章軍的戰略態勢，發生了巨大的變化。事實上，有了阿里山地區，章軍已經牢牢地掌握了戰場的主動權。以阿里山爲依託，章軍進可攻退可守。
唯一的問題是，阿里山畢竟物產不夠豐富，難以承受數萬章軍的供給。所以，周憲章在阿里山站穩腳跟後，仍然只是把獨立旅放在山裡，主力留在臺南地區。阿里山章軍兵力，只有五千人。
不過，伏生和孟儂組織鄒族勇士，組成了一支三千人的軍事組織，號稱章軍阿里山縱隊。獨立旅在玄月湖消滅了日軍淵田支隊後，繳獲了不少槍支彈藥，周憲章把大炮留下，槍支全部交給了阿里山縱隊。孟儂擔任縱隊長。
阿里山縱隊是章軍的地方武裝，直接隸屬於阿里山通事——也就是周憲章本人。阿里山縱隊的主要任務，是幫助章軍徵集糧草，打探情報，組織民間自衛力量守護家園。同時，他們也是章軍的補充營和預備隊，可以向章軍輸送兵員，戰事緊迫的時候，也可以作爲預備隊直接參戰。
阿里山鄒族歸服章軍，還帶來一個連鎖效應。鄒族是臺灣原住民當中一個較大的民族，在臺灣具有相當的號召力。鄒族與章軍結盟，在臺灣其他地區的原住民，泰雅族、阿美族、布農族、卑南族、達悟族、排灣族、魯凱族、邵族、賽夏族、噶瑪蘭族、太魯閣族、撒奇萊雅族、賽德克族等等，迫於日軍的壓力，也紛紛向章軍靠攏。
很快，臺灣全部原住民都歸服在章軍的旗幟下，形成了一個堅固的抗日同盟陣線。
吳彭年和丘蓬甲以章軍特派員的身份，潛入臺灣中北部日軍佔領區，與當地漢人和原住民建立聯絡，組建了三個遊擊縱隊，第一遊擊縱隊司令吳彭年，在彰化一帶活動，第二遊擊縱隊司令丘蓬甲，在臺北一帶活動，而第三遊擊縱隊司令是梅里溪的弟弟梅幺，以阿里山爲根據地，向西北方向活動，與第一、第二遊擊縱隊相互呼應。
乃木希典爲了懾服臺灣民衆，借用日本辰戊內戰的經驗，對佔領區採取了殘酷的高壓政策，日軍對拒絕與日軍合作的當地人，連同他們的親屬，進行殘酷誅殺。然而，乃木希典忘了，中國人不是日本人，日本人向來欺軟怕硬，而中國人卻是遇強則剛，遇弱則柔。殘酷的殺戮，不僅沒有懾服臺灣民衆，相反，激起了民衆對日軍強烈的仇恨和反抗意志，自從日軍佔領臺灣中北部，民衆自發的反抗就沒有停止過。只是，這些抵抗沒有組織，缺乏領導，更缺乏後援，很快就遭到日軍鎮壓。
而現在，吳彭年、丘蓬甲率遊擊縱隊潛入日站區，民衆自發的抵抗，與遊擊縱隊的組織體系結合起來，立即發揮出了巨大的作用。在當地民衆的幫助下，游擊隊?擊隊攻擊日軍的據點和交通線、剷除漢奸、劫殺小股日軍。打得日軍惶惶不可終日，很快，散落在鄉村集鎮的日軍據點，被游擊隊一個個拔除，日軍用刺刀建立起來的地方治安政權，也是搖搖欲墜。
表面上，日軍控制着遼闊的臺灣中北部，而實際上，日軍能夠控制的，只是臺北、基隆、臺中、新竹、彰化這些大中城市，在遼闊的農村和山區，成了章軍游擊隊的天下。
按照周憲章的授意，吳彭年和丘蓬甲在敵後的活動，不僅僅是打擊日軍，更爲重要的任務，是選拔才俊，建立地方政權，爲章軍全面接管臺灣做好準備。章軍佔領阿里山後，周憲章就意識到，他已經奠定了乙未戰爭勝利的基石，勝利只是一個時間問題。現在，他需要考慮趕走了日本人之後的事。
周憲章決心，決不能把章軍兄弟們用鮮血換來的臺灣，拱手交給大清國朝廷！
……
10月4日，也就是周憲章進入阿里山後的第三天，那哈五率部撤離嘉義，退守太保。
歷時三天的嘉義攻防戰結束。
近衛師團在付出了三千傷亡的慘重代價後，終於佔領了這座被炮火毀滅的城市。
近衛師團攻佔嘉義，是一場慘勝。然而，志大才疏的伏見宮貞愛親王卻把這場勝利當成是他的吉兆。他不顧部隊的疲憊，命令近衛師團穿城而過，急速向章軍的下一道防線太保進軍。
疲憊到了極點的近衛師團官兵，在伏見宮的催逼下，不得不勉強前進，於第二天正午，抵達太保城下，與章軍第二師主力交火。
