國民黨政權具有軍閥的特徵，蔣介石要獨裁，但各地方勢力擁兵自重，造成他沒有絕對權威。蔣採取縱橫捭閻的手段，對地方勢力又打又拉，但始終沒有使之聽命於自己，相反，時時尋機發難，逼他下野。爲此，蔣曾憤恨地說，封建割據的實際，仍潛伏在形式的統一之下，當今中國的病源就是地方割據。在內外交困的時刻，蔣介石在加強獨裁和加強對方民衆控制的同時，不失時機地在其力行哲學中充實了民族主義精神，決定發動“國民精神總動運動”，以使思想意識的統一與權力的集中相一致。
在國民黨五屆五中全會上，蔣介石表示：“我們的精神絕對不要被敵人所協制，我們絕對不能受敵人的欺騙，我們一定要堅持抗戰到底，不但使敵人過去速戰速決的目的不能達到，而且使他們‘速和速結’的陰謀成爲粉碎，這就是我們今日唯一的方略，這只是敵之失敗，也就是我國勝利的基礎。”
1939年1月11日，國民黨中央執行委員會發表宣言稱：“總理昔日講述軍人精神教育，痛切說明‘人類有精神之用，非專恃物資之體’，‘欲任非常之事業，必有賴非常之精神’”，提出“抗戰精神之徹底振作，此實抗戰建國勝利成功之最大保障，必須盡全力以實行者也”。
2．國民精神的總動員
2月20日，蔣介石在國民參政會上提出《國民精神總動員綱領及其實施辦法》。3月12日，蔣介石通電全國實施動員。據蔣報告，國民精神總動員是爲“集中國民一切意識思維、智慧與精神力量，於一個方向而提高使用之”，使國民“每一分子皆能根據同一的道德觀念，爲同一的信仰而奮鬥犧牲是也”。
1939年3月，蔣介石在國防最高委員會下設了精神總動員會，蔣介石親自出任會長，並公佈了《國民精神總動員綱領》和《精神總動員實施辦法》。
《國民精神總動員綱領》稱：“吾人回顧十八月以來奮鬥之經過，而檢討其缺失，則物質條件之欠缺固甚明顯，而精神條件之未備尤萬居首要。”“所謂國民精神總動員者”，爲“集中其一切意識思維智慧與精神力量於一個方向，而提高之”，它不僅爲排除暴敵之侵略，“尤在於努力抗敵之中，樹立戰後建國之永久基礎”。國民精神總動員的共同目標是：國家至上民族至上；軍事第一勝利第一；意志集中力量集中。所謂國家至上民族至上，就是必須認定“國家民族之利益應高於一切”；所謂軍事第一勝利第一，就是要求“國民一切之思想行爲，均應絕對受國家民族軍事利益之支配”，“竭其全部之智能與全中國精力，以求取軍事之勝利”；所謂意志集中力量集中，就是“要求國民全體的思想，絕對統一集中於國家至上民族至上與軍事第一勝利第一兩義之下，不容其分歧與懷疑，不容作其他之空想空論”。
1939年5月1日，國民黨正式開展全國國民精神總動員運動，蔣介石在重慶親自主持首次會議並訓詞。會後，重慶萬餘人進行了火炬遊行。此後圍民精神總動員運動在各地開展起來。
強調精神力量的作用，尤其是精神力量高於物質力量，其實是中國近現代許多政治人物共同的特點。近代以來的中國正處在由封建王朝向近現代民族國家演變的過程中，組織性並不嚴密，孫中山稱之爲“一盤散沙”，本來就是靠精神文化聯繫在一起的。除了思維的歷史延續，另一方面是由於物質力量的匱乏。
蔣介石雖然掌握着中國大部分的財力資源，但在與日本的對比中，也同樣深感力量薄弱。抗戰爆發之後，蔣介石一直強調精神力量對抗戰的意義，而“發動精神以配備物質，利用空間換取時間”更是其持久抗戰的戰略。他認爲：“我們抵抗日本，先要攻擊日本的侵略精神，如要攻擊日本的侵略精神，就是先要具備我們的立國精神。”南京失陷時，他又發表公告，稱“我之抗戰，惟求三民主義之實現，與國民革命之完成；故憑藉不在武器軍備，而在強毅不屈之革命精神，與堅忍不拔之民族意識”。
