射，火力沒有間斷，在海面上因爲其可以連發，相當於早期的機槍了，但是再裝填比較麻煩，因此在海戰之中往往使用不了幾次。
除此之外海軍船隻上面還裝備了大量的火槍和火箭，包括一些藥箭，戰時的作戰思想是先遠距離的對敵方戰艦造成殺傷，擊中艦船上面的炮火和遠程兵器對敵方造成打擊，使敵方的戰船喪失行動力或者機動力大爲下降，然後利用擡槍和迅雷銃以及火泥近距離的殺傷敵方的人員和燒燬船隻，最後對還有抵抗能力的敵艦進行跳幫作戰，士兵們刀槍齊用，殺上敵艦，直到徹底的拿下敵艦爲止。
應該說明軍的火器裝備的種類還是比較豐富的，中國古人的智慧並不亞於歐洲人，甚至還要高出一籌，但是因爲明朝後期的持續戰亂，使得國庫空虛，再加上衛所制使得軍隊糜爛，這才使得滿清人打進了關，各地的農民起義也鎮壓不住，而滿清人對於明朝的火器是不太看重的，一個在戰場上的手下敗將，不管手中的武器是多麼的花哨，滿人卻依然迷戀他們的騎射和強弓，中國的火器的發展便出現了斷檔。
不過在這個時候，這種現象還不太嚴重，等到日後刀槍入庫馬放南山之後，滿清朝庭纔對火器不那麼重視了。
施琅在鄭家軍隊的時候，就廣泛的接觸了各種武器，尤其是在鄭芝龍被招安之後，明軍中通用的大部分火器都有裝備到鄭家的艦隊之中。
施琅見識不是一般人所能比的，他早就意識到火器一旦大範圍的裝備起來，不僅部隊的戰鬥力將會成倍的提高，戰鬥的樣式也將發生重大的改變，施琅十七歲就開始從軍，在當時福建總兵鄭芝龍的部將，鄭家軍隊起於海上，所以愈加重視水軍的建設，因此施琅也順理成章的成了一員水軍大將，當時中國東南沿海一帶局勢錯綜複雜，福建的對面就是荷蘭人侵佔的臺灣，跨過大洋向北去又是日本，南下則是洋人已經染指的東南亞，因此福建在當時處於三角貿易的中點，荷蘭人、英國人、葡萄牙人和西班牙人都紛紛從世界各地運來貨物與中國進行貿易，比較出名的是西班牙人從新西班牙，也就是中南美洲一帶運來黃金白銀，在中國沿海與中國商人貿易之後換成瓷器、茶葉、香料和絲綢，或者從呂宋北上到廣東福建一帶進貨，然後到日本去販賣，因此這一帶的海上局勢十分複雜。
這個時候的商人並不是後世的那種正經商人，他們半商半搶，時常會幹一些海盜的事情，所以當時南洋一霸鄭家水軍就要維護起中國沿海一帶的安全與穩定了，在這個過程中，施琅和各國的艦船都打過交道，洋人的戰艦和火炮犀利，操作便利，艦船的性能優異給他留下了深刻的印象，當時荷蘭人一度派兵佔領了澎湖島，想要像葡萄牙一樣佔據一塊落腳地方便與中國做生意，這時明朝政府不能容忍的事情，於是福建水師出兵五千餘人，四五十艘戰艦，將澎湖島上的荷蘭人三圍缺一，意思是讓他們走，而當時荷蘭人只不過才十艘戰艦，反而並不擔心，要不是之後明軍持續增兵，並且擺出一副不走就要撕破臉皮，連生意都沒得做的態度，荷蘭人只怕是就成功的將澎湖島給佔領了。
只不過後來荷蘭人還是在臺灣島上站穩了腳跟，澎湖島上的居民在荷蘭人佔領期間幾乎全部被屠殺殆盡，直到鄭成功收復臺灣的時候，島上仍然沒有新的居民定居。
這些經驗都告訴施琅洋人的艦船和火器更加優異，因此他才堅決要走大規模裝備火器的道路，看重的就是這種發展趨勢。(。)