然而，這一次章軍第二師主力不像在嘉義的時候等着日軍來攻，那哈五命令兩個團，趁日軍立腳未穩，向衝鋒中的日軍發起了反突擊。
結果，一仗下來，日軍的一個聯隊就被打垮了，敗退三十里地，師團長伏見宮貞愛親王要不是跑得快，差點做了俘虜。
更爲令人沮喪的是，剛剛配屬給近衛師團的二十挺馬克沁重機槍，還沒來得及發出一顆子彈，就被章軍奪走了五挺，要不是重機槍中隊跑得快，這些遠渡重洋而來的重機槍，就成了日軍送給章軍的厚禮。
剛剛取得嘉義“大捷”的伏見宮，哪裡忍得下這口氣，收容潰敗的部隊後，再次向太保發起進攻。
然而，部隊剛剛衝到太保城下，近衛師團突然接到了南方軍司令部的命令——停止進攻，原地待命。
伏見宮無奈，只得後退二十里，與章軍脫離接觸。
這道命令是南方軍參謀長神尾光臣下達的。
三天前，在近衛師團向嘉義發起進攻的同時，神尾光臣派出一支五千人的偏師，向阿里山進軍，這支部隊的前鋒淵田支隊，在玄月湖遭到章軍獨立旅攻擊，自支隊長淵田大佐以下一千五百人陣亡。
敗報傳來，神尾光臣來到地圖前，他驚訝地發現，阿里山原來就是他苦苦尋找的臺灣的結點！
很早以前，他就懷疑，周憲章這個抓戰場結點的高手，一定發現了一個足以扭轉戰局的結點，只是，他實在想不到，這個結點在哪裡。而現在，當他標誌章軍的黃色小旗插在地圖上的阿里山時，這個結點就清晰地凸顯了出來！
阿里山是整個臺灣戰場的結點！他發現，章軍佔領了阿里山後，整個臺南，就成了一個巨大的陷阱！陷阱的井緣，就是阿里山！而井蓋，就是彰化！
周憲章是以臺南爲誘餌，誘使日軍往這個陷阱裡跳！
而現在，近衛師團抵近太保，日軍的一支腳已經踏進了陷阱！
神尾光臣出了一身冷汗。
而此時，南方軍司令兼臺灣總督乃木希典回到了臺北，這些日子，臺北地方很不穩定，發生多起叛亂，就在一天前，一夥武裝分子攻擊了基隆港，雖然沒有造成很大的損失，但乃木希典明顯感到了壓力。爲此，他不得不把前方指揮權交給神尾光臣，自己回到臺北，行使總督的職權。
事態嚴重，神尾光臣一面向臺北報告，一面下令，近衛師團停止對太保的攻擊，脫離與章軍的接觸，已經進駐嘉義的第二師團，準備後撤到彰化。神尾光臣相信，只要日軍後退到彰化以北，周憲章的陷阱，就形同虛設了！與此同時，命令阿里山日軍殘餘部隊，迅速後撤至彰化，以堅固的彰化城牆爲依託，保護日軍進攻部隊的側翼。
太保前線的戰事，歸於平靜。聲勢浩大的臺南進攻戰，就要結束。
一隻腳已經踏入了陷阱的日軍，及時抽身，滑了出去。
……
夜色中的白鹿寨，燈火璀璨，歌舞昇平。
如果說，粟祭是鄒族人一年中最爲神聖的日子，那麼，今天則是鄒族人最爲歡樂的日子。
章軍軍長周憲章和阿里山女神梅里溪訂婚。整個白鹿寨都沉浸在一派喜氣洋洋中，家家戶戶張燈結綵，歡歌笑語。在舉行粟祭大典的穀場上，新任大酋長伏生擺下了流水席，白鹿寨全體族人，不分男女老幼，都可以去穀場上隨便吃喝，美酒佳餚，管夠！
駐守在玄月湖的獨立旅，也打起了牙祭，伏生命人給獨立旅送去了美酒，獨立旅官兵們，除了警戒部隊，都可以開懷暢飲。
整個白鹿寨沉浸在一派喜色中，歡聲笑語傳進了大酋長府後面的黑牢中。
河野龍橋被捆在木樁上，耷拉着腦袋，垂頭喪氣。
河野龍橋自視甚高，作爲情報官，他自認爲自己是神尾光臣第二，唯一不同的是，他沒有神尾光臣那麼好的機緣，可以在甲午戰爭中大顯身手。不過，他還是得以參加了乙未戰爭，儘管，乙未戰爭的規模無法與甲午戰爭相比，不過，這好歹是一個建功立業的機會。
而且，他似乎也把握住了這個機會。他利用阿南，牢牢控制住了白鹿寨，也就是控制了整個阿里山地區的鄒族，爲日軍進佔阿里山掃清了道路。然而，眼看就要大功告成，在關鍵時刻卻掉了鏈子！