不過在不久前，當清軍好不容易組建的水軍在臺南被中華軍全殲以後，尚可喜就沮喪的發現自己引以爲傲的先進武器在這個後起之秀的面前顯得一文不值。
施琅的本事和手段尚可喜是十分清楚的，施琅派人在澳門和葡萄牙人進行的明裡暗裡的交易他都有所瞭解，但是就是這麼一支規模龐大，裝備精良的豪華艦隊，竟然會被中華軍給全殲了，這讓澳門的葡萄牙人都感到萬分吃僅，更別提尚可喜了。
所以在中華軍派遣海軍進剿他的水軍的時候，尚可喜乾脆就下令水軍將士棄船登陸，直接就放棄了抵抗，水軍提督樑標甚至是帶頭逃跑，搞的他還被清廷質問了一番。
尚可喜雖然不知道論持久戰這個理論，但是他顯然明白一個更加簡單的道理，那就是等待，等待清廷和這個新崛起的國家之間的鬥爭，他相信以滿清人強大的實力，再加上背後這麼一個龐大國家的人力物力的持續支持，就算是耗也能將這個國家耗死，所以自己沒有必要在這個節骨眼上當那個出頭鳥，先把人保住，到時候再重新組建海軍艦隊和商隊也是十分簡單的事情。
就在這樣的情況之下，中華軍制定了對海南島的作戰計劃，原本清軍在海南島的駐軍超過一萬人，想要解決這麼多的陸軍，中華軍這邊至少要出動五千人以上的軍隊，這可不是一個小數目了，幾乎是調動了臺灣島上可以調動的軍隊的一大半了。不過隨着清軍的主力大軍的撤走。海南島這個時候幾乎就像是一個不設防的地方了。而且尚可喜顯然沒有意識到重要的不是地盤，而是人口，因此根本就沒有將海南島上的居民向廣東遷徙，僅僅就調走了自己的駐軍。
既然如此，那中華軍自然是毫不客氣了，在十一月的時候，由十二艘戰艦和五艘運兵船組成的特混艦隊就從臺南出發，直奔海南島。
這一帶的航線對於中華軍來說已經是十分熟悉了。廣東沿海這個時候已經見不到清軍的艦船了，只要是噸位超過五十噸以上的船隻，幾乎全都被中華軍這邊派艦隊摧毀了，以至於之前尚可喜從海南島上撤兵的時候使用的都是小型的漁船，動用了數百艘之多，而且還不敢再白天撤兵，因爲害怕被中華軍發現而造成巨大的傷亡，所以放在了晚上偷偷進行。
好在瓊州海峽的寬度不寬，最窄處還不到四十里地，幾乎隔海相望。因此這些小型的漁船也能夠比較安全的在海峽裡面航行。
但是廣東沿岸並不是完全沒有大船，比如從澳門港口駛出來的歐洲的商船。中華軍只是對他們進行例行檢查之後，一般就放他們通過了，不過有一點必須要告誡他們，那就是不能在清朝的港口停靠，一旦他們違反這一個規定，那麼中華軍將毫不猶豫的將他們的戰船擊沉或者沒收。
因此，這一段時間停靠在澳門碼頭的歐洲商船特別多，儘管馬尼拉航線已經沒有了，但是從巴達維亞、果阿等地駛來的船隻還是絡繹不絕，這些商船上面都裝載有大量的貨物，因此必須要出手，於是尚可喜便派人乾脆進駐到澳門去，他利用自己是廣東的主事官的身份，強迫葡萄牙人允許他在澳門設立商行，然後經由陸地運轉貨物，雖然這樣要多轉一道手，交接也顯得比較麻煩，但是卻也給他提供了絕對的壟斷的便利，尚可喜可以在進貨和出貨兩端決定價格，低買高賣，賺取巨大的利潤。
本來能夠在這裡面分到一杯羹的葡萄牙人自然是一萬個不願意了，但是澳門的物資供給必須得依賴經由陸地通道進入澳門重要生命線，而這個生命線被尚可喜捏在手中，隨時都可以切斷，因此葡萄牙人也是無可奈何。
中華軍自然是知道這裡面的貓膩的，但是卻並不想去管，這主要是因爲日後中華帝國將要更多的和西方國家打交道，在這個大航海時代裡面，想要走向世界，就必須遵循這個世界的規則，而且這些商船來往跑一次，利潤相對於之前直接找廣州城的商人代理出貨來說，只能賣給尚可喜顯然是要吃虧不少，這麼一來等於是將大量的白銀經由貿易留在了中國，這樣的情況中華帝國自然是十分的樂見了。
十七艘艦船組成的艦隊經過了七天的航行，終於抵達了海南島，其實直接從臺南出發一路上用不了這麼多的時間的，主要是艦隊一路上還要負責巡視附近的海域，偵查清軍的動向，也順帶着檢查過往的船隻有沒有違反中華軍的規定。
大軍在瓊州府登陸之後勢如破竹僅用了一天的市價就攻破了府城，島上其他縣城這個時候根本就沒有駐軍，城中最多隻有數百人的衙役僕卒，根本就抵擋不了中華軍的進攻，因此大多望風而降，不到半個月，整個海南島就被中華軍全部拿下了。
接下來從臺灣派去了很多基層官員，開始接管海南島的管理，軍隊這個時候也沒有停歇，而是四處去剿匪，海南島雖然人口不多，但是島上的匪患是十分嚴重的，主要是海盜的數量衆多，這也跟海南島的漁民數量多有關，這些漁民平時是漁民，一見到有利可趁的時候就搖身一變成了海盜了。
艦隊這個時候負責清理各處的零星海盜，而陸軍則在島上剿滅土匪，這一行動持續了兩個多月，持續的時間比拿下海南島的時間還要長的多，陸軍一共擊斃了超過一五百名土匪，俘虜了超過五千五百名土匪，這一數字簡直讓人不敢相信，一個只有十幾萬人口的地方，竟然有超過七千名土匪，基本上達到了二十個就有一個的樣子，如果除掉婦女老人和兒童，這一比例高達4:1,再算上海盜的人數，幾乎島上有一半男人不是土匪就是海盜了。
這些俘虜自然不是教育一下就放了那麼簡單了，中華軍目前在呂宋島上發現了一處銅礦，這個時候正需要人手，因此這些俘虜被分批次的送到了呂宋島去開礦了。(。)