在總結抗戰前期經驗教訓的南嶽軍事會議上，蔣介石對此講得更加直白：“我們現在要爭取第二期抗戰的勝利，達到最後的成功，我以爲需要物質上的成分少而精神上的成分多，而且我們現在物質不如敵人，將來更感困難。如果我們要專憑物質來戰勝敵人，必難成功；如果我們的士氣和精神不強，紀律不好，雖有如何好的武器和優裕的物質，亦不相干。所以精神的修養和道德的提倡，乃是我們高級將領最大的責任。”
抗戰爆發時中日力量之懸殊，蔣介石看在眼裡，急在心裡，當然地強調精神的作用，已經有了發動精神總動員的想法。1938年3月7日，蔣介石在武漢召集親信開會，討論有關發動精神總動員的步驟。會上提出：“我們在欲發動全國精神總動員，即應針對敵方的計劃，確定目標，領導全國民衆朝此目標努力，始能發生效果。”不過，一年以後蔣介石才正式發動這場運動。給他啓發和壓力的是日本先行一步發動精神總動員。
深陷中國戰場的日本政府爲調動其國民支持戰爭，緩解矛盾，在通過全國總動員法案的同時，發起國民精神總動員運動。在1938年12月5日的內閣會議上，決定組織“精神團體”，設立理事會和評議會，公推近衛爲總裁，內務相末次信正副之，全體閣僚，貴族院、衆議院的委員長，政黨總裁及內閣參議等爲顧問。當日，內閣還通過“國民精神總動員旨要說明書”，宣稱：“此次運動目的，不惟宣傳‘事變’意義，企圖更集中‘物心兩用’力量完成‘東亞建設’，包括國民各階層皆在組織之內。”
日本的精神總動員運動，引起了當時中國國內輿論的廣泛關注，報章書刊均有研究和評論，這對一直強調精神力量作用的蔣介石無疑是一種強烈的刺激。在這種刺激下，國民精神總動員開始從理論預想推向實際操作。
抗戰之前的中國，四處瀰漫着文化的絕望氣氛。“三十年代是一個令人痛苦的年代，是一個民族自我譴責的無情時代”，一位作家悲嘆道：“在中國，一切都落後於西歐。”全民族的抗戰一度使國人精神振奮，但戰場上的節節敗退，以及黨國要員散佈悲觀言論甚至公開投敵，使民衆再次陷入迷茫。在這樣的背景下，的確有必來一個精神總動員。從國民精神總動員綱領到國民公約、誓詞，始終都沒有離開“抗日”、“救國”等字眼，這在汪精衛叛國投敵，引起抗戰情緒動盪的情況下，對於堅定全國的抗戰意志，增強國民黨抗戰力量，是有十分重大的意義的。正是由於它的主旨是爲了堅持抗戰，延安的領導人對此作了積極響應，號召全國民衆擁護蔣委員長抗戰到底，反對一切漢奸賣國賊，動員一切力量，爭取抗戰勝利。
然而，蔣的這一舉動是在其1939年前後連續推出加強個人獨裁措施，而國共關係發生逆轉的情況下發生的，這就決定了國民精神總動員運動的多重性質。
蔣介石在聯共抗日的同時，他也念念不忘要“剿滅”及其領導的人民武裝。抗戰以來，隨着軍事力量的壯大，國民黨在華北敵佔區的政治日益失控，的影響已經表現出向南推進的趨勢。在軍事限制的同時，鑑於統一戰線的存在，蔣介石更注重從政治思想方面限制其發展，使之逐漸失去在羣衆中的影響。精神總動員的主要內容就是宣揚民族主義，蔣介石從中看到削弱思想影響的機會。他欲借民族主義來宣揚中國古代固有的文化道德，從根本上否定中國及思想體系在中國存在的合理性。
在蔣介石看來，中國近代史上，中國遭受侵略是由於傳統主流文化精神的喪失和西方文化的衝擊。他認爲：“如今一般人不講究固有的好道德，視爲陳腐的東西……所以幾十年來，弄得人慾模流，四維滅絕。”“如此國家，當然要被外國人侵略壓迫。”他所指的“西方文化”除了資產階級文化外，還包括五四以後在中國廣泛傳播的馬克思主義列寧思想。所以，這次運動還有它消極的一面。把儒學的“仁”與三民主義、復興民族與強化黨治糅合在一起，借民族固有精神在民族危亡的緊要關頭的特殊感召力來強化其集權統治，這正是蔣介石這位政治老手的高明之處。
