一、整頓國內事務
1．統一思想，振興國民黨
8個多月的英勇奮戰，國民黨與蔣介石獲得了民衆的前所未有的擁護與支持，但是還沒有有效遏制日軍的強勁攻勢，戰局未穩，大片國土淪陷，抗戰前途尚不明瞭，悲觀懷疑情緒潛滋暗長。蔣介石需要統一全黨思想，堅定民衆信心，況且前期抗戰中國民黨黨政軍各部門都暴露出許多積弊、流弊，蔣介石已經意識到國民黨隊伍的現狀已經遠遠不適應持久抗戰的要求了，國民黨需要一個像樣的施政綱領，需要改革以便團結所有抗戰的力量。
1938年初，蔣介石做了幾件事：懲處了一批抗戰不力的將領，處決韓復榘是其中影響最大的；調整了黨政軍領導機構，他辭去了行政職務專事軍職，統率全隊，指揮全民抗戰；連續召開軍事會議，檢討前期抗戰的得失，確定以後的作戰方針，對“持久消耗戰”做出具體的解釋：“是以廣大的土地來和敵人決勝負，是以衆多的人口來敵人決生死”，戰略的持久代替了戰役的持久。蔣介石希望把他的思想與行動貫徹到黨的正式決議中去。
1938年3月29日至4月1日，國民黨在武漢召開了臨時全國代表大會。由於一批黨務和行政要人已經移駐重慶，漢渝兩地往來不方便，大會的開幕式是在重慶舉行的。蔣介石的開幕詞由丁惟汾宣讀。
蔣介石在開幕詞中說，大會最主要的目的是檢討國民黨自抗戰以來的工作，尋求努力的方法，對於國民黨差強人意的現狀，蔣介石毫不掩飾。蔣介石希望在國家民族危難之際召開全黨大會能激勵全黨同志發奮自強，承擔起艱鉅的歷史使命。
負責黨務、政治、軍事、外交、財政等工作的要人各自作了工作報告，蔣介石還專門作了一個題爲《對日抗戰及本黨前途》的長篇報告。蔣介石揭露了日本帝國主義的“大陸政策”是侵略中國的一貫相傳的政策，強調我們的國家和民族如果要生存舍抗戰別無他途。
盧溝橋事件發生，如果我們還不起而發動全面抗戰，而要容忍放縱，讓它佔去平津，囊括華北，不僅我們國家大勢已去，民氣由此消沉，而且他日以暴力相恫嚇，更要肆其宰割鯨吞的兇焰。我們要苟安一時亦不可能，結果非至亡國滅種不止！所以我們要認定此次事變爲國家民族生死存亡的最後關頭，毅然決然要擔負此次革命的戰爭！要以抗戰來遏止日本殘暴的侵略。進而打破他大陸政策的迷夢。
他對日本帝國主義實行“大陸政策”的各種陰謀毒計如“瓜分、獨佔、蠶食、鯨吞、以華制華、不戰而屈”等也予以揭露，告誡全黨同志要時刻警惕，謹防上當。
蔣介石還分析了敵我態勢，對抗戰前途作了樂觀的展望，他指出：日寇雖然蹂躪我們7個省，但“他用了五十萬以上的兵力，耗三十億元的金錢，費了個月的時間，而所得的結果是如此，以後敵人如再要進犯，他的困難愈多，危險更甚！”“我們是死中求生，爲求生而戰，民心士氣，只有一天一天的強固；敵人是恃強侵略，送死異域，只有一天一天地厭戰，戰爭愈持久，它愈感困難，而且它進人愈深，我們解決它的機會愈多。”
關於國民黨的前途，蔣介石流露出“一黨獨尊”的意向，“當仁不讓”地表示國民黨在抗日民族統一戰線中居於領導地位，委婉地把內戰的責任推給了國民黨以外的其他政黨。他說：“國家到了非常時期，本黨以外別樹黨派的人，已經明白宣言，願意拋棄以往的政策，服從本黨政府，願爲三民主義而奮鬥，這種態度，可以說是革命者很好的態度。本黨同志即應寬宏大度，從國家利益上着想，開誠接納，俾能共同一致對外。”對於如何才能達到“共同一致對外”的目標，蔣介石表示：“我們應該在法律範圍以內，容許他們的自由，在本黨三民主義指導之下，統一他們的行動，集中全國的力量，來爲國效命！”
