自1898年孫元起突然到訪這個時代，時間已經過去了整整十年。在這十年時間裡，遇見了很多人、發生了很多事，孫元起不敢拍着胸脯說：“我對誰都問心無愧！”至少，他覺得自己對家人、對老大人、對盧瑟福等人是很愧疚的。唯獨對學生，他可以很驕傲地說：我將我絕大部分的家產和精力都貢獻給了教育和科研！
正是因爲這樣，孫元起敢於面對學生，也對他們抱有家人般的親和感。
無論是過去，還是在此前的幾秒鐘，他從來沒想過自己有一天會被別人扔臭雞蛋，尤其還是學生扔的臭雞蛋。然而事情還是發生了：幾個中國留日學生在衆目睽睽之下向自己狠狠地扔出了數枚雞蛋，蛋清蛋黃糊滿了自己的頭臉和衣襟。
在這一刻，孫元起覺得荒誕，覺得心痛，覺得悲涼，覺得茫然不知所措：
這種心情，就好比父母含辛茹苦把兒子撫養長大，送進大學，成家立業；兒子卻在結婚後的第二天，爲了維護自己的媳婦，重重地甩了父母一耳光。
這種心情，就好比丈夫在外面拼死拼活，給妻子最好的生活，買房子，買轎車，買名牌衣物；某天丈夫突然回家，卻發現妻子正和別的男人在滾牀單。
哀莫大於心死，孫元起現在的心情就是如此。
一直以來，孫元起都認爲中國貧窮落後的根源在於沒有文化、缺少教育、科學落後，所以他主張“教育救國”，希望從教育入手，以教育來改造人，拯救國家。這些年，他也正是這樣身體力行的：興建學校、編寫教材、倡導科學、刊印學報……
本來以爲自己這麼多年的努力，已經在一定程度上改變了國人的愚昧。然而留日青年學生用幾個雞蛋，狠狠地教訓了他，讓他意識到自己的舉動有多麼可笑！意思到自己之前的努力可能全部付之東流，孫元起的宏偉理想突然間支離破碎，精神世界出現大規模坍塌。
他心如死灰！
場面定格了幾秒鐘，然後混亂開始。
一直跟在孫元起身後的李家駒最新反應過來，快步衝上前去，厲聲咆哮道：“爾等狗膽，居然敢襲擊朝廷命官，豈不畏王法乎？”
由不得李大人不憤怒：無論怎麼說，這些留學生可都歸自己管轄，如今卻在光天化日之下，公然叫囂反清口號，襲擊朝廷大臣！衆所周知，這位孫大人的後面是大學士壽州中堂，他本人也是極蒙聖眷。他要是以此彈劾自己，自己還落的好麼？說的輕點，是督導無方、管教不嚴的失察之罪；要嚴格追究起來，沒準就是藏污納垢、包容匪類！自己還不到四十歲，已經是二品高官，以後還等着入閣拜相呢，大好前程豈能就此毀於一旦！
李大人生氣，後面的日本文部大臣牧野伸顯臉色也不好看：這些清朝留學生，居然在日本的外事場合鬧事，實在是太失禮了！
他側過頭向隨行人員交代幾句。片刻工夫，警哨聲四起，原先維持秩序的日本警察立即開始抓人。
沒想到事情會風雲突變的留學生頓時慌了手腳。他們可以參與抗議，也可以支持革命，但並不意味着他們願意去蹲號子。眼下日本警察和大清駐日使館大有聯手的意思，估計被逮住，至少也得吃上幾個月的牢飯！於是大家狼奔豕突，四下奔逃。
莉莉絲早已趕了過來，一邊用手帕擦拭孫元起渾身上下的蛋清蛋黃，一邊哭着咒罵這夥“流氓”“暴民”。當孫元起回過神來的時候，已經有幾個學生被日本警察掀翻在地。學生自然不甘被捕，逮住之後仍然奮力掙扎，拳腳推搡是免不了。日本警察也不是禮貌紳士、好好先生，不懂得什麼叫文明執法，見有反抗，掄起警棍就來了幾記重的。
孫元起顧不上整理儀容，急忙來到牧野伸顯身邊，努力讓自己顯得很輕鬆：“牧野先生，放了他們吧！”
“？”牧野伸顯有些不解。
“畢竟他們是年青人，在一時衝動之下，總容易做出過激的事情，其本意終究還是好的，希望大家能給他們一個改過自新的機會。再者說，儘管這羣留學生給大家造成了一定的麻煩，但終究沒有人因此受到傷害。所以我希望牧野先生能在不違背貴國法律的前提下，寬大處理此事。”孫元起說罷，朝牧野伸顯鞠了一躬。
“……嗯，好吧。”牧野伸顯和身邊隨從說了幾句。又是一陣警哨，警察停下追逐的腳步，已經被捕的學生也被解除鐐銬，任由他們四下散去。
這時，牧野伸顯朝孫元起鞠了一個九十度的躬：“非常對不起，孫先生。因爲我們工作的疏忽，給您帶來這麼多的困擾，我代表大家向您致歉！”