三、經略西南爲後方
1．打開四川大門
在抗日戰爭時期，國民政府的實際控制區是西南各省。西南各省原不在中央政府的直接控制之下，在1935年追擊中國工農紅軍時蔣介石雖然極力想把中央勢力滲透進去，但沒有根本消除地方的割據狀態。這時，他利用抗戰的時機，在西南地區再度大張旗鼓地統一軍政，力圖完全控制西南各省。
四川在抗戰時期是國民黨統治的政治、經濟、文化中心。當時四川有六千多萬人口，是兵源的基地；重慶又是國民政府的陪都；抗戰爆發後沿海許多企業內遷四川，又建了不少新的小型工廠；四川每年糧食產量比西南任何一省都多得多。所以，四川自然是西南問題的重中之重。
抗戰爆發前，劉湘在蔣介石的卵翼下打擊了四川其他軍閥，成了四川的統治者。蔣介石在追擊紅軍時，不斷向四川擴張。在四川統治權問題上，劉湘同蔣介石之間的矛盾日益加深。兩廣事變時劉湘密令所部軍隊在夜間向成都、重慶兩地集結，準備策應李宗仁。西安事變時，劉又有同樣的舉動，直到蔣被扣的第五天，都沒有發表聲明支持蔣，不但如此，他甚至還勸張學良要毫不猶豫地把蔣幹掉。當時，劉湘還想乘機恢復四川行政和財政的獨立。但時局變化太快，就在劉湘準備大顯身手的時候，西安事變就和平解決了。此時，蔣介石的部隊正大舉進攻陝西楊虎城部隊。爲自衛計，川軍在重慶一帶佈防，阻止蔣介石部隊的進犯。但是，劉湘的一切活動，都瞞不過蔣介石的耳目。
在張學良、楊虎城的兵諫下，蔣介石已經同意聯共抗日，一場大規模對日作戰即將到來。從兩次事變中，蔣介石看清了劉湘並不真心擁護自己。爲了有一個安定的大後方，他越發覺得必須一勞永逸地解決四川問題，即使引起武裝對抗也在所不惜。
蔣介石蓄意要從根本上消除劉湘割據爲王的狀態，1937年春，蔣介石提出要縮編四川軍隊，又提出要軍民分治，劉湘主軍，由蔣介石派人任四川省主席，劉湘堅決抵制。但在中央政府的優勢兵力面前，劉湘最終屈服，同意將所有軍隊都轉歸國民政府軍委會直接指揮，川軍的財政開支轉歸蔣的重慶行營負責，一切軍事設施也由國民政府接管。同時蔣決定召開整軍會議改編川軍。
7月初，川康整軍會議由何應欽主持在重慶召開。矛頭主要是指向劉湘，對其他軍閥（二十軍楊森、二十四軍劉文輝、二十八軍鄧錫侯、二十九軍孫震及四川邊防軍李家鈺）是能吃則吃，能削則削。當時劉湘是省主席兼四川善後督辦（後改爲川康綏靖主任），各派軍閥對他獨攬大權都十分不滿，但懾於劉湘的實力，表面不得不唯唯諾諾以示遵從，而思想深處則有強烈的反感。蔣介石就利用這一點，縱橫捭闔，終於使會議通過了有關川軍的三項決議：各軍縮減1／5；團長以上軍官由中央直接委派；軍餉每月由軍政部派員點名發放。至此，川軍的人事權和財政權都被收歸中央統一掌管。
這一階段，劉湘對蔣介石還是比較強硬的，劉湘說過這樣的話：“我如果要乾的話（指川軍要反蔣）就是天也要打它一個洞。”不過，劉湘終於沒有行動，在民族危機加重的關頭，一切以民族大義爲重，任何私怨都可以也應該捐棄。
1937年8月7日，劉湘赴南京參加蔣介石召開的最高國防會議，在會上竭力主戰，提出“抗戰四川可以出兵30萬，提供壯丁500萬，供給糧食若干萬石”。劉湘慷慨激昂的發言得到全場的讚許，高漲的民族主義終於開始驅散擁兵割據等落後觀念。9月1日，川軍分東、北兩路開始出川抗日。