大會圍繞這些報告。檢討了過去9個月以來的抗戰工作，通過了《抗戰建國綱領決議案》。《抗戰建國綱領》包括戰時的外交、軍事、政治、經濟、民衆、教育各綱領共32條，把國民黨抗戰路線、方針、政策集中地反映出來，是國民黨抗戰時期的施政綱領。制定《抗戰建國綱領》是中國抗戰史上的一件大事，抗戰當然是對日作戰，建國的含意並不是戰後的建國，而是在戰時的西南建國，也就是在西南立國。
《抗戰建國綱領》以“（一）確定三民主義暨總理遺教爲抗戰建國的最高準繩。（二）全國抗戰力量應集中在本黨及蔣委員長領導之下，奮勵邁進”兩大原則爲支柱。雖然隱含有國民黨一黨獨尊的意圖，但是他基本上全部接受了提出的《抗日救國十大綱領》中的主張，承諾改革政治擴大民主，其中有一條就是組織國民參政機關。這是有利於抗日的各派力量加強合作的，是有利於鞏固和擴大抗日民族統一戰線的。
大會還對國民黨的領導體制作了重大改變，突出的是在全黨確立了領袖總裁制。大會通過了由國民黨中央執行委員會提出的《改進黨務並調整黨政關係案》，其內容爲：確立領袖制度，實行總裁負責制；強調對黨員的訓練、監督與考覈，並從組織機構改進上加強對全黨及全國的控制。大會通過的新黨章規定，國民黨設正副總裁各一人，有全國代表大會選舉產生，代行總理職權。總理制本是因孫中山在國民黨內的地位和威信而立，孫中山爲總理，對全國代表大會決議有複議權，對中央執行委員會決議有最後決定權。孫中山逝世後，無人能行使總理之職權。國民黨臨時全國代表大會選舉了蔣介石爲總裁、汪精衛爲副總裁，以立法形式肯定了蔣介石的最高領袖地位。
大會發布了《中國國民黨臨時全國代表大會宣言》，表達了國民黨團結全國抗日力量，鞏固抗日民族統一戰線，促進抗戰發展的積極態度。
4月1日，蔣介石發表了《閉幕詞》。對於自己榮任黨總裁，他有一番謙虛表示：“兄弟承大會推選爲總裁，自己感覺德業才能，均不足以副同志的期望，我們國家民族受此奇恥大辱，兄弟職責未盡，正自悚懼不遑，還要受大會付託以如此重任，格外覺得惶恐！”
既然是尊爲總裁，過度的謙虛是有損於威信的，領袖必須有指引領導的魄力。蔣介石當然對之心領神會，他接着說：“不過現在是抗戰時期，我們國家民族處於生死存亡關頭，本黨爲充實力量，堅持抗戰，以答覆敵人陰謀侵略起見，特強化黨的組織，設立總裁制度，以示本黨負責盡職奮鬥到底的決心，兄弟既受任於危難之際，大義所在，不敢推辭。”
對於國民黨今後的行動，蔣介石表示：“現在大會既已通過抗戰建國綱領，今後一切努力，均已有所遵循。”
在當時蔣介石與汪精衛對抗日的態度顯然不一樣的情況下，確定由蔣介石任總裁、汪精衛任副總裁，這對削弱汪精衛的權力、打擊親日勢力，起了積極的作用。當然，由此給了蔣介石的獨裁一個合法的依據，這是壞的一面。自此之後，蔣介石一直擔任國民黨總裁。
2．在南嶽整頓軍隊
1938年11月下旬的衡山，薄霧輕繞，氣溫已經很低了。衡山縣城戒備森嚴，剛處理完長沙縱火大案，蔣介石拖着疲憊的身軀來到這裡。綿延800裡的衡山的主峰祝融峰就在衡山縣境內，作爲旅遊勝地通常被稱作南嶽的就是指祝融峰這一帶，但蔣介石此行並不是爲了遊山玩水而來。
中國的抗戰在1938．年進入了一個關鍵時刻，一系列重大事件使蔣介石忙得焦頭爛額。臺兒莊大捷曾一度振奮全國人心，但徐州終在日軍南北夾擊中陷落，乘勢西進的日軍把豫東的中國守軍逼得節節後退。爲了打破日軍佔領鄭州沿平漢線南下猛攻武漢的企圖，萬般無奈的蔣介石下令掘開了黃河。滔天的洪水淹沒了數百萬黎民的家園，也改變了日軍的進攻方向，卻沒有能遏制敵人的攻勢。一部日軍在華南登陸並迅速攻佔了廣州，沿江西上的日軍也逼近武漢，蔣介石被迫撤守湖南。蔣介石剛剛處理完廣州失守的問題，又發生了震驚全國的長沙大火。一年來，堅決抗戰把蔣介石推到了全國領袖的位置上，但是戰場上的節節失利，加上決策上的漏洞帶來的水火奇災，越來越使他生髮如臨深淵如履薄冰的感覺。這一切都源於軍隊的不得力，要有根本的改觀，還得從此開始，在蔣介石的心目中，軍隊是他力量和信心的最大來源。
