晉軍追趕秦軍，秦軍沒命的奔逃。奔逃之際，正好姚泓的親軍趕來。敗下來的秦軍已被追殺的失魂落魄，如潰堤之洪流般涌入了姚泓的部隊，自相擠壓踐踏者不計其數，姚泓部隊因此未經戰鬥就潰散開來，姚泓匹馬單身狼狽逃回了行宮。王鎮惡乘勝繼續追趕，敗軍爭相涌入城，鎮惡追隨敗軍由平朔門進入長安。見晉兵入城，姚泓急忙與姚裕等帶領數百騎逃奔到石橋。
而姚贊聽聞姚泓失敗後，帶軍急赴。路上軍士們聽聞劉裕大軍與沈氏兄弟即將到來的消息後，紛紛自相散去了。姚讚歎道“數萬大軍，竟如此不堪一擊。天要亡我大秦，真是無可奈何！”言畢自盡。
姚泓見大勢已去，想要出降。其子姚佛念年僅十一，勸道“劉裕心狠手辣，必不能饒恕我們。不見南燕慕容超乎？賊奴將他在建康斬首示衆以炫耀其武功。我們投降徒自取辱而已，不若死於宗廟。”姚泓本就懦弱，兒子見他猶豫不決，說道“恕孩兒不孝，今後不能陪伴父親了。”說完登牆自投於地，腦裂而死。姚泓再三猶豫後還是帶領羣臣降於王鎮惡。
王鎮惡得了長安，令軍士嚴守紀律，對百姓絲毫不得侵犯，秦民安堵。三秦父老看王鎮惡頗有其祖父風範，也很是樂於推戴。
九月，劉裕與沈氏兄弟俱至長安。沈田子在路上聽聞長安爲王鎮惡所取後，嘆道“不想滅秦之終功爲此豎子所取！”沈林子安慰道“兄長先以一千士卒大破姚泓親軍，使秦軍奪氣。功勞不在王鎮惡之下，太尉必然心中有數。”王鎮惡在灞上迎接劉裕，劉裕讚道“成吾霸業者，卿也。”沈田子於一旁嘿然。王鎮惡有所察覺，回劉裕道“實是仰仗明公之威，諸將用力，鎮惡何功之有！”劉裕大笑道“哈哈，汝真似吾之馮異。”
秦平原公姚璞與尹昭見長安已失，蒲阪孤立，便舉城投降。而姚和都不願降於劉裕，便奔赴匈奴堡。姚成都聽聞長安失守，仰天悲嘯“大秦數十年基業，竟毀於一旦。我日後定與劉裕誓不兩立。”兄弟倆舉鎮附於魏國。
在劉裕尚未入秦境時，魯宗之已病死。秦滅後，魯軌與司馬休之、司馬國璠等亦投奔了魏國。秦滅亡的消息傳到魏國，魏國上下並未引起多少波瀾，都以爲是意料之中的事。只有姚菁一人悲傷不已。是夜秋風蕭瑟，寒雨淅瀝，姚菁回憶起自己遠嫁魏國時，哥哥涕泣不已，送行十數裡。又想起幼時與哥哥姚泓嬉戲逐鬧的場面，如夢似幻。這番國滅，心知哥哥姚泓必無生理，悲憤成疾，臥牀不起。拓跋嗣換了數名御醫來診斷，精心調藥，但姚菁的病情絲毫不減。愛妃憔悴日甚一日，拓跋嗣看在眼裡疼在心裡，然亦無可奈何。姚菁最終於冬季病卒，她比姚泓小四歲，終年二十六.而姚泓被帶往建康後果被劉裕在鬧市斬首。
愛妃青春短命，拓跋嗣又悲又怒，暗下決心，“翌日我定要飲馬長江，吞併南朝，一雪前恥。取下劉裕老賊的頭顱，來安慰亡妾的在天之靈。
滅後秦，收復中原，劉裕大軍都未怎麼動用就已成功，心中之喜自是難以言說。他在長安文昌殿置酒高會，大慶三日，賞賜諸軍士，諸軍士個個喜不自勝。宴席上，劉裕爲諸將敬酒，訴說他們所立戰功。舉酒先對沈田子說道：“咸陽之平，卿之功也。當以咸陽賞賜愛卿。“當即授沈田子咸陽、始平二郡太守。接着劉裕又舉杯對王鎮惡說道“長安之平，鎮惡之功。”授予王鎮惡馮翊太守。大家人人痛飲，談笑至夜，大快平生。參軍王仲德向劉裕言道“賴太尉英明，長安唾手即得。末將斗膽問太尉，下步有何計劃？”劉裕說道“中原雖定，拓跋鮮卑仍在北方虎視眈眈，終將爲患。關中阻山帶河，四塞之地。形勢險要，土地又肥饒，我要留此經營。數年後，軍鋒北向，一清六合。使天下永無烽煙，萬民安定，此乃吾之夙願。”衆將士紛紛高聲賀道“好！好！好！”
兩個月後，建康方面來一使者，帶來了劉穆之的死訊。劉裕聽聞後胸中大慟，仰天大哭“天不欲吾澄清四海耶？奈何奪我良輔如此之速？”悲傷竟日，茶飯不思。
使者還送來了劉裕妻子的一封家書。深夜，月光透窗而入，劉裕輾轉反側，難以成眠。開看家書，上僅有一首詩“自君之出矣，金翠暗無精。思君如日月，回還晝夜生。”
在劉裕伐秦臨行前，臧愛琴明知道阻止不會成功，但仍然試圖嘗試一番“如今我們大晉國富兵強，百姓安定。保守國土，太平無事豈不是很好？何必要興師遠出，冒萬里不測之險？上次遠伐南燕，你就幾遭不測。這兩年來每到冬季你就有寒嗽之苦，如今你已年過半百，軍旅勞苦實是讓我非常擔憂。”劉裕嘆口氣說道“自吾投身軍旅至今已近二十載。戰鬥之慘烈、百姓之苦難我豈不知？只是這天下有分裂，戰爭就永不會停息。你也知戰國、三國時烽火不熄，百姓流離。如今形勢不啻當時。若要四海太平，萬民安康，只有靠武力統一全天下，然後漸漸消除各民族間的隔閡，融合各民族，使得各民族團結和睦相處，才能達到真正的和平。此亦吾之終志。”臧愛琴沉默片時說道“望你能早日凱旋而歸。”
當劉裕滅秦的消息傳道建康後，劉裕離家已一年多，臧愛琴非常希望他能早日回來，於是寫了這封信。讀信後，連劉裕這樣的鐵血硬漢也不由得動了思家之情。再想想劉穆之已死，晉朝根本難以託付他人，劉裕決定南返。他使自己年僅十歲的次子劉義真作爲雍秦二州刺史，留下來鎮守長安。劉裕還將自己在軍旅之餘，總結用兵得失所寫的一部書《兵法要略》給了劉義真。