孫元起連忙扶住牧野伸顯，苦笑着說道：“牧野先生言重了！他們的目標本來就是我，和你們卻是沒有半點關係的。……對了，我要先回旅館換身衣服，暫時失陪了！”
傳說郭沬若在臺上被人扔了一筐梨子，依然能將演講說完，事後還能笑着用“妄把梨兒充炸彈，誤將沫若當潘安”的對聯加以調侃。孫元起沒有郭沬若那麼厚的臉皮，被人扔了幾枚雞蛋，便覺得羞愧欲死。事情一了，便欲告辭而去。
李家駒、牧野伸顯等人見孫元起確實頗爲狼狽，精神狀態也不佳，便沒有過多挽留。孫元起在莉莉絲、託尼等人的陪同下，登上馬車，住進旅館。
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一路上，孫元起都是昏昏噩噩的，腦袋裡一直盤旋着這樣的問題：他們爲什麼要這樣對待我？我究竟做錯了什麼？
莉莉絲知道頭髮間沾染蛋清蛋黃，不能用熱水沖洗，便放了一浴缸溫水，讓孫元起進去洗沐。因爲他身上的衣服也要換掉，莉莉絲囑託了幾句，便起身去行李中翻檢換身的衣物。
冬天水涼得快，等半個小時後她回來，孫元起依然躺在浴缸裡，兩眼空洞洞地盯着天花板，不知在想些什麼。試一試水，早已變得冰冷。
入夜之後，孫元起便開始發燒。
作爲事件的罪魁禍首，託尼也沒想到事情會發展到這一步。他心懷愧疚，把孫元起等人送進旅館之後，便驅車來到日本廣播公司東京分部。很快，日本民衆就收聽到這樣一則廣播：
本臺消息：本日下午3時許，著名物理學家孫元起博士在東京碼頭遭到該國留學生的雞蛋襲擊。
當時，孫元起博士乘船剛剛抵達東京，文部大臣牧野伸顯、東京帝國大學總長濱尾新等人到碼頭迎接。在走出碼頭後不久，遭受到數枚雞蛋的襲擊。根據襲擊者的口號，有理由相信該羣留學生是來自一個名爲光復會的非法暴力團體。
事件發生後，場面一度非常混亂。維持秩序的警察先後逮捕數名相關肇事者，但在孫元起博士的懇求下，都當場予以釋放。
隨後，文部大臣牧野伸顯、東京帝國大學總長濱尾新，以及東京帝國大學教授田中館愛橘、長岡半太郎等，分別代表日本教育界和科學界對肇事者予以嚴厲譴責。而在場的中國出使日本大臣、遊學生監督處總監督李家駒則表示，鑑於發生此類惡性事件，將進一步加強對留學生的管理，嚴厲制裁違法者，杜絕此類事件再次出現。
孫元起博士不僅是一位國際著名的物理學家，也是一位傑出的教育家。自從1898年從美國學成返回中國後，先後在中學、大學任教，並在各級教育部門擔任行政職務，積極推動中國的教育和科學發展。除了編寫數以百種不同的教科書外，孫元起博士還慷慨無私地捐出自己全部家產，創立了著名的私立經世大學、iprt以及數十所中小學，自己卻過着艱苦樸素的生活。
據悉，光復會成立於1904年，這個非法團體主張以暗殺和暴動的手段，推翻中國現有政權。然而他們現在卻高喊着口號，襲擊這樣一位品德兼懋的學者。這和1900年高喊着“扶清滅洋”口號掀翻鐵軌、砍斷電線的義和團暴民究竟有什麼區別？甚至可能這些投擲雞蛋的學生，正是讀着他編寫的教材，才得以到日本留學的。我們不敢想象，這樣一個連基本是非觀念和道德標準都沒有的團體，如果取得政權，會給國家和國民、乃至全世界帶來多麼巨大的傷害！
日本廣播公司在隨後的一天裡，每逢整點新聞，必然會播報這條消息。於是這個本來不爲人知的事件，很快四散傳播開去。並在次日，登上了包括《讀賣新聞》、《朝日新聞》、《東京日日新聞》（《每日新聞》前身）在內幾大報紙的頭版，甚至《中外商業新報》（《日本經濟新聞》前身）也刊登了這則消息。
在《朝日新聞》著名的社論專欄名爲“天聲人語”中，還刊登了一篇名爲《孫元起之被襲與支那科技之衰落》的評論員文章。作者認爲，中國的科學技術並不是那麼落後，事實上，在每個大一統王朝存在數百年後，包括建築、冶煉、紡織等在內的科學技術也隨之發展到一個高峰。但王朝更替之時，以暴民爲主的起義軍卻摧毀社會的一切，科技傳承也包括在其中。眼下，孫元起被襲擊，就是歷史重演的一個縮影。