正在萬分危急之際，朱齡石帶領的一千餘援兵到達。朱齡石部下盡皆西北健兒，手持長槊，在賊突破處擺一字長蛇陣，長槊整齊劃一直前而刺，收回。再刺，再收。如此數十槊過後，賊兵短刃難敵，被殺傷無數，紛紛退卻。徐道覆見堅壘難克，便與盧循收兵，繞過堡壘，準備進攻南塘。到達南塘後，盧循卻將少量軍力分給徐道覆，自己帶主力部隊東出攻城擄掠，說道“待我攻城掠地，對建康形成包圍之勢後，不憂不克。”徐道覆急道“眼下正需一鼓作氣，急戰攻克建康。若遷延日久，我師將老，事必不成。”盧循不聽，他走後徐道覆憤憤說道“豎子不足與謀，誤我大事”。
劉裕北出石頭城後才知道賊衆是疑兵，便迅速南返，途中遇到徐赤特，于軍中立斬以警三軍，之後帶領軍隊出陣於南塘。盧循東下擄掠攻城，民衆皆堅守城池，一個多月無所得利，軍士懈怠糧食缺乏，心下也是頗爲後悔，不得不退與徐道覆會和，說道“士氣若此，難以再戰。我們不如先退還尋陽，然後攻下荊州，佔據天下三分之二，再與朝廷抗衡。”徐道覆嘆道“十萬大軍頓挫於比，豈非天乎!”無奈之下不得不退兵。
七月，盧循徐道覆帶衆還尋陽，留範崇民將兵五千守南陵。劉裕讓王仲德與劉鍾，孟懷玉帥先鋒追盧循，自己帶大軍隨後出發。想到賊窮蹙必回老巢，又派孫處和沈田子帶兵三千從海道攻擊番禺。部下有人提出異議“海道艱難險遠，一時難以到達，分兵非目前所急。”劉裕言道“以賊目前的形勢來推斷，臘月初必然全面潰敗。所以我先派兵剿了他的巢穴，使賊到時無處可歸。”
當盧循自尋陽東下時，劉道規派王鎮之率領檀道濟、到彥之帶兵入援建康。此後江陵與建康久不通聲問，百姓不安，盜賊亂起。盧循派使者與成都王譙縱聯合後，譙縱又與後秦通使，請求出兵共同伐晉。秦主姚興想趁亂謀利，滿口答應。於是秦主便派苟林帥騎兵五千前行，約定與蜀軍會攻江陵。苟林遇王鎮之於尋陽，一戰大敗鎮之，鎮之回至江陵。這時盧循已經帶衆從建康西返，分兵予苟林，使其乘勝攻江陵，並揚言徐道覆已攻克建康。
譙縱使桓謙與譙道福帶兵二萬前進，桓謙進軍至枝江後，召集舊楚之人。由於桓氏掌握西楚時，桓謙頗得民心，而此時民衆又都不知建康聲訊，赴桓謙者日衆，總數達四萬餘人。苟林也已屯兵在江津，與桓謙對江陵行成夾攻之勢。在此等形勢下，江陵城士民多懷異心，劉道規會集軍民，登臺講道“桓謙已逼城，吾東來將士足以抗敵，若欲去者，絕不相攔。”打開城門，任人進出。諸將士都畏服道規，莫有去者。士民亦爲道規之義所感，離者稀少。
這時忽有部下來報，說雍州刺史魯宗之從襄陽帶兵數千趕來。劉道規想要前去迎接，有部將說道“魯宗之趁此危亂之際來到，只怕其心難測。”劉道規說“我也知其有顧望之心，但爲今之計，若阻止其來，怕會使其從賊之心更加堅定。我們不如投誠相迎，使其不至於敗我之事。我若戰勝了桓謙，他一定不敢妄動。”於是劉道規單馬去迎接，兩人相見，握手言歡。道規言道“將軍此行辛苦，能得將軍之助，吾甚感欣慰。江陵城守之任就拜託將軍了，待我出城擊破桓謙後再來與將軍把酒話平生。”魯宗之回道“承蒙不棄，如此信任於我，我定當身與此城同存亡。”有部下聽後甚爲吃驚，私下找道規說道“桓謙勢衆，將軍出城攻謙能保必勝嗎？苟林如果趁機來攻城，魯宗之未必能守，到時可就危險了。”道規回道“苟林匹夫，不懂計謀，南來只是見機行事，我出軍攻桓謙時他一定遲疑觀望，畏懼我而不敢妄動。等其決定攻城之時，我已經破謙返回，他將無能爲矣。”
劉道規合軍士萬餘人水陸齊攻。桓謙總衆雖有四萬餘人，然其出蜀時與譙道福各帶兵一萬，桓謙爲前軍，道福爲後軍。譙道福因譙縱使事成之後讓桓謙做荊州刺史而讓自己做梁州刺史心懷不滿，帶軍在後觀望不前，桓謙投入戰鬥之數只有三萬。劉道規使檀道濟將步騎兵，檀道濟爲檀韶之弟，英勇無比，單騎持槍率先衝入敵軍，無人能敵。敵軍因此披靡，陸軍率先敗下陣來。劉道規親將水軍，奮勇而前，諸軍士個個爭先，桓謙船隊也潰敗下來。譙道福見桓謙落敗，趕忙帶領軍隊撤退回蜀了。劉道規帶精卒數人，乘小船冒矢雨迅速衝到桓謙所乘鉅艦跟前，一躍而上，手斬數賊，直追桓謙。桓謙慌忙跳入艦側小船，砍斷纜繩逃跑。劉道規亦獨乘一快船緊追不捨，大喝道“今日絕不容你再逃。”兩船距離越來越近，當距離僅有一丈多遠時，劉道規跳上船頭，猛地縱身前躍，於空中揮下劍來。道規落在桓謙船上，劍也砍斷了桓謙划槳的右臂，緊接着又一劍刺入了桓謙的心臟。劉道規長吁口氣“今日終於肅清桓氏餘孽！”
之後劉道規回軍攻苟林。苟林果然還未攻城，不敢接戰就逃跑，劉道規派賬下參軍劉遵追敵，劉遵最終將苟林斬首。再說魯宗之本就心懷不軌，意欲乘亂牟利，當得知劉道規戰勝後，心下恐懼，不敢等劉道規回來就離城北還了。
十月，徐道覆帶兵三萬進向江陵，到達破冢。他派使者去請魯宗之發兵一起攻城，魯宗之由於畏懼劉道規而沒有答應。徐道覆又散佈謠言，說盧循已入主建康，使自己來做荊州刺史。當劉道規滅桓謙後，令將士清理物品時發現很多城民與桓謙的往來書信，有願爲內應的，有告訴城內虛實的。道規一概不看，全部焚燬，民情大安。因此雖然賊衆逼臨，士民都感激道規焚書之恩，全無貳志。