11月25日至28日，蔣介石在南嶽召開了第一次南嶽軍事會議。第三和第九戰區的司令長官、軍團長、軍長、師長等100餘人出席會議。代表周恩來、葉劍英等也應邀參加。
蔣介石把召開軍事會議的地點選在南嶽，主要還是考慮到湖南戰略地位的重要性。佔領武漢的日軍逞其餘威，也爲確保武漢佔領地區，興兵佔領岳陽。華南的日軍也蠢蠢欲動，意圖北犯。處於腹背受敵的狀態中的湖南既成了抗日的前哨陣地，又成了聯結東西南北戰場的紐帶，戰略地位極其重要。
按照蔣介石以空間換時間、將戰線穩定在平漢線東西兩側和長江南北兩岸的戰略意圖，武漢失守後，國民政府的控制區域已經不能再收縮了，剩下的問題是如何穩定住這條戰線，其中的關鍵又在於守住湖南。
只要守住湖南，北上可以直取武漢，東出江西、安徽、浙江，從而保住了東南半壁江山的聯絡線；西屏川黔，把守戰時首都重慶的大門；南護兩廣，阻止日軍打通大陸交通線，截斷日軍南北兩個戰場的聯繫，從而達到堅持持久抗戰的目的。所以，在南嶽召開軍事會議，實際上是爲保衛湖南這一戰略要地做準備。
再說，長沙大火導致湖南政局動盪人心不穩，人們對蔣介石和國民政府的信任發生了危機，最高當局必須向全國人民特別是湖南人民表明政府的抗戰決心。在這樣的背景下，在南嶽召開這樣一次具有戰略意義的軍事會議顯然十分必要。
蔣介石希望南嶽軍事會議能成爲振興的起點。南嶽所在地衡州，是曾國藩率領湘軍與太平軍在湘陰附近第一次交戰失敗後練兵的地方。蔣介石在會議的第一天就開宗明義的擡出了湖南人所信奉的曾國藩、左宗棠、彭玉麟、胡林翼，以他們的故事激勵民心士氣。蔣介石認爲現在抗戰所處的形勢與當年曾胡所面臨的形勢幾乎相同，但“在兵力上與政治上，則我們現在比當時要超越幾十倍還不止”。既然曾胡當年能成就一番偉業，我們更當容易成功，蔣介石鼓勵全國官兵認清歷史，效法曾胡，這樣一定能轉敗爲勝，轉守爲攻。
軍事會議的主要議題是總結第一期作戰經驗教訓，確定第二期抗戰的戰略方針，長沙大火當然是不能迴避的內容。張治中作了沉痛的檢討，表示自己對這一浩劫應負全部責任。會後，張治中含着眼淚，懷着永遠的內疚，離開了湖南這片人傑地靈的土地。
蔣介石沒有過多地批評張治中，畢竟他已經主動地承擔了全部的責任，而仔細想來．那裡面也有自己的一份。蔣介石不想在這個自己隨時都可能陷進去的案件上糾纏，他把話題轉向全國的抗戰。
岳陽淪陷與長沙大火僅相隔一天，日軍並沒有趁亂向南進攻打長沙，蔣介石由此判定日軍已是強弩之末。他認爲，從盧溝橋事變到武漢退軍，嶽州淪陷爲止，是抗戰第一時期，從今以後是第二時期，也就是轉守爲攻、轉敗爲勝的時期。6個月前在發表的《論持久戰》一文對此就有高瞻遠矚的論述。蔣介石的觀點爲會議所接受，從而統一了國共對抗戰時期的劃分。在此基礎上，蔣介石闡明瞭第一、二期抗戰的戰略上的區別，提出抗戰必勝的信念。
對於第一期抗戰的成果，蔣介石是比較滿意的。想想日本人“三個月滅亡中國”的狂妄叫囂，蔣介石感到一陣欣慰。他對讚揚了廣大愛國官兵的英勇頑強，特別提到佟麟閣、王銘章、郝夢齡等烈士，以他們的事蹟激勵與會的將領。當然，他並沒有忘記像韓復榘之流的敗類。並警告那些無能和只知逃命的將領，“如有再犯，嚴懲